T2T -genomforsamling, Gap Free Genome
1stTo risgenomer1
Titel: Montering og validering af to gapfrie referencegenomer til Xian/Indica ris afslører indsigt i plantecentromerearkitektur
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Indsendt tid: 1. januar 2021.
Institut: Huazhong Agricultural University, Kina
Materialer
O. sativa xian/indicaRisvarianter 'Zhenshan 97 (ZS97)' og 'Minghui 63 (MH63)
Sekventeringsstrategi
NGS læser + HiFi læser + CLR læser + Bionano + Hi-C
Data:
ZS97: 8.34 GB （~ 23X） HiFi læser + 48.39 GB (~ 131x) CLR læser + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano Irys Celler
MH63: 37,88 GB (~ 103x) HiFi læser + 48,97 GB (~ 132x) CLR læser + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 Bionano Irys Celler
Figur 1 To gapfrie genomer af ris (MH63 og ZS97)
2ndBanangenom2
Titel: Telomere-til-telomere Gapless-kromosomer af banan ved hjælp af nanopore sekventering
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Indsendt tid: 17. april 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Frankrig
Materialer
Dobbelt haploidMusa AcuminatasppMalaccensis(Dh-Pahang)
Sekventeringsstrategi og data:
HISEQ2500 PE250 MODE+ MINION/ PROMETHION (93 GB, ~ 200X)+ Optisk kort (DLE-1+ BSPQ1)
Tabel 1 Sammenligning af Musa Acuminata (DH-PAHANG) genomforsamling
Figur 2 Musa Genomes Arkitektur sammenligning
3rdPhaeodactylum tricornutum genom3
Titel: Telomere-til-telomere genomforsamling afP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Indsendt tid: 4. maj 2021
Institut: Western University, Canada
Materialer
Phaeodactylum tricornutum(Kulturindsamling af alger og protozoa CCAP 1055/1)
Sekventeringsstrategi og data:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 parret ende Mid-output NextSeq 550 Run
Figur 3 Arbejdsgang til genomforsamling af telomere-til-telomere
4thHuman CHM13 genom4
Titel: Den komplette sekvens af et humant genom
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Indsendt tid: 27. maj 2021
Institut: National Institutes of Health (NIH), USA
Materialer: Cellelinie CHM13
Sekventeringsstrategi og data:
30 × Pacbio Circular Consensus Sequencing (HiFi), 120 × Oxford Nanopore Ultra-Long Read Sequencing, 100 × Illumina PCR-Free Sequencing (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (HI-C), Bionano Optical Maps, og Strand-Seq
Tabel 2 Sammenligning af GRCH38 og T2T-CHM13 Human Genome Assemblies
Reference
1.Sergey Nurk et al. Den komplette sekvens af et humant genom. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belsser et al. Telomere-til-telomere Gapless-kromosomer af banan ved anvendelse af nanopore-sekventering. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Telomere-til-telomergenomforsamling af phaeodactylum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. Montering og validering af to gap-frie referencegenomer til Xian/Indica ris afslører indsigt i plantecentromerearkitektur. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Posttid: Jan-06-2022