-
Metagenomisk sekvensering -NGS
Et metagenom er en samling af det samlede genetiske materiale fra et blandet samfund af organismer, såsom miljømæssige og menneskelige metagenomer. Den indeholder genomer af både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer. Haglgeværmetagenomisk sekvensering med NGS muliggør studiet af disse indviklede genomiske landskaber indlejret i miljøprøver ved at give mere end taksonomisk profilering, hvilket også giver granuleret indsigt i artsdiversitet, overflodsdynamik og komplekse befolkningsstrukturer. Ud over taksonomiske undersøgelser tilbyder haglgeværmetagenomik også et funktionelt genomisk perspektiv, der muliggør udforskning af kodede gener og deres formodede roller i økologiske processer. Endelig bidrager etableringen af sammenhængsnetværk mellem genetiske elementer og miljøfaktorer til en holistisk forståelse af det indviklede samspil mellem mikrobielle samfund og deres økologiske baggrund. Afslutningsvis står metagenomisk sekventering som et centralt instrument til at optrevle de genomiske forviklinger af forskellige mikrobielle samfund, hvilket belyser de mangefacetterede forhold mellem genetik og økologi inden for disse komplekse økosystemer.
Platforme: Illumina NovaSeq og DNBSEQ-T7
-
Metagenomisk sekventering-TGS
Et metagenom er en samling af det genetiske materiale fra et blandet samfund af organismer, såsom miljømæssige og menneskelige metagenomer. Den indeholder genomer af både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer. Metagenomisk sekventering muliggør studiet af disse indviklede genomiske landskaber indlejret i økologiske prøver ved at give mere end taksonomisk profilering. Det tilbyder også et funktionelt genomisk perspektiv ved at udforske de kodede gener og deres formodede roller i miljøprocesser. Mens traditionelle haglgeværtilgange med Illumina-sekventering er blevet brugt i vid udstrækning i metagenomiske undersøgelser, har fremkomsten af Nanopore og PacBio langlæst sekvensering ændret feltet. Nanopore og PacBio teknologi forbedrer downstream bioinformatiske analyser, især metagenom samling, hvilket sikrer mere kontinuerlige samlinger. Rapporter indikerer, at Nanopore-baseret og PacBio-baseret metagenomik med succes har genereret komplette og lukkede bakterielle genomer fra komplekse mikrobiomer (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). At integrere Nanopore-læsninger med Illumina-læsninger giver en strategisk tilgang til fejlkorrektion, hvilket mindsker Nanopores iboende lave nøjagtighed. Denne synergistiske kombination udnytter styrkerne ved hver sekventeringsplatform og tilbyder en robust løsning til at overvinde potentielle begrænsninger og fremme præcisionen og pålideligheden af metagenomiske analyser.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia og PacBio Revio
-
Helgenom-bisulfit-sekventering (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) står som guldstandardmetoden til dybdegående udforskning af DNA-methylering, specifikt den femte position i cytosin (5-mC), en pivotal regulator af genekspression og cellulær aktivitet. Princippet bag WGBS involverer bisulfitbehandling, hvilket inducerer omdannelsen af umethylerede cytosiner til uracil (C til U), mens methylerede cytosiner efterlades uændrede. Denne teknik tilbyder enkeltbase opløsning, hvilket giver forskere mulighed for omfattende at undersøge methylomet og afdække unormale methyleringsmønstre forbundet med forskellige tilstande, især kræft. Ved at anvende WGBS kan forskere få uovertruffen indsigt i genom-dækkende methyleringslandskaber, hvilket giver en nuanceret forståelse af de epigenetiske mekanismer, der ligger til grund for forskellige biologiske processer og sygdomme.
-
Assay for Transposase-tilgængeligt kromatin med High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
ATAC-seq er en high-throughput sekventeringsteknik, der bruges til genom-dækkende kromatintilgængelighedsanalyse. Det giver en dybere forståelse af de komplekse mekanismer af global epigenetisk kontrol over genekspression. Metoden bruger en hyperaktiv Tn5-transposase til samtidigt at fragmentere og mærke åbne kromatinregioner ved at indsætte sekventeringsadaptere. Efterfølgende PCR-amplifikation resulterer i skabelsen af et sekventeringsbibliotek, som giver mulighed for omfattende identifikation af åbne kromatinregioner under specifikke rum-tid-betingelser. ATAC-seq giver et holistisk billede af tilgængelige kromatinlandskaber i modsætning til metoder, der udelukkende fokuserer på transkriptionsfaktorbindingssteder eller specifikke histonmodificerede regioner. Ved at sekventere disse åbne kromatinregioner afslører ATAC-seq regioner, der er mere tilbøjelige til aktive regulatoriske sekvenser og potentielle transkriptionsfaktorbindingssteder, hvilket giver værdifuld indsigt i den dynamiske modulering af genekspression på tværs af genomet.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S og 18S rRNA-generne, sammen med Internal Transcribed Spacer (ITS)-regionen, tjener som pivotale molekylære fingeraftryksmarkører på grund af deres kombination af meget konserverede og hypervariable regioner, hvilket gør dem til uvurderlige værktøjer til at karakterisere prokaryote og eukaryote organismer. Amplifikation og sekventering af disse regioner tilbyder en isolationsfri tilgang til undersøgelse af den mikrobielle sammensætning og diversitet på tværs af forskellige økosystemer. Mens Illumina-sekventering typisk er rettet mod korte hypervariable regioner som V3-V4 af 16S og ITS1, er det blevet påvist, at overlegen taksonomisk annotering kan opnås ved at sekventere den fulde længde af 16S, 18S og ITS. Denne omfattende tilgang resulterer i højere procenter af nøjagtigt klassificerede sekvenser, hvilket opnår et opløsningsniveau, der strækker sig til artsidentifikation. PacBios Single-Molecule Real-Time (SMRT) sekventeringsplatform skiller sig ud ved at levere meget nøjagtige lange læsninger (HiFi), der dækker amplikonerne i fuld længde, og konkurrerer med præcisionen af Illumina-sekventering. Denne evne giver forskere mulighed for at opnå en uovertruffen fordel - et panoramaudsigt over det genetiske landskab. Den udvidede dækning øger opløsningen i artsannotering betydeligt, især i bakterie- eller svampesamfund, hvilket muliggør en dybere forståelse af mikrobielle populationers forviklinger.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Amplicon-sekventering med Illumina-teknologi, der specifikt retter sig mod de genetiske markører 16S, 18S og ITS, er en kraftfuld metode til at optrevle fylogenien, taksonomien og artsoverfloden i mikrobielle samfund. Denne tilgang involverer sekventering af de hypervariable regioner af husholdnings genetiske markører. Oprindeligt introduceret som et molekylært fingeraftryk afWoeses et ali 1977 har denne teknik revolutioneret mikrobiomprofilering ved at muliggøre isolationsfrie analyser. Gennem sekventering af 16S (bakterier), 18S (svampe) og Internal Transcribed Spacer (ITS, svampe) kan forskere identificere ikke kun rigelige arter, men også sjældne og uidentificerede. Amplikon-sekventering, der er bredt vedtaget som et centralt værktøj, er blevet medvirkende til at skelne differentielle mikrobielle sammensætninger på tværs af forskellige miljøer, herunder den menneskelige mund, tarme, afføring og videre.
-
Re-sekventering af hele genomet af bakterier og svampe
Bakterie- og svampe-hel-genom-gensekventeringsprojekter er afgørende for at fremme mikrobiel genomik ved at muliggøre færdiggørelse og sammenligning af mikrobielle genomer. Dette letter fermenteringsteknik, optimering af industrielle processer og udforskning af sekundære metabolismeveje. Ydermere er svampe- og bakteriel re-sekventering afgørende for forståelsen af miljøtilpasning, optimering af stammer og afsløring af genetisk evolutionsdynamik, med brede implikationer inden for medicin, landbrug og miljøvidenskab.
-
PacBio-fuldlængde 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Amplicon (16S/18S/ITS) platform er udviklet med mange års erfaring i mikrobiel diversitetsprojektanalyse, som indeholder standardiseret grundlæggende analyse og personaliseret analyse: grundlæggende analyse dækker det almindelige analyseindhold i den nuværende mikrobielle forskning, analyseindholdet er rigt og omfattende, og analyseresultater præsenteres i form af projektrapporter; Indholdet af personlig analyse er forskelligartet. Prøver kan udvælges, og parametre kan indstilles fleksibelt i henhold til den grundlæggende analyserapport og forskningsformål for at realisere personlige krav. Windows-operativsystem, enkelt og hurtigt.
