16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Servicefunktioner
● Sekvenseringsplatform: Illumina NovaSeq.
● Amplifikation af korte områder af 16S, 18S og ITS, blandt andre amplifikationsmål.
● Fleksible valg af amplikon.
● Tidligere projekterfaring med flere forstærkningsmål.
Service fordele
●Isolationsfri:Hurtig identifikation af mikrobiel sammensætning i miljøprøver.
●Høj opløsning: I lavt indhold af komponenter i miljøprøver.
●Bred anvendelig: Diverse mikrobielle samfundsstudier.
●Omfattende bioinformatisk analyse: Den seneste QIIME2-pakke (kvantitativ indsigt i mikrobiel økologi) med diverse analyser mht. database, annotering, OTU/ASV.
●Omfattende ekspertise: Med 150 tusinde amplicon-sekventeringsprojekter, der udføres årligt, bringer BMKGENE over ti års erfaring, et højt kvalificeret analyseteam, omfattende indhold og fremragende post-salg support.
Service specifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300K tags (læsepar) |
Servicekrav
| Koncentration (ng/µL) | Samlet beløb (ng) | Volumen (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Jord/slam: 1-2g
● Tarmindhold-dyr: 0,5-2g
● Tarmindhold-insekt: 0,1-0,25g
● Planteoverflade (beriget sediment): 0,1-0,5g
● Fermenteringsbouillon beriget sediment): 0,1-0,5g
● Afføring (store dyr): 0,5-2g
● Afføring (mus): 3-5 korn
● Pulmonal alveolær skyllevæske: filterpapir
● Vaginal podning: 5-6 podninger
● Hud/genital podning/spyt/blødt mundstykke/svælgpodning/rektal podning: 2-3 podninger
● Overflademikroorganismer: filtrerpapir
● Vandmasse/luft/biofilm: filterpapir
● Endofytter: 1-2g
● Tandplak: 0,5-1g
Service Work Flow
Prøve levering
Biblioteksbyggeri
Sekvensering
Dataanalyse
Eftersalgsservice
Indeholder følgende analyse:
- Kvalitetskontrol af rådata
- OTU-klynge/De-noise(ASV)
- OTU-anmærkning
- Alfa-diversitetsanalyse: flere indekser, herunder Shannon, Simpson og ACE.
- Beta diversitetsanalyse
- Inter-gruppe analyse
- Korrelationsanalyse: mellem miljøfaktorer og OUT sammensætning og diversitet
- 16S funktionel gen forudsigelse
Histogram over taksonomisk fordeling
taksonomisk overflod clustering varmekort
Alfa-diversitetsanalyse: sjældenhedskurve
beta-diversitetsanalyse: NMDS
Intergroup analyse: LEFSE biomarkør opdagelse
Udforsk de fremskridt, som BMKGenes amplicon-sekventeringstjenester med Illumina muliggør gennem en kurateret samling af publikationer.
Dong, C. et al. (2022) 'Assembly, Core Microbiota, and Function of the Rhizosphere Soil and Bark Microbiota in Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Syntetisk bakteriel konsortietransplantation til behandling af Gardnerella vaginalis-induceret bakteriel vaginose hos mus', Microbiome, 11(1), s. 1-14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. og Liu, H. (2022) 'Mikrobiomer af luftstøv indsamlet under det jordbaserede lukkede bioregenerative livsunderstøttende eksperiment "Lunar Palace 365"', Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1-20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURE/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Foderafhængig overflod af funktionelle gener relateret til nitrogentransformation kontrolleret nitrogentab i kompostering', Bioresource Technology, 361, s. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
