De novo bakteriel genomforsamling
Vi leverer en komplet bakteriegenommonteringstjeneste, der garanterer 0 huller. Dette er muligt ved at integrere langlæst sekventeringsteknologier, såsom nanopore og pacbio til samling og kortlæst sekventering med Illumina til samling af validering og fejlkorrektion af ONT-læsninger. Vores service leverer den komplette bioinformatiske arbejdsgang fra samling, funktionel annotation og avanceret bioinformatisk analyse, der opfylder specifikke forskningsmål. Denne service muliggør udvikling af præcise referencegenomer til forskellige genetiske og genomiske undersøgelser. Derudover danner det grundlaget for applikationer såsom belastningsoptimering, genetisk teknik og mikrobiel teknologiudvikling, hvilket sikrer pålidelig og gapfri genomisk data, der er afgørende for at fremme videnskabelig indsigt og bioteknologisk innovation.
Servicefunktioner
● Med to mulige muligheder at vælge imellem afhængigt af den ønskede grad af genomudvikling.
● Udkast til genomindstilling: Kortlæst sekventering med Illumina Novaseq PE150.
● Komplet 0 Gap Genome.
● Langlæst sekventering på nanopore prometion 48 eller pacbio revio til genommontering.
● Kortlæst sekventering på Illumina Novaseq til genomvalidering og fejlkorrektion (nanopore) eller for at generere et trækgenom.
Servicefordele
●Nul-gap genom garanteret: Dette skyldes integrationen af Illumina -sekventering med lang læsesekventering (nanopore eller pacbio).
●Komplet bioinformatik Workflow:Dette inkluderer genomsamling og forudsigelse af flere genomiske elementer, funktionel gennotation og genomvisualiseringer, såsom Circos plot.
●Omfattende ekspertise: Med over 20.000 mikrobielle genomer samlet BMKGENE bringer over et årti med erfaring, et meget dygtigt analyseteam, omfattende indhold og fremragende support efter salget.
●Support efter salg:Vores forpligtelse strækker sig ud over projektets afslutning med en 3-måneders serviceperiode efter salg. I løbet af denne tid tilbyder vi projektopfølgning, fejlfinding af hjælp og Q & A-sessioner til at tackle eventuelle forespørgsler relateret til resultaterne.
●Flere sekventeringsstrategier tilgængelige:For forskellige forskningsmål og krav til genom fuldstændighed.
Servicespecifikationer
| Service | Sekventeringsstrategi |
| Udkast til genom | Illumina PE150 100X |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100X Or Pacbio Hifi 30x + Illumina PE150 100X (valgfrit) |
Eksempelkrav:
| Koncentration (ng/µl) | Samlet beløb (µg) | Volumen (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2.2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterier: ≥3,5x1010 celler
Service Work Flow
Eksempel på levering
Bibliotekskonstruktion
Sekventering
Dataanalyse
Eftersalg tjenester
Inkluderer følgende analyse:
● Sekventering af datakvalitetskontrol
● Genomforsamling
● Genomkomponentanalyse: Forudsigelse af cd'er og flere genomiske elementer
● Funktionel annotation med flere generelle databaser (GO, KEGG osv.) Og avancerede databaser (kort, VFDB osv.)
● Genomvisualisering
Vi leverer genomet i et let tilgængeligt Fasta -format og Genome Annotation File (GFF).
Gen Annotation - Go
Genanotation - CAZY COLHYDRATES
Genomvisualisering - Circos Plot
Udforsk de fremskridt, der er lettet af BMKGENEs bakterielle genommonteringstjenester gennem en kurateret samling af publikationer.
Dai, W. et al. (2023) 'Opdagelse af Bacteroides uniformis F18-22 som en sikker og ny probiotisk bakterie til behandling af ulcerøs colitis fra den sunde menneskelige kolon',International Journal of Molecular Sciences, 24 (19), s. 14669. doi: 10.3390/ijms241914669/s1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Multidrug-resistente Proteus Mirabilis Isolater, der bærer blaoxa-1 og Blandm-1 fra dyrelivet i Kina: stigende folkesundhedsrisiko',Integrativ zoologi, 16 (6), s. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, Tt et al. (2017) 'Komplet genomsekvens af endophyt Bacillus Flexus KLBMP 4941 afslører sin plantevækstfremmende mekanisme og genetisk grundlag for salttolerance',Journal of Biotechnology, 260, s. 38–41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Multiple-replikonresistensplasmider af Klebsiella formidler omfattende formidling af antimikrobielle gener', ',Frontiers in Microbiology, 12, s. 754931. Doi: 10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex.
