lncrna

Lange ikke-kodende RNA'er (lncRNA) er RNA'er længere end 200 nukleotider med lavt kodende potentiale, men med kritiske regulatoriske funktioner. BMKCloud lncRNA-pipelinen er designet til at analysere rRNA-udtømte biblioteker med et højkvalitets, godt kommenteret referencegenom ved at analysere lncRNA- og mRNA-ekspression sammen. Efter aflæsning af trimning og kvalitetskontrol justeres aflæsninger til referencegenomet for at samle transkripter, og efterfølgende genstrukturanalyse afslører alternativ splejsning og nye gener. Transkripter identificeres som mRNA'er eller lncRNA'er, og differentiel ekspressionsanalyse identificerer differentielt udtrykte lncRNA'er, deres mål og differentielt udtrykte gener (DEGS). Både DEG'er og differentielt udtrykte lncRNA-mål er funktionelt annoterede for at finde berigede funktionelle kategorier.