Exclusive Agency for Korea

条形 Banner-03

Produkter

HI-C-baseret kromatininteraktion

HI-C er en metode designet til at fange genomisk konfiguration ved at kombinere sondering af nærhedsbaserede interaktioner og sekventering med høj kapacitet. Metoden er baseret på chromatin-tværbinding med formaldehyd, efterfulgt af fordøjelse og genindlæsning på en måde, som kun fragmenter, der er kovalent forbundet, danner ligeringsprodukter. Ved sekventering af disse ligeringsprodukter er det muligt at studere 3D -organisationen af ​​genomet. HI-C muliggør undersøgelse af fordelingen af ​​de dele af genomet, der er let pakket (et rum, euchromatin) og mere sandsynligt at være transkriptionelt aktive, og de regioner, der er mere tæt pakket (B-rum, heterochromatin). Hi-C kan også bruges til at præcisere topologisk tilknyttede domæner (TAD'er), regioner af genomet, der har foldede strukturer og sandsynligvis har lignende ekspressionsmønstre, og til at identificere kromatinsløjfer, DNA-regioner, der er forankret sammen med proteiner, og det er ofte beriget i regulatoriske elementer. BMKGENES HI-C-sekventeringstjeneste giver forskere mulighed for at udforske de rumlige dimensioner af genomik, hvilket åbner nye veje for at forstå genomregulering og dens konsekvenser for sundhed og sygdom.


Serviceoplysninger

Bioinformatik

Demo resultater

Fremhævede publikationer

Servicefunktioner

● Sekventering på Illumina Novaseq med PE150.

● Service kræver vævsprøver, i stedet for ekstraherede nukleinsyrer, til tværbinding med formaldehyd og bevarer DNA-proteininteraktionerne.

● Hi-C-eksperimentet involverer begrænsning og slutreparation af de klæbrige ender med biotin, efterfulgt af cirkularisering af de resulterende stumpe ender, mens interaktioner bevares. DNA'et trækkes derefter ned med streptavidinperler og oprenses til efterfølgende biblioteksforberedelse.

Servicefordele

Optimal begrænsningsenzymdesign: For at sikre en høj HI-C-effektivitet på forskellige arter med op til 93% gyldige interaktionspar.

Omfattende ekspertise og publikationsregistre:Bmkgene har enorm erfaring med> 2000 HI-C-sekventeringsprojekter fra 800 forskellige arter og forskellige patenter. Over 100 offentliggjorte sager med en akkumulativ påvirkningsfaktor på over 900.

Meget kvalificeret bioinformatik team:Med interne patenter og softwareophavsret til HI-C-eksperimenter og dataanalyse og en selvudviklet visualiseringsdatasoftware.

Support efter salg:Vores forpligtelse strækker sig ud over projektets afslutning med en 3-måneders serviceperiode efter salg. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfinding af hjælp og Q & A-sessioner til at tackle eventuelle forespørgsler relateret til resultaterne.

Omfattende annotation: Vi bruger flere databaser til funktionelt at kommentere generne med identificerede variationer og udføre den tilsvarende berigelsesanalyse, hvilket giver indsigt i flere forskningsprojekter.

Servicespecifikationer

Bibliotek

Sekventeringsstrategi

Anbefalet dataoutput

Hi-C signalopløsning

Hi-C-bibliotek

Illumina PE150

Chromatin Loop: 150x

Tad: 50x

Chromatin Loop: 10 kb

Tad: 40 kb

Servicekrav

Prøvetype

Krævet beløb

Dyrevæv

≥2g

Helblod

≥2 ml

Svampe

≥1g

Plante-ungt væv

1G/Aliquot, 2-4 ALIQUOTES anbefalet

Dyrkede celler

≥1x107


  • Tidligere:
  • Næste:

  • 图片 98

    Inkluderer følgende analyse:

    ● Rå data QC;

    ● Kortlægning og Hi-C-bibliotek QC: Gyldige interaktionspar og interaktionsfaldseksponenter (IDE'er);

    ● Genomfattende interaktionsprofilering: CIS/Trans-analyse og Hi-C-interaktionskort;

    ● Analyse af A/B -rumfordeling;

    ● Identifikation af TAD'er og kromatinsløjfer;

    ● Differentialanalyse på 3D -kromatinstrukturelementer blandt prøver og tilsvarende funktionel annotation af tilknyttede gener.

    CIS og transforholdsfordeling

    图片 99

     

    Heatmap for kromosomale interaktioner mellem prøver

    图片 100

     

    Genomfattende distribution af A/B-rum图片 23

     

    Genomfattende distribution af kromatinsløjfer

     

    图片 102

     

    Visualisering af TAD'er

    图片 103

     

    Udforsk forskningsfremskridt lettet af BMKGENEs HI-C-sekventeringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.

     

     

    Meng, T. et al. (2021) 'En sammenlignende integreret multi-omics-analyse identificerer CA2 som et nyt mål for Chordoma',Neuro-onkologi, 23 (10), s. 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.

    Xu, L. et al. (2021) '3D-uorganisering og omarrangement af genom giver indsigt i patogenese af NAFLD ved integreret HI-C, Nanopore og RNA-sekventering',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), s. 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.

    Få et tilbud

    Skriv din besked her og send den til os

    Send din besked til os: