● Sekventering på Illumina Novaseq med PE150.
● Service kræver vævsprøver, i stedet for ekstraherede nukleinsyrer, til tværbinding med formaldehyd og bevarer DNA-proteininteraktionerne.
● Hi-C-eksperimentet involverer begrænsning og slutreparation af de klæbrige ender med biotin, efterfulgt af cirkularisering af de resulterende stumpe ender, mens interaktioner bevares. DNA'et trækkes derefter ned med streptavidinperler og oprenses til efterfølgende biblioteksforberedelse.
●Optimal begrænsningsenzymdesign: For at sikre en høj HI-C-effektivitet på forskellige arter med op til 93% gyldige interaktionspar.
●Omfattende ekspertise og publikationsregistre:Bmkgene har enorm erfaring med> 2000 HI-C-sekventeringsprojekter fra 800 forskellige arter og forskellige patenter. Over 100 offentliggjorte sager med en akkumulativ påvirkningsfaktor på over 900.
●Meget kvalificeret bioinformatik team:Med interne patenter og softwareophavsret til HI-C-eksperimenter og dataanalyse og en selvudviklet visualiseringsdatasoftware.
●Support efter salg:Vores forpligtelse strækker sig ud over projektets afslutning med en 3-måneders serviceperiode efter salg. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfinding af hjælp og Q & A-sessioner til at tackle eventuelle forespørgsler relateret til resultaterne.
●Omfattende annotation: Vi bruger flere databaser til funktionelt at kommentere generne med identificerede variationer og udføre den tilsvarende berigelsesanalyse, hvilket giver indsigt i flere forskningsprojekter.
Bibliotek | Sekventeringsstrategi | Anbefalet dataoutput | Hi-C signalopløsning |
Hi-C-bibliotek | Illumina PE150 | Chromatin Loop: 150x Tad: 50x | Chromatin Loop: 10 kb Tad: 40 kb |
Prøvetype | Krævet beløb |
Dyrevæv | ≥2g |
Helblod | ≥2 ml |
Svampe | ≥1g |
Plante-ungt væv | 1G/Aliquot, 2-4 ALIQUOTES anbefalet |
Dyrkede celler | ≥1x107 |
Inkluderer følgende analyse:
● Rå data QC;
● Kortlægning og Hi-C-bibliotek QC: Gyldige interaktionspar og interaktionsfaldseksponenter (IDE'er);
● Genomfattende interaktionsprofilering: CIS/Trans-analyse og Hi-C-interaktionskort;
● Analyse af A/B -rumfordeling;
● Identifikation af TAD'er og kromatinsløjfer;
● Differentialanalyse på 3D -kromatinstrukturelementer blandt prøver og tilsvarende funktionel annotation af tilknyttede gener.
CIS og transforholdsfordeling
Heatmap for kromosomale interaktioner mellem prøver
Genomfattende distribution af A/B-rum
Genomfattende distribution af kromatinsløjfer
Visualisering af TAD'er
Udforsk forskningsfremskridt lettet af BMKGENEs HI-C-sekventeringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Meng, T. et al. (2021) 'En sammenlignende integreret multi-omics-analyse identificerer CA2 som et nyt mål for Chordoma',Neuro-onkologi, 23 (10), s. 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.
Xu, L. et al. (2021) '3D-uorganisering og omarrangement af genom giver indsigt i patogenese af NAFLD ved integreret HI-C, Nanopore og RNA-sekventering',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), s. 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.