Eukaryot mRNA-analyse (referencebaserede og de novo muligheder tilgængelige)
Denne pipeline bruger NGS RNA-Seq-data som input og producerer resultater fra flere downstream-analyser, herunder men ikke begrænset til: sekventeringsdatakvalitetsvurdering,de novotranskriptionsstedsannotering, variabel splejsningsanalyse, differentiel ekspressionsanalyse, funktionsannotering og berigelsesanalyse.
Lang ikke-kodende RNA-analyse
Lange ikke-kodende RNA'er (lncRNA) er ikke-kodende transkripter med længder længere end 200 nt og kendt for at spille roller i kromatinorganisering og -regulering. High-throughput sekventeringsteknologier og bioinformatik har styrket vores forståelse af lncRNA-sekvenser og positioneringsinformation til at identificere lncRNA'er med afgørende regulatoriske funktioner. Denne pipeline giver lncRNA-analyse ud over analyser nævnt i den eukaryote mRNA-analysepipeline.
16S/18S/ITS amplikonsekvensering
Amplicon Sequencing pipeline for mikrobiel diversitetsanalyse blev udviklet baseret på mange års erfaring med mikrobiel diversitetsprojektanalyse. Pipelinen indeholder standardiseret basisanalyse, som dækker det almindelige analyseindhold i aktuel mikrobiel forskning og personlig analyse. Analyserapporten er rig og omfattende, med mulighed for at udføre forskellige personlige analyser. Derudover kan prøver og grupper modificeres i farten for yderligere tilpasning og kontrol.
Analyse af haglgeværmetagenomik
Shotgun Metagenomic Analysis pipeline bruger NGS-data fra blandede genomiske materialer udvundet fra miljøprøver. Inkluderede analyser giver detaljerede oplysninger om artsdiversitet og overflod, populationsstruktur, fylogenetisk forhold, funktionelle gener og korrelationsnetværk med miljøfaktorer.
NGS-WGS Variantanalyse
NGS-WGS Variant Analysis er en integreret variantdetektionspipeline, der udfører datakvalitetskontrol, sekvensjustering, annotering og genmutationsanalyse. Pipelinen følger GATK bedste praksis for SNP- og InDel-detektion og bruger Manta til strukturelle variantkald.
Genome Wide Association Study (GWAS)
GWAS-pipelinen er en downstream-analyse, der tager tidligere genererede VCF-filer og tilsvarende fænotypedata for en kohorte af individer som input. Ved hjælp af specifikke statistiske metoder sigter GWAS på at afdække genom-brede nukleotidvariationer korreleret med fænotypiske forskelle. Det spiller en afgørende rolle i at udforske funktionelle gener forbundet med komplekse menneskelige sygdomme og indviklede træk hos planter og dyr.
Bulk Segregation Analysis (BSA)
BSA-analyse involverer at samle individer med ekstreme fænotypiske træk fra en adskillende befolkning. Ved at sammenligne differentielle loci mellem de samlede prøver identificerer denne tilgang hurtigt tæt forbundne molekylære markører forbundet med målgener. Udbredt i genetisk kortlægning af planter og dyr, er det et værdifuldt værktøj til markør-assisteret avl.
Evolutionær Genetik Analyse
Workflowet for evolutionær genetikanalyse udnytter BMKGENE's omfattende erfaring i genetiske evolutionsprojekter og inkluderer fylogenetisk trækonstruktion, koblingsuligevægtsanalyse, genetisk diversitetsvurdering, selektiv sweep-identifikation, slægtskabsanalyse, hovedkomponentanalyse og populationsstrukturkarakterisering.
