Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Log ind

Produkter

Evolutionær genetik

Evolutionær Genetik er en omfattende sekventeringstjeneste designet til at tilbyde en indsigtsfuld fortolkning af evolutionen inden for en stor gruppe af individer, baseret på genetiske variationer, herunder SNP'er, InDels, SV'er og CNV'er. Denne service omfatter alle væsentlige analyser, der er nødvendige for at belyse populationernes evolutionære skift og genetiske karakteristika, herunder vurderinger af befolkningsstruktur, genetisk diversitet og fylogenetiske forhold. Desuden dykker den ned i undersøgelser af genflow, hvilket muliggør estimeringer af effektiv populationsstørrelse og divergenstid. Evolutionære genetikstudier giver værdifuld indsigt i arternes oprindelse og tilpasninger.

Hos BMKGENE tilbyder vi to muligheder for at udføre evolutionære genetikundersøgelser på store populationer: ved at anvende hel-genom-sekventering (WGS) eller vælge en genom-sekventeringsmetode med reduceret repræsentation, det internt udviklede Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Mens WGS passer til mindre genomer, fremstår SLAF som et omkostningseffektivt alternativ til at studere større populationer med længere genomer, hvilket effektivt minimerer sekventeringsomkostninger.

Kontakt os

Servicedetaljer

Bioinformatik

Demo resultater

Udvalgte publikationer

Service fordele

Takagi et al.,Plantejournalen, 2013

●Omfattende bioinformatisk analyse:muliggør estimering af genetisk diversitet, som afspejler arternes evolutionære potentiale, og afslører pålidelig fylogenetisk relation mellem arter med minimeret indflydelse af konvergent evolution og parallel evolution

●Valgfri tilpasset analyse: såsom estimering af divergenstid og hastighed baseret på variationer på nukleotid- og aminosyreniveau.

●Omfattende ekspertise og publikationsoptegnelser: BMKGene har akkumuleret massiv erfaring i populations- og evolutionære genetikprojekter i over 15 år, dækkende tusindvis af arter osv. og bidraget til over 1000 højniveauprojekter publiceret i Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.

● Højt kvalificeret bioinformatikteam og kort analysecyklus: Med stor erfaring i avanceret genomisk analyse leverer BMKGenes team omfattende analyser med en hurtig ekspeditionstid.

● Support efter salg:Vores engagement strækker sig ud over projektafslutning med en 3-måneders eftersalgsserviceperiode. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfindingshjælp og Q&A-sessioner for at løse eventuelle spørgsmål relateret til resultaterne.

Servicespecifikationer og krav

Type af sekventering

Anbefalet befolkningsskala

Sekvenseringsstrategi

Nukleotidkrav

Helgenom-sekventering

≥ 30 individer, med ≥ 10 individer fra hver undergruppe

10x

Koncentration: ≥ 1 ng/µL

Samlet mængde ≥ 30ng

Begrænset eller ingen nedbrydning eller forurening

Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF)

Tag dybde:

10x

Antal tags:

<400 Mb: WGS anbefales

<1Gb: 100K tags

1 Gb

>2Gb: 300K tags

Max 500.000 tags

Koncentration ≥ 5 ng/µL

Samlet mængde ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280=1,6-2,5

Agarosegel: ingen eller begrænset nedbrydning eller forurening

Service Work Flow

Eksperimentdesign

Prøve levering

Biblioteksbyggeri

Sekvensering

Dataanalyse

Eftersalgsservice

Tidligere: Bulked Segregant analyse

Næste: Metabolomics

Tjenesten omfatter analyse af befolkningsstruktur (fylogenetisk træ, PCA, befolkningsstratifikationsdiagram), befolkningsdiversitet og befolkningsudvælgelse (sammenkoblingsuligevægt, selektiv sweep-selektion af fordelagtige steder). Tjenesten kan også omfatte tilpasset analyse (f.eks. divergenstid, genflow).

*Demoresultater vist her er alle fra genomer offentliggjort med BMKGENE

1.Evolutionsanalyse indeholder konstruktion af fylogenetisk træ, populationsstruktur og PCA baseret på genetiske variationer.

Fylogenetisk træ repræsenterer taksonomiske og evolutionære forhold mellem arter med fælles forfader.
PCA har til formål at visualisere nærhed mellem delpopulationer.
Populationsstruktur viser tilstedeværelsen af genetisk distinkt underpopulation med hensyn til allelfrekvenser.

3-1Fylogenetisk-træ 3-2 PCA 3-3 Befolkningsstruktur

Chen, et. al.,PNAS, 2020

2.Selektiv sweep

Selektivt sweep refererer til en proces, hvorved et fordelagtigt sted udvælges, og frekvenserne af linkede neutrale steder øges, og frekvenserne af ikke-linkede steder reduceres, hvilket resulterer i en reduktion af regionale.

Genom-dækkende påvisning på selektive sweep-regioner behandles ved at beregne populationsgenetisk indeks (π，Fst, Tajima's D) af alle SNP'er inden for et glidende vindue (100 Kb) i et bestemt trin (10 Kb).

Nukleotid diversitet(π）
4Nukleotid-diversitet(π）

Tajimas D
5Tajima's-D

Fikseringsindeks (Fst)

6Fixationsindeks(Fst)

Wu, et. al.,Molekylær plante, 2018

3.Genflow

7 Gen-flow

Wu, et. al.,Molekylær plante, 2018

4.Demografisk historie

8Demografisk historie

Zhang, et. al.,Natur Økologi & Evolution, 2021

5.Divergens tid

9 Divergens-tid

Zhang, et. al.,Natur Økologi & Evolution, 2021

Udforsk de fremskridt, der er lettet af BMKGenes evolutionære genetiktjenester gennem en kurateret samling af publikationer:

Hassanyar, AK et al. (2023) 'Opdagelse af SNP-molekylære markører og kandidatgener associeret med Sacbrood-virusresistens i Apis cerana cerana-larver ved gensekvensering af hele genom',Internationalt tidsskrift for molekylære videnskaber24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.

Chai, J. et al. (2022) 'Opdagelse af en vild, genetisk ren kinesisk kæmpesalamander skaber nye bevaringsmuligheder',Zoologisk forskning, 2022, bind. 43, hæfte 3, sider: 469-480, 43(3), s. 469-480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.

Han, M. et al. (2022) 'Fylogeografisk mønster og befolkningsudviklingshistorie for indfødte Elymus sibiricus L. på Qinghai-tibetansk plateau',Grænser i plantevidenskab, 13, s. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.

Wang, J. et al. (2022) 'Genomisk indsigt i longan-evolution fra en genomsamling på kromosomniveau og populationsgenomik af longan-accessioner',Havebrugsforskning, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.