Prokaryotisk RNA -sekventering
Funktioner
● RNA -prøvebehandling involverede rRNA -udtømning efterfulgt af retningsbestemt RNA -biblioteksforberedelse.
● Bioinformatisk analyse baseret på tilpasning til et referencegenom
● Analyse inkluderer genekspression og DEG'er, men også transkriptionsstruktur og sRNA -analyse
Servicefordele
●Streng kvalitetskontrol: Vi implementerer kernekontrolpunkter på tværs af alle faser, fra prøve- og biblioteksforberedelse til sekventering og bioinformatik. Denne omhyggelige overvågning sikrer levering af konsekvent resultater af høj kvalitet.
●Strand-specifikke sekventeringsdata: På grund af forberedelsen af RNA-biblioteket er retningsbestemt, hvilket muliggør identifikation af anti-sens-transkripter.
●Komplet analyse skræddersyet til prokaryotiske transkriptomer: Den bioinformatiske rørledning inkluderer ikke kun analyse af genekspressionen, men også analyse af transkriptionsstrukturen, herunder identifikation af operoner, UTR'er og promotorer. Det inkluderer også analyse af SRNA'er, nemlig annotation og forudsigelse af sekundær struktur og mål.
●Support efter salg: Vores engagement strækker sig ud over projektets afslutning med en 3-måneders serviceperiode efter salg. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfinding af hjælp og Q & A-sessioner til at tackle eventuelle forespørgsler relateret til resultaterne.
Eksempelkrav og levering
| Bibliotek | Sekventeringsstrategi | Anbefalet data | Kvalitetskontrol |
| rRNA udtømmede retningsbibliotek | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Eksempelkrav:
| Conc. (NG/μL) | Beløb (μg) | Renhed | Integritet |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1,0-2,5 Begrænset eller intet protein- eller DNA -kontaminering vist på gel. | Rin≥6,5 |
Anbefalet prøveudlevering
Container: 2 ml centrifuge -rør (tinfolie anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
2. Rnastable rør: RNA -prøver kan tørres i RNA -stabiliseringsrør (f.eks. Rnastable®) og sendes i stuetemperatur.
Service Work Flow
Eksempel på levering
Bibliotekskonstruktion
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalg tjenester
Bioinformatisk analyse af arbejdsgang
Inkluderer følgende analyse:
● Rå datakvalitetskontrol
● Tilpasning til referencegenomet
● Bibliotekets kvalitetsvurdering: RNA -fragmentering af tilfældighed, indsæt størrelse og sekventeringsmætning
● Funktionel annotation af forudsagte kodningsgener
● Ekspressionsanalyse: Korrelation og hovedkomponentanalyse (PCA)
● Differential Gene Expression (DEGS)
● Funktionel annotation og berigelse af DEG'er
● SRNA -analyse: Forudsigelse, annotation, mål og sekundær strukturforudsigelse
● Analyse af transkriptionsstruktur: operoner, start- og slutpositioner, ikke -oversat region (UTS), promotor og SNP/Indel -analyse
Sekventeringsmætning
Funktionel annotation af kodende gener
Korrelation mellem prøver
Differential udtrykte gener (DEGS) analyse
Funktionel berigelseanalyse
SRNA -annotation
Udforsk de fremskridt, der er lettet af BMKGENEs nanopore mRNA-sekventeringstjenester i fuld længde i denne fremhævede publikation.
Guan, CP et al. (2018) 'Globale transkriptomændringer af biofilmdannende Staphylococcus epidermidis, der reagerer på totale alkaloider af Sophorea alopecuroides',Polsk Journal of Microbiology, 67 (2), s. 223. doi: 10.21307/pjm-2018-024.
