Nanopore Transkriptom i fuld længde

Nanopore transkriptomsekventering er en kraftfuld metode til sekventering af fuldlængde cDNA'er, nøjagtig identifikation og kvantificering af transkriptisoformer. BMKCloud Nanopore fuldlængde transkriptom-pipeline er designet til at analysere RNA-Seq-data genereret på Nanopore-platformen mod et højkvalitets velannoteret referencegenom, hvilket giver kvalitativ og kvantitativ analyse på både gen- og transkriptniveau. Efter kvalitetskontrol opnås fuldlængde ikke-kimære (FLNC) sekvenser, og konsensussekvenser kortlægges til referencegenomet for at fjerne redundante transkripter. Fra dette transkriptsæt kvantificeres ekspression, og differentielt udtrykte gener og transkripter identificeres og funktionelt annoteret. Pipelinen omfatter også alternativ polyadenyleringsanalyse (APA), alternativ splejsningsanalyse, simpel sekvensgentagelse (SSR) analyse, forudsigelse af lncRNA og tilsvarende mål, forudsigelse af kodende sekvenser (CDS), genfamilieanalyse, transkriptionsfaktoranalyse, forudsigelse af nye gener og funktionel annotering af transskriptioner.