-
BMKMANU S3000_Spatialt transkriptom
Spatial transcriptomics står i spidsen for videnskabelig innovation og giver forskere mulighed for at dykke ned i indviklede genekspressionsmønstre i væv, mens de bevarer deres rumlige kontekst. Blandt forskellige platforme har BMKGene udviklet BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip, som kan prale af en forbedret opløsning på 3,5 µm, når det subcellulære område og muliggør opløsningsindstillinger på flere niveauer. S3000-chippen, der har cirka 4 millioner pletter, anvender mikrobrønde lagdelt med perler fyldt med rumligt stregkodede indfangningsprober. Et cDNA-bibliotek, beriget med rumlige stregkoder, fremstilles ud fra S3000-chippen og sekventeres efterfølgende på Illumina NovaSeq-platformen. Kombinationen af rumligt stregkodede prøver og UMI'er sikrer nøjagtigheden og specificiteten af de genererede data. BMKManu S3000-chippen er ekstremt alsidig og tilbyder opløsningsindstillinger på flere niveauer, der kan finjusteres til forskellige væv og ønskede detaljeringsniveauer. Denne tilpasningsevne positionerer chippen som et fremragende valg til forskellige rumlige transkriptomiske undersøgelser, hvilket sikrer præcis rumlig klyngning med minimal støj. Brugen af cellesegmenteringsteknologi med BMKManu S3000 muliggør afgrænsning af transskriptionelle data til cellernes grænser, hvilket resulterer i en analyse, der har direkte biologisk betydning. Desuden resulterer den forbedrede opløsning af S3000 i et højere antal gener og UMI'er detekteret pr. celle, hvilket muliggør en meget mere nøjagtig analyse af de rumlige transkriptionsmønstre og klyngedannelse af celler.
-
Enkeltkerner RNA-sekventering
Udviklingen af enkeltcelleindfangning og brugerdefinerede bibliotekskonstruktionsteknikker, kombineret med high-throughput sekventering, har revolutioneret genekspressionsundersøgelser på celleniveau. Dette gennembrud giver mulighed for dybere og mere omfattende analyse af komplekse cellepopulationer, der overvinder begrænsningerne forbundet med at beregne genekspression i gennemsnit over alle celler og bevare den sande heterogenitet inden for disse populationer. Mens enkeltcellet RNA-sekventering (scRNA-seq) har ubestridelige fordele, støder det på udfordringer i visse væv, hvor skabelsen af en enkeltcellesuspension viser sig at være vanskelig og kræver friske prøver. Hos BMKGene adresserer vi denne forhindring ved at tilbyde single-nucleus RNA-sekventering (snRNA-seq) ved hjælp af den avancerede 10X Genomics Chromium-teknologi. Denne tilgang udvider spektret af prøver, der er modtagelige for transkriptomanalyse på enkeltcelleniveau.
Isoleringen af kerner opnås gennem den innovative 10X Genomics Chromium-chip, der byder på et otte-kanals mikrofluidiksystem med dobbelte krydsninger. I dette system er gelperler, der indeholder stregkoder, primere, enzymer og en enkelt kerne, indkapslet i oliedråber på størrelse med nanoliter og danner Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Efter GEM-dannelse sker cellelyse og stregkodefrigivelse inden for hver GEM. Efterfølgende gennemgår mRNA-molekyler omvendt transkription til cDNA'er, der inkorporerer 10X stregkoder og Unique Molecular Identifiers (UMI'er). Disse cDNA'er udsættes derefter for standard sekventeringsbibliotekskonstruktion, hvilket letter en robust og omfattende udforskning af genekspressionsprofiler på enkeltcelleniveau.
Platform: 10× Genomics Chromium og Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics er en banebrydende teknologi, der giver forskere mulighed for at undersøge genekspressionsmønstre i væv og samtidig bevare deres rumlige kontekst. En kraftfuld platform i dette domæne er 10x Genomics Visium koblet med Illumina-sekventering. Princippet i 10X Visium ligger på en specialiseret chip med et udpeget indfangningsområde, hvor vævssnit placeres. Dette indfangningsområde indeholder stregkodede pletter, der hver svarer til en unik rumlig placering i vævet. De opfangede RNA-molekyler fra vævet mærkes derefter med unikke molekylære identifikatorer (UMI'er) under omvendt transkriptionsprocessen. Disse stregkodede pletter og UMI'er muliggør præcis rumlig kortlægning og kvantificering af genekspression ved en enkeltcellet opløsning. Kombinationen af rumligt stregkodede prøver og UMI'er sikrer nøjagtigheden og specificiteten af de genererede data. Ved at bruge denne Spatial Transcriptomics-teknologi kan forskere opnå en dybere forståelse af den rumlige organisering af celler og de komplekse molekylære interaktioner, der forekommer i væv, hvilket giver uvurderlig indsigt i de mekanismer, der ligger til grund for biologiske processer på flere områder, herunder onkologi, neurovidenskab, udviklingsbiologi, immunologi og botaniske studier.
Platform: 10X Genomics Visium og Illumina NovaSeq
