Amplicon Sequencing (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) sekventering med Illumina er en metode til at analysere mikrobiel diversitet ved at identificere mikrobielle profiler i henhold til deres sekvenser og derefter forsøge at dechifrere samfundets rigdom og diversitet inden for hver prøve og mellem prøver. BMKCloud Amplicon (NGS) pipeline tillader analyse af 16S, 18S, ITS og flere funktionelle gener. Det starter med læsning trimning, parret ende læsning samling og kvalitetsvurdering, efterfulgt af gruppering af lignende læsninger for at generere Operational Taxonomic Units (OTU'er), der bruges i seks forskellige analysesektioner. Taksonomiske annoteringer giver information om den relative mængde og sammensætning af hver prøve, mens alfa- og beta-diversitetsanalyser fokuserer på mikrobiel diversitet inden for og mellem prøverne. Differentialanalyse mellem grupper finder OTU'er, der adskiller sig ved hjælp af både parametriske og ikke-parametriske test, mens korrelationsanalyse relaterer disse forskelle til miljøfaktorer. Endelig forudsiges funktionel genoverflod baseret på markørgenoverflod, hvilket giver indsigt i funktion og økologi i hver prøve.