BMKMANU S3000_Spatialt transkriptom
BMKMANU S3000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Funktioner
- Opløsning: 3,5 µM
- Spotdiameter: 2,5 µM
- Antal pladser: cirka 4 millioner
- 3 mulige optageområdeformater: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm eller 15 mm * 20 mm
- Hver stregkodet perle er fyldt med primere sammensat af 4 sektioner:
• poly(dT)-hale til mRNA-priming og cDNA-syntese,
• Unique Molecular Identifier (UMI) til at korrigere amplifikationsbias
• Rumlig stregkode
• Bindingssekvens af delvis læst 1 sekventeringsprimer
- H&E og fluorescerende farvning af snit
- Mulighed for at bruge cellesegmenteringsteknologi: integration af H&E-farvning, fluorescerende farvning og RNA-sekventering for at bestemme grænserne for hver celle og korrekt tildele genekspression til hver celle. Behandling af nedstrøms rumlig profileringsanalyse baseret på cellebeholder.
- Muligt at opnå multi-level opløsningsanalyse: Fleksibel multi-level analyse fra 100um til 3,5 um for at løse forskellige vævstræk ved optimal opløsning.
Fordele ved BMKMANU S3000
-Fordobling af fangststeder til 4 mio: med en forbedret opløsning på 3,5 uM, hvilket fører til højere gen- og UMI-detektion pr. celle. Dette resulterer i forbedret klyngning af celler baseret på transkriptionelle profiler med finere detaljer, der matcher vævsstrukturen.
- Subcellulær opløsning:Hvert indfangningsområde indeholdt >2 millioner rumlige stregkodede pletter med en diameter på 2,5 µm og en afstand på 5 µm mellem spotcentre, hvilket muliggjorde rumlig transkriptomanalyse med subcellulær opløsning (5 µm).
-Multi-level opløsningsanalyse:Fleksibel multi-level analyse fra 100 μm til 5 μm for at løse forskellige vævstræk ved optimal opløsning.
-Mulighed for at bruge "Tre i ét dias" cellesegmenteringsteknologi:Ved at kombinere fluorescensfarvning, H&E-farvning og RNA-sekventering på et enkelt objektglas, giver vores "tre-i-en" analysealgoritme mulighed for identifikation af cellegrænser for efterfølgende cellebaseret transkriptomik.
-Kompatibel med flere sekventeringsplatforme: både NGS og langlæst sekvensering tilgængelig.
-Fleksibelt design af 1-8 aktive optagelsesområde: Størrelsen af optagelsesområdet er fleksibel, idet det er muligt at bruge 3 formater (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm og 15 mm * 20 mm)
-One-stop service: integrerer alle erfarings- og færdighedsbaserede trin, herunder kryo-sektionering, farvning, vævsoptimering, rumlig stregkodning, biblioteksforberedelse, sekventering og bioinformatik.
-Omfattende bioinformatik og brugervenlig visualisering af resultater:Pakken indeholder 29 analyser og 100+ figurer af høj kvalitet, kombineret med brugen af internt udviklet software til at visualisere og tilpasse celleopdeling og spot-klynger.
-Skræddersyet dataanalyse og visualisering: tilgængelig for forskellige forskningsanmodninger
-Højt kvalificeret teknisk team: med erfaring i over 250 vævstyper og 100+ arter, herunder mennesker, mus, pattedyr, fisk og planter.
-Realtidsopdateringer på hele projektet: med fuld kontrol over eksperimentelle fremskridt.
