Heatmap
Heatmap -værktøjet accepterer en Matrix -datafil som input og giver brugerne mulighed for at filtrere, normalisere og klynge data. Den primære brugssag til heatmaps er klyngeanalyse af genekspressionsniveau mellem forskellige prøver.
Gen annotation
Genanoteringsværktøjet udfører gennotation baseret på sekvensjustering af input Fasta -filer mod forskellige databaser.
Grundlæggende lokal justeringssøgningsværktøj (BLAST)
Blastværktøjet er en BMKCloud -integreret version af NCBI Blast og kan bruges til at udføre de samme funktioner ved hjælp af data, der er uploadet til BMKCloud -kontoen.
CDS_UTR -forudsigelse
CDS_UTR-forudsigelsesværktøjet er designet til at forudsige kodningsregioner (CDS) og ikke-kodende regioner (UTR) i givne transkriptionssekvenser baseret på eksplosionsresultater mod kendte proteindatabaser og ORF-forudsigelsesresultater.
Manhattan plot
Manhattan-plotværktøjet muliggør visning af høje prøveeksperimenter og bruges ofte i genom-dækkende associeringsundersøgelser (GWAS).
Circos Diagram
Circos Diagram -værktøjet giver effektiv visualisering af, hvordan genomiske træk distribueres over genomet. Almindelige funktioner inkluderer kvantitative loci, SNP'er, indeller, strukturelle og kopienummervarianter.
Gen Ontology (GO) Berigelse
GO -berigelsesværktøjet giver funktionel berigelseanalyse. Den primære software i dette værktøj er TopGo-Bioconductor-pakken, der inkluderer differentiel ekspressionsanalyse, GO-berigelsesanalyse og visualisering af resultaterne.
Vægtet gen co-ekspressionsnetværksanalyse (WGCNA)
WGCNA er en meget anvendt dataminingmetode til at opdage gen-co-ekspressionsmoduler. Det gælder for forskellige ekspressionsdatasæt inklusive mikroarray og NGS -genekspressionsdata.
Interproscan
Interproscan -værktøjet tilvejebringer interpro proteinsekvensanalyse og klassificering.
Go Kegg berigelse
GO KEGG -berigelsesværktøjet er design til at generere et GO -berigelse histogram, Kegg berigelse histogram og kegg berigelsesvej baseret på et angivet gensæt og tilsvarende annotation.