Exclusive Agency for Korea

条形banner-03

Produkter

PacBio 2+3 mRNA-opløsning i fuld længde

Mens NGS-baseret mRNA-sekventering er et alsidigt værktøj til at kvantificere genekspression, begrænser dens afhængighed af korte læsninger dens effektivitet i komplekse transkriptomiske analyser. På den anden side anvender PacBio-sekventering (Iso-Seq) langlæst teknologi, der muliggør sekventering af fuldlængde mRNA-transkripter. Denne tilgang letter en omfattende udforskning af alternativ splejsning, genfusioner og polyadenylering, selvom det ikke er det primære valg til kvantificering af genekspression. 2+3-kombinationen bygger bro mellem Illumina og PacBio ved at stole på PacBio HiFi-læsninger for at identificere det komplette sæt af transkriptisoformer og NGS-sekventering for at kvantificere de identiske isoformer.

Platforme: PacBio Sequel II/ PacBio Revio og Illumina NovaSeq;


Servicedetaljer

Workflow for bioinformatisk analyse

Demo resultater

Udvalgte publikationer

Funktioner

● Undersøgelsesdesign:

Poolet prøve sekventeret med PacBio for at identificere transkriptisoformer
Separate prøver (replikater og betingelser, der skal testes) sekventeret medNGS til at kvantificere transskriptionsekspression

● PacBio-sekventering i CCS-tilstand, genererer HiFi-læsninger
● Rækkefølge af transskriptionerne i fuld længde
● Analyse kræver ikke et referencegenom; den kan dog anvendes
● Bioinformatisk analyse omfatter ikke kun ekspression på gen- og isoform-niveau, men også analyse af lncRNA, genfusioner, polyadenylering og genstruktur

Fordele

● Høj nøjagtighed: HiFi læser med nøjagtighed >99,9 % (Q30), sammenlignelig med NGS
● Alternativ splejsningsanalyse: sekventering af alle transskriptioner muliggør isoform identifikation og karakterisering.
● Kombination af PacBio og NGS styrker: muliggør kvantificering af ekspression på isoformniveau, afsløring af ændring, der kan maskeres, når man analyserer hele genekspressionen
● Omfattende ekspertise: Med en track record med at fuldføre over 1100 PacBio transkriptomprojekter i fuld længde og behandle over 2300 prøver, bringer vores team et væld af erfaring med til hvert projekt.
● Support efter salg: Vores engagement strækker sig ud over projektafslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfindingshjælp og Q&A-sessioner for at løse eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.

Prøvekrav og levering

Bibliotek

Sekvenseringsstrategi

Data anbefales

Kvalitetskontrol

PolyA-beriget mRNA CCS-bibliotek

PacBio Sequel II

PacBio Revio

20/40 Gb

5/10 M CCS

Q30≥85 %

Poly A beriget

Illumina PE150

6-10 Gb

Q30≥85 %

Nukleotider

 

Konc.(ng/μl)

Mængde (μg)

Renhed

Integritet

Illumina bibliotek

≥ 10

≥ 0,2

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontamination vist på gel.

For planter: RIN≥4,0;

For dyr: RIN≥4,5;

5,0≥28S/18S≥1,0;

begrænset eller ingen basislinjestigning

PacBio bibliotek

≥ 100

≥ 1,0

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Begrænset eller ingen protein- eller DNA-kontamination vist på gel.

Planter: RIN≥7,5

Dyr: RIN≥8,0

5,0≥28S/18S≥1,0;

begrænset eller ingen basislinjestigning

Anbefalet prøvelevering

Beholder: 2 ml centrifugerør (stanniol anbefales ikke)

Prøvemærkning: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Forsendelse:

1. Tøris:Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.

2. RNA-stabile rør: RNA-prøver kan tørres i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i stuetemperatur.


  • Tidligere:
  • Næste:

  • vcb-1

    Indeholder følgende analyse:
    Kvalitetskontrol af rådata
    Alternativ polyadenyleringsanalyse (APA)
    Fusion transkript analyse
    Alternativ splejsningsanalyse
    Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) analyse
    Ny transkriptanalyse: forudsigelse af kodende sekvenser (CDS) og funktionel annotering
    lncRNA-analyse: forudsigelse af lncRNA og mål
    MicroSatelite Identification (SSR)
    Analyse af differentielt udtrykte transkripter (DET'er).
    Analyse af differentielt udtrykte gener (DEG'er).
    Funktionel annotering af DEG'er og DET'er

    BUSCO analyse

     

    vcb-2

     

    Alternativ splejsningsanalyse

    vcb-3

    Alternativ polyadenyleringsanalyse (APA)

     

     

    vcb-4

     

    Differentielt udtrykte gener (DEG'er) og transkripter (DETs9 analyse

     

     

    vcb-5

     

    Protein-Protein interaktionsnetværk af DET'er og DEG'er

     

    vcb-6

     

    Udforsk de fremskridt, der er lettet af BMKGene's PacBio 2+3 fuldlængde mRNA-sekventering gennem en kurateret samling af publikationer.

    Chao, Q. et al. (2019) 'The developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
    Deng, H. et al. (2022) 'Dynamiske ændringer i ascorbinsyreindhold under frugtudvikling og modning af Actinidia latifolia (en ascorbatrig frugtafgrøde) og de tilknyttede molekylære mekanismer', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), s. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
    Hua, X. et al. (2022) 'Effektiv forudsigelse af biosyntetiske pathway-gener involveret i bioaktive polyphylliner i Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
    Liu, M. et al. (2023) 'Kombineret PacBio Iso-Seq og Illumina RNA-Seq analyse af Tuta absoluta (Meyrick) transkriptomet og Cytochrom P450 gener', Insects, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
    Wang, Lijun et al. (2019) 'En undersøgelse af transkriptomkompleksitet ved hjælp af PacBio enkeltmolekyle-realtidsanalyse kombineret med Illumina RNA-sekventering for en bedre forståelse af ricinolsyrebiosyntese i Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), s. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURE/7.

    få et tilbud

    Skriv din besked her og send den til os

    Send din besked til os: