Dilyniannu Darn Chwyddo Penodol-Locus (SLAF-Seq)
Llif gwaith
Cynllun Technegol
Nodweddion Gwasanaeth
● Dilyniannu ar NovaSeq gyda PE150.
● Paratoi'r llyfrgell gyda chod bar dwbl, gan alluogi cronni dros 1000 o samplau.
● Gellir defnyddio'r dechneg hon gyda neu heb genom cyfeirio, gyda phiblinellau biowybodeg gwahanol ar gyfer pob achos:
Gyda genom cyfeirio: SNP ac InDel darganfod
Genom heb gyfeiriad: clystyru sampl a darganfod SNP
● Yn yyn silicoMae cyfuniadau ensymau cyfyngiad lluosog cam cyn dylunio yn cael eu sgrinio i ddod o hyd i'r rhai sy'n cynhyrchu dosbarthiad unffurf o dagiau SLAF ar hyd y genom.
● Yn ystod y cyn-arbrawf, profir tri chyfuniad ensymau mewn 3 sampl i gynhyrchu 9 llyfrgell SLAF, a defnyddir y wybodaeth hon i ddewis y cyfuniad ensymau cyfyngu gorau posibl ar gyfer y prosiect.
Manteision Gwasanaeth
●Darganfod Marciwr Genetig Uchel: Mae integreiddio system cod bar dwbl trwybwn uchel yn caniatáu ar gyfer dilyniