CircRNA-sekventering-illumina
Funktioner
● RRNA-udtømning efterfulgt af retningsbestemmelsesbibliotekforberedelse, hvilket muliggør strengspecifikke sekventeringsdata.
● Bioinformatisk arbejdsgang muliggør circRNA -forudsigelse og ekspressionskvantificering
Servicefordele
●Mere omfattende RNA -biblioteker:Vi bruger rRNA-udtømning i stedet for lineær RNA-udtømning i vores præ-bibliotekforberedelse, hvilket sikrer, at sekventeringsdataene ikke kun inkluderer circRNA, men også mRNA og lncRNA, hvilket muliggør fælles analyse af disse datasæt
●Valgfri analyse af konkurrencedygtige endogene RNA (Cerna) netværk: Tilvejebringelse af dybere indsigt i cellulære reguleringsmekanismer
●Omfattende ekspertise: Med en track record med forarbejdning over 20.000 prøver på BMKGene, der spænder over forskellige prøvetyper og LNCRNA -projekter, bringer vores team et væld af erfaring til hvert projekt.
●Streng kvalitetskontrol: Vi implementerer kernekontrolpunkter på tværs af alle faser, fra prøve- og biblioteksforberedelse til sekventering og bioinformatik. Denne omhyggelige overvågning sikrer levering af konsekvent resultater af høj kvalitet.
● Support efter salg: Vores engagement strækker sig ud over projektets afslutning med en 3-måneders serviceperiode efter salg. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfinding af hjælp og Q & A-sessioner til at tackle eventuelle forespørgsler relateret til resultaterne.
Eksempelkrav og levering
| Bibliotek | Platform | Anbefalede data | Data QC |
| rRNA udtømmede retningsbibliotek | Illumina PE150 | 16-20 GB | Q30≥85% |
Eksempelkrav:
Nukleotider:
| Conc. (NG/μL) | Beløb (μg) | Renhed | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Begrænset eller intet protein- eller DNA -kontaminering vist på gel. | Rin≥6,0; 5,0≥28s/18S≥1,0; Begrænset eller ingen baselinehøjde |
● Planter:
Rod, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frugt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 450 mg
Viscera eller hjerne: 240 mg
Muskel: 600 mg
Knogler, hår eller hud: 1,5 g
● leddyr:
Insekter: 9g
Crustacea: 450 mg
● Helblod:2 rør
● Celler: 106 celler
● Serum og plasma: 6 ml
Anbefalet prøveudlevering
Container: 2 ml centrifuge -rør (tinfolie anbefales ikke)
Prøvemærkning: Gruppe+replikat EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tøris: Prøver skal pakkes i poser og begraves i tøris.
2. Rnastable rør: RNA -prøver kan tørres i RNA -stabiliseringsrør (f.eks. Rnastable®) og sendes ved stuetemperatur.
Service Work Flow
Eksperimentdesign
Eksempel på levering
RNA -ekstraktion
Bibliotekskonstruktion
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalg tjenester
Bioinformatik
CircRNA -forudsigelse: kromosomal distribution
Differentielt udtrykte circrnas - vulkanplot
Differentielt udtrykte circrnas - hierarkisk klynge
Funktionel berigelse af circrna's værtsgener
Udforsk de forskningsfremskridt, der er lettet af BMKGENE 'CircRNA -sekventeringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Wang, X. et al. (2021) 'CPSF4 regulerer circRNA -dannelse og mikroRNA -medieret gendæmpning i hepatocellulært karcinom', Oncogene 2021 40:25, 40 (25), s. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. ) doi: 10.1186/s42483-023-00188-8/figurer/6.
Y, H. et al. (2023) 'CPSF3 modulerer balancen mellem cirkulære og lineære transkripter i hepatocellulært karcinom'. doi: 10.21203/rs.3.rs-2418311/v1.
Zhang, Y. et al. (2023) 'Omfattende evaluering af circrnas i cirrhotisk kardiomyopati før og efter levertransplantation', International Immunopharmacology, 114, p. 109495. Doi: 10.1016/j.intimp.2022.109495.
