mRNA-seq (NGS) med referencegenom
RNA-seq er et standardværktøj på tværs af livs- og afgrødevidenskab, der bygger bro mellem genomer og proteomer. Dens styrke ligger i at opdage nye transskriptioner og kvantificere deres udtryk i én analyse. Det er meget brugt til sammenlignende transkriptomiske undersøgelser, der kaster lys over gener relateret til forskellige egenskaber eller fænotyper, som at sammenligne mutanter med vildtyper eller afsløre genekspression under specifikke forhold. BMKCloud mRNA(Reference) APP integrerer ekspressionskvantificering, differentiel ekspressionsanalyse(DEG) og sekvensstrukturanalyser i mRNA-seq(NGS) bioinformatikpipelinen og forener styrkerne ved lignende software, hvilket sikrer bekvemmelighed og brugervenlighed. Brugere kan uploade deres RNA-seq-data til skyen, hvor appen tilbyder en omfattende, one-stop bioinformatisk analyseløsning. Derudover prioriterer det kundeoplevelsen og tilbyder personaliserede operationer skræddersyet til brugernes specifikke behov. Brugere kan indstille parametre og indsende pipeline-missionen på egen hånd, kontrollere den interaktive rapport, se data/diagrammer og fuldføre data mining, såsom: målgenvalg, funktionel clustering, diagrammering osv.
Platform:Illumina, MGI
Strategi:RNA-Seq
Layout: Parret, rene data.
Bibliotekstype:fr-ustrandet, fr-førstestrand eller fr-andenstrand
Læselængde:150 bp
Filtype:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz eller *.fq.gz. Systemet vilparrer automatisk .fastq-filerne i henhold til deres filnavne,fx *_1.fastq parret med *._2.fastq.
Antal prøver:Der er ingen begrænsninger på antalletaf prøver, men analysetiden vil stige i takt med antallet afprøver vokser.
Anbefalet datamængde:6G pr prøve