CircRNA

Cirkulære RNA'er (circRNA'er) er ikke-kodende RNA'er, der danner cirkulære strukturer og har flere regulatoriske roller, herunder konkurrerer med miRNA om målgener og proteinbinding. BMKCloud circRNA pipeline er designet til analyse af rRNA-udtømte biblioteker med et velkommenteret referencegenom af høj kvalitet. Analysen starter med aflæst trimning og kvalitetskontrol, efterfulgt af læsejustering til referencegenomet og forudsigelse af nye circRNA'er, kombineret med identifikation af kendte circRNA'er fra databaser. De tilsvarende miRNA-mål og circRNA-værter identificeres efterfølgende. Differentiel ekspressionsanalyse afslører differentielt udtrykte circRNA'er, og de tilsvarende værter er funktionelt annoterede for at udtrække berigede biologiske funktioner.