-
PacBio-fuldlængde transkriptom (ikke-reference)
Ved at tage Pacific Biosciences (PacBio) Isoform-sekventeringsdata som input, er denne app i stand til at identificere transkriptionssekvenser i fuld længde (uden samling). Ved at kortlægge sekvenser i fuld længde mod referencegenom kan transkripter optimeres af kendte gener, transkripter, kodende regioner osv. I dette tilfælde kan der opnås mere nøjagtig identifikation af mRNA-strukturer, såsom alternativ splejsning osv. Fælles analyse med NGS transkriptom sekventeringsdata muliggør mere omfattende annotering og mere nøjagtig kvantificering i ekspression på transkriptniveau, hvilket i høj grad gavner downstream differentiel ekspression og funktionel analyse.
-
Reduceret Repræsentation Bisulfit Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) er dukket op som et omkostningseffektivt og effektivt alternativ til Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) i DNA-methyleringsforskning. Mens WGBS giver omfattende indsigt ved at undersøge hele genomet ved enkeltbaseopløsning, kan dets høje omkostninger være en begrænsende faktor. RRBS afbøder strategisk denne udfordring ved selektivt at analysere en repræsentativ del af genomet. Denne metodologi er afhængig af berigelsen af CpG-ø-rige regioner ved MspI-spaltning efterfulgt af størrelsesudvælgelse af 200-500/600 bps fragmenter. Følgelig sekventeres kun regioner proksimalt i forhold til CpG-øer, mens dem med fjerne CpG-øer er udelukket fra analysen. Denne proces, kombineret med bisulfit-sekventering, giver mulighed for højopløsningsdetektion af DNA-methylering, og sekventeringstilgangen, PE150, fokuserer specifikt på enderne af indsatserne frem for midten, hvilket øger effektiviteten af methyleringsprofilering. RRBS er et uvurderligt værktøj, der muliggør omkostningseffektiv DNA-methyleringsforskning og fremmer viden om epigenetiske mekanismer.
-
Prokaryot RNA-sekventering
RNA-sekventering giver mulighed for omfattende profilering af alle RNA-transkripter i celler under specifikke forhold. Denne banebrydende teknologi tjener som et potent værktøj, der afslører indviklede genekspressionsprofiler, genstrukturer og molekylære mekanismer forbundet med forskellige biologiske processer. RNA-sekventering, der er bredt udbredt inden for grundforskning, klinisk diagnostik og lægemiddeludvikling, giver indsigt i forviklingerne af cellulær dynamik og genetisk regulering. Vores prokaryote RNA-prøvebehandling er skræddersyet til prokaryote transkriptomer, der involverer rRNA-depletering og retningsbestemt biblioteksforberedelse.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Metatranskriptom-sekventering
Ved at udnytte Illumina-sekventeringsteknologien afslører BMKGENEs metatranskriptom-sekventeringstjeneste det dynamiske genekspression af en mangfoldig række af mikrober, der spænder over eukaryoter til prokaryoter og vira i naturlige miljøer såsom jord, vand, hav, afføring og tarmen. Vores omfattende service giver forskere mulighed for at dykke ned i komplekse mikrobielle samfunds komplette genekspressionsprofiler. Ud over taksonomisk analyse letter vores metatranskriptom-sekventeringstjeneste udforskning af funktionel berigelse og kaster lys over differentielt udtrykte gener og deres roller. Afdække et væld af biologiske indsigter, mens du navigerer i de komplekse landskaber af genekspression, taksonomisk diversitet og funktionel dynamik inden for disse forskellige miljønicher.
-
De novo svampegenomsamling
BMKGENE tilbyder alsidige løsninger til svampegenomer, der imødekommer forskellige forskningsbehov og den ønskede genomets fuldstændighed. Brug af kortlæst Illumina-sekventering alene tillader generering af et udkast til genom. Short-reads og long-read sekventering ved hjælp af Nanopore eller Pacbio kombineres for et mere raffineret svampegenom med længere contigs. Desuden forbedrer integration af Hi-C-sekventering yderligere mulighederne, hvilket muliggør opnåelse af et komplet kromosom-niveau genom.
