Pacbio Transkriptom i fuld længde

PacBio Full-Length Transcriptome Sequencing, Isoseq, muliggør nøjagtig identifikation af transkriptisoformer, kaster lys over alternativ polyadenylering og splejsning og fører til mere nøjagtig genekspressionsanalyse. BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome-pipeline er designet til at analysere cDNA-biblioteker sekventeret i Circular Consensus Sequencing (CCS) mode og identificerer Full-Length Non-Chimeric (FLNC) sekvenser, som derefter grupperes i ikke-redundante transkripter. En efterfølgende BUSCO-analyse vurderer fuldstændigheden af ​​transkriptomsamlingen. Fra det samlede transkriptom udføres flere analyser: alternativ splejsning, simpel sekvensgentagelse (SSR), forudsigelse af lncRNA og tilsvarende målgener, forudsigelse af nye gener, genfamilieanalyse, transkriptionsfaktoranalyse og funktionel annotering af transkripter.