Reduceret Repræsentation Bisulfit Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) er dukket op som et omkostningseffektivt og effektivt alternativ til Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) i DNA-methyleringsforskning. Mens WGBS giver omfattende indsigt ved at undersøge hele genomet ved enkeltbaseopløsning, kan dets høje omkostninger være en begrænsende faktor. RRBS afbøder strategisk denne udfordring ved selektivt at analysere en repræsentativ del af genomet. Denne metodologi er afhængig af berigelsen af CpG-ø-rige regioner ved MspI-spaltning efterfulgt af størrelsesudvælgelse af 200-500/600 bps fragmenter. Følgelig sekventeres kun regioner proksimalt i forhold til CpG-øer, mens dem med fjerne CpG-øer er udelukket fra analysen. Denne proces, kombineret med bisulfit-sekventering, giver mulighed for højopløsningsdetektion af DNA-methylering, og sekventeringstilgangen, PE150, fokuserer specifikt på enderne af indsatserne frem for midten, hvilket øger effektiviteten af methyleringsprofilering. RRBS er et uvurderligt værktøj, der muliggør omkostningseffektiv DNA-methyleringsforskning og fremmer viden om epigenetiske mekanismer.
Servicefunktioner
● Kræver et referencegenom.
● Lambda DNA bruges til at overvåge bisulfitkonverteringseffektiviteten.
● MspI-fordøjelseseffektiviteten overvåges også.
● Dobbelt enzymfordøjelse til planteprøver.
● Sekvensering på Illumina NovaSeq.
Service fordele
●Omkostningseffektivt og effektivt alternativ til WGBS: gør det muligt at udføre analysen til en lavere pris og med lavere prøvekrav.
●Komplet platform:give one-stop fremragende service fra prøvebehandling, bibliotekskonstruktion og sekventering til bioinformatikanalyse.
●Omfattende ekspertise: Med succesfuldt gennemførte RRBS-sekventeringsprojekter på tværs af en bred vifte af arter, bringer BMKGENE over ti års erfaring, et højt kvalificeret analyseteam, omfattende indhold og fremragende post-salg support.
Service specifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Anbefalet dataoutput | Kvalitetskontrol |
| MspI-fordøjet og Bisulfit-behandlet bibliotek | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85 % Bisulfitkonvertering > 99 % MspI skæreeffektivitet > 95 % |
Prøvekrav
| Koncentration (ng/µL) | Samlet mængde (µg) |
| |
| Genomisk DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Begrænset nedbrydning eller forurening |
Service Work Flow
Prøve levering
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Indeholder følgende analyse:
● Rå sekventering kvalitetskontrol;
● Kortlægning til referencegenom;
● Påvisning af 5mC methylerede baser og motividentifikation;
● Analyse af methyleringsfordeling og prøvesammenligning;
● Analyse af differentielt methylerede regioner (DMR'er);
● Funktionel annotering af gener forbundet med DMR'er.
Kvalitetskontrol: fordøjelseseffektivitet (i genomkortlægning)
Kvalitetskontrol: bisulfitkonvertering (i methyleringsinfo-ekstraktion)
Methyleringskort: 5mC methyleringsgenom-dækkende fordeling
Prøvesammenligning: Principal Component Analysis
Differentielt methylerede regioner (DMR'er) analyse: varmekort
Udforsk forskningsfremskridtene lettet af BMKGenes hele genom-bisulfit-sekventeringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Li, Z. et al. (2022) 'High-fidelity-omprogrammering til Leydig-lignende celler ved CRISPR-aktivering og parakrine faktorer',PNAS Nexus1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Genomdækkende DNA-methyleringsanalyse af kropssammensætning hos kinesiske enæggede tvillinger',European Journal of Clinical Investigation53(11), p. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA-methylering og talje-til-hofte-forhold: en epigenom-dækkende associationsundersøgelse i kinesiske monozygotiske tvillinger',Journal of Endocrinological Investigation, 45(12), s. 2365-2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
