Nanopore-baseret fuldlængde transkriptom-sekventering
Nanopore-sekventering adskiller sig fra andre sekventeringsplatforme ved, at nukleotiderne aflæses direkte uden DNA-syntese og genererer lange aflæsninger ved titusvis af kilobaser. Dette giver mulighed for direkte udlæsning af transskriptioner i fuld længde og tackling af udfordringerne i transkriptomiske undersøgelser.
√ Lav sekvensspecifik bias
√ Fuldlængde udlæsning af cDNA til genstrukturundersøgelser
√ Der kræves færre data for at dække samme antal transskriptioner
√ Identifikation af flere isoformer pr. gen
√ Udtrykskvantificering på isoform-niveau
Typisk bioinformatikpipeline
Seneste vellykkede cases med biomarkørteknologier
1. Sammenlignende analyser af transkriptomer i fuld længde afslører Gnetum luofuense-stammens udviklingsdynamik
Tidsskrift: Frontiers in Genetics
Udgivet: Mar. 2021
Nøgleord: MinION | Alternativ splejsning | APA | lncRNA | Differentielt udtrykte transskriptioner
Læs hele teksten
2. Ensrettet bevægelse af små RNA'er fra skud til rødder i interspecifikke heterotransplantater
Tidsskrift: Naturplanter
Udgivet: januar 2021
Nøgleord: Nanopore | Illumina | mobil mRNA-detektion i fuld længde
3. Transkriptomanalyse i fuld længde af aspargesrødder afslører den molekylære mekanisme for salttolerance induceret af arbuskulære mykorrhizasvampe
Tidsskrift: Environmental and Experimental Botany
Udgivet: januar 2021
Nøgleord: MinION | Differentielt udtrykte afskrifter | Transskriptionsfaktorer | Alternativ splejsning
4. Fysiologiske karakteristiske ændringer og fuld-længde transkriptom af roser (Rosa chinensis) rødder og blade som reaktion på tørkestress
Tidsskrift: Plante- og cellefysiologi
Udgivet: oktober 2020
Nøgleord: PromethION | Differentielt udtrykte afskrifter | Funktionel forudsigelse | Splejsede isoformer | TF og lncRNA
5. Analyse og omfattende sammenligning af PacBio og nanopore-baseret RNA-sekventering af Arabidopsis-transkriptomet
Journal: Plantemetode
Udgivet: april 2020
Nøgleord: GridION | PromethION | PacBio-efterfølger | Illumina NovaSeq | Genomjustering | Udskriftsidentifikation | Alternativ splejsning | SSR | LncRNA | Isoform kvantificering
Nyheder og højdepunkter sigter på at dele de seneste succesfulde cases med Biomarker Technologies, fange nye videnskabelige resultater såvel som fremtrædende teknikker anvendt under undersøgelsen.
Indlægstid: Jan-08-2022