Metagenomics (NGS)

Shotgun Metagenomics med Illumina er et populært værktøj til at studere mikrobiomer ved direkte sekventering af DNA fra komplekse prøver, hvilket muliggør undersøgelse af både taksonomisk og funktionel mangfoldighed. Den BMKCloud Metagenomic (NGS) rørledning begynder med kvalitetskontrol og metagenomenhed, hvorfra gener er forudsagt og samlet til ikke-redundante datasæt, der er annoteret til funktion og taksonomi ved hjælp af flere databaser. Denne information bruges til at analysere taxonomisk mangfoldighed inden for prøve (alfa-mangfoldighed) og mangfoldighed mellem prøve (beta-mangfoldighed). Differentialanalyse mellem grupper finder OTU'er og biologiske funktioner, der adskiller sig mellem de to grupper, der bruger både parametriske og ikke-parametriske tests, mens korrelationsanalyse relaterer disse forskelle til miljøfaktorer.