mRNA-seq (NGS) – De novo

mRNA-sekventering muliggør profilering af alle mRNA-transkripter i celler under specifikke forhold og er en meget anvendt teknologi inden for forskellige forskningsområder. BMKCloud De novo mRNA-seq-pipelinen er designet til at analysere poly-A-berigede sekventeringsbiblioteker, når intet referencegenom er tilgængeligt. Pipelinen starter med kvalitetskontrol, efterfulgt afde novotransskriptionssamling og unigen sæt valg. Den unigen strukturanalyse forudsiger kodende sekvens (CDS) og simple sekvensgentagelser (SSR). Efterfølgende finder den differentielle ekspressionsanalyse differentielt udtrykte gener (DEG'er) blandt de testede betingelser, efterfulgt af funktionel annotering og berigelse af DEG'er for at udtrække biologisk indsigt.