-Valgfri fælles analyse med enkeltcellet mRNA-sekventering
Service specifikationer
| Prøvekrav | Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Kvalitetskontrol |
| OCT-indlejrede kryoprøver (Optimal diameter: ca. 6×6×6 mm³) 2 blokke pr. prøve 1 for eksperiment, 1 for backup | S3000 cDNA bibliotek | Illumina PE150 | 160K PE-aflæsninger pr. 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
For flere detaljer om prøveforberedelsesvejledning og serviceworkflow er du velkommen til at tale med enBMKGENE ekspert
Service Work Flow
I prøveforberedelsesfasen udføres et indledende bulk-RNA-ekstraktionsforsøg for at sikre, at et RNA af høj kvalitet kan opnås. I vævsoptimeringsstadiet farves og visualiseres snittene, og permeabiliseringsbetingelserne for mRNA-frigivelse fra væv optimeres. Den optimerede protokol anvendes derefter under bibliotekskonstruktion, efterfulgt af sekventering og dataanalyse.
Det komplette service-workflow involverer opdateringer i realtid og klientbekræftelser for at opretholde en responsiv feedback-loop, hvilket sikrer problemfri projektudførelse.
De data, der genereres af BMKMANU S3000, analyseres ved hjælp af softwaren "BSTMatrix", som er uafhængigt designet af BMKGENE, der genererer en genekspressionsmatrix på celleniveau og flere niveauer. Derfra genereres en standardrapport, der inkluderer datakvalitetskontrol, intern prøveanalyse og inter-gruppe analyse.
- Datakvalitetskontrol:
- Dataoutput og kvalitetsscorefordeling
- Gendetektion pr. spot
- Vævsdækning
- Indre prøveanalyse:
- Genrigdom
- Spot clustering, herunder reduceret dimensionsanalyse
- Differentiel ekspressionsanalyse mellem klynger: identifikation af markørgener
- Funktionel annotering og berigelse af markørgener
- Inter-gruppe analyse
- Re-kombination af pletter fra både prøver (f.eks. syge og kontrol) og re-cluster
- Identifikation af markørgener for hver klynge
- Funktionel annotering og berigelse af markørgener
- Differentiel udtryk for den samme klynge mellem grupper
Derudover er den BMKGene-udviklede "BSTViewer" et brugervenligt værktøj, der gør det muligt for brugeren at visualisere genekspressionen og pletklynger i forskellige opløsninger.
BMKGene tilbyder rumlige profileringstjenester med præcis enkeltcelleopløsning (baseret på cellebeholder eller firkantet beholder på flere niveauer fra 100um til 3,5um).
Rumlige profileringsdata fra vævssnit på S3000-objektglas klarede sig godt som nedenfor.
Casestudie 1: Musehjerne
Analyse af en musehjernesektion med S3000 resulterede i identifikation af ~94.000 celler, med en median sekventering på ~2000 gener pr. celle. Den forbedrede opløsning på 3,5 uM resulterede i en meget detaljeret klyngedannelse af cellerne baseret på transkriptionelle mønstre, hvor klyngene af celler efterlignede hjernedifferentierede strukturer. Dette observeres let ved at visualisere fordelingen af celler, der er klynget som oligodendrocytter og mikrogliaceller, som næsten udelukkende er placeret i henholdsvis gråt og hvidt stof.
Casestudie 2: Museembryo
Analyse af et museembryosektion med S3000 resulterede i identifikation af ~2200.000 celler med en median sekventering på ~1600 gener pr. celle. Den forbedrede opløsning på 3,5 uM resulterede i en meget detaljeret klyngedannelse af cellerne baseret på transkriptionelle mønstre med 12 klynger i øjets område og 28 klynger i hjerneområdet.
Indre prøveanalyse Cellegruppering:
Markørgener identifikation og rumlig fordeling:
- højere subcellulær opløsning: Sammenlignet med S1000-objektglas indeholdt hvert indfangningsområde på S3000 >4 millioner rumlige stregkodede pletter med en diameter på 2,5 µm og en afstand på 3,5 µm mellem spotcentre, hvilket muliggør rumlig transkriptomanalyse med højere subcellulær opløsning (firkantet beholder: 3,5 µm).
- Højere optagelseseffektivitet: sammenlignet med S1000 slide, Median_UMI stigning fra 30 % til 70 %, Median_Gene stigning fra 30 % til 60 %
Skema for S1000 chip:
Skema for S3000-chip:
