MRNA -sekventering i fuld længde -pacbio
Funktioner
● CDNA-syntese fra poly-A mRNA efterfulgt af biblioteksforberedelse
● Sekventering i CCS -tilstand, generering af HiFi -læsninger
● Sekventering af udskrifter i fuld længde
● Analysen kræver ikke et referencegenom; Det kan dog anvendes
● Bioinformatisk analyse muliggør analyse af transkripter isoform lncRNA, genfusioner, poly-adenylering og genstruktur
Servicefordele
●Høj nøjagtighed: HiFi læser med nøjagtighed> 99,9% (Q30), sammenlignelig med NGS
● Alternativ splejsningsanalyse: Sekventering af hele transkripterne muliggør identifikation og karakterisering af isoform
●Omfattende ekspertise: Med en track record med at gennemføre over 1100 Pacbio i fuld længde transkriptomprojekter og behandling over 2300 prøver, bringer vores team et væld af erfaring til hvert projekt.
●Support efter salg: Vores engagement strækker sig ud over projektets afslutning med en 3-måneders serviceperiode efter salg. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfinding af hjælp og Q & A-sessioner til at tackle eventuelle forespørgsler relateret til resultaterne.
Eksempelkrav og levering
| Bibliotek | Sekventeringsstrategi | Anbefalet data | Kvalitetskontrol |
| Polya beriget mRNA CCS -bibliotek | Pacbio -efterfølger II Pacbio Revio | 20/40 GB 5/10 m CCS | Q30≥85% |
Eksempelkrav:
Nukleotider:
● Planter:
Rod, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frugt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 300 mg
Viscera eller hjerne: 240 mg
Muskel: 450 mg
Knogler, hår eller hud: 1G
● leddyr:
Insekter: 6g
Crustacea: 300 mg
● Helblod: 1 rør
● Celler: 106 celler
| Conc. (NG/μL) | Beløb (μg) | Renhed | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Begrænset eller intet protein- eller DNA -kontaminering vist på gel. | For planter: rin≥7,5; For dyr: rin≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; Begrænset eller ingen baselinehøjde |
Anbefalet prøveudlevering
Beholder: 2 ml centrifuge -rør (tinfolie anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
2. Rnastable rør: RNA -prøver kan tørres i RNA -stabiliseringsrør (f.eks. Rnastable®) og sendes i stuetemperatur.
Service Work Flow
Eksperimentdesign
Eksempel på levering
RNA -ekstraktion
Bibliotekskonstruktion
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalg tjenester
Inkluderer følgende analyse:
● Rå datakvalitetskontrol
● Alternativ polyadenyleringsanalyse (APA)
● Fusionstranskriptanalyse
● Alternativ splejsningsanalyse
● Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) Analyse
● Novel transkriptionsanalyse: Forudsigelse af kodningssekvenser (CDS) og funktionel annotation
● lncRNA -analyse: Forudsigelse af lncRNA og mål
● Microsatelite Identification (SSR)
Busco -analyse
Alternativ splejsningsanalyse
Alternativ polyadenyleringsanalyse (APA)
Funktionel annotation af nye transkripter
Udforsk de fremskridt, der er lettet af BMKGENEs nanopore mRNA-sekventeringstjenester i fuld længde i denne fremhævede publikation.
Ma, Y. et al. (2023) 'Sammenlignende analyse af Pacbio og ONT RNA -sekventeringsmetoder til Nemopilema nomurai Venom Identification', Genomics, 115 (6), p. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'The Developmental Dynamics of the Populus Stem Transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17 (1), s. 206–219. doi: 10.1111/pbi.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamiske ændringer i ascorbinsyreindhold under frugtudvikling og modning af Actinidia latifolia (en ascorbatrig frugtafgrøde) og de tilknyttede molekylære mekanismer', International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), p. 5808. doi: 10.3390/ijms23105808/s1.
Hua, X. et al. (2022) 'Effektiv forudsigelse af biosyntetiske vejgener involveret i bioaktive polyphylliner i Paris Polyphylla', kommunikationsbiologi 2022 5: 1, 5 (1), s. 1–10. doi: 10.1038/S42003-022-03000-Z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombineret pacbio iso-seq og Illumina RNA-seq-analyse af Tuta Absoluta (Meyrick) transkriptom og cytochrome p450 gener', insekter, 14 (4), p. 363. doi: 10.3390/insekter14040363/s1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'En undersøgelse af transkriptomkompleksitet ved anvendelse af pacbio enkeltmolekyle realtidsanalyse kombineret med Illumina RNA-sekventering for en bedre forståelse af ricinolsyrebiosyntesen i Ricinus communis', BMC Genomics, 20 (1), s. 1–17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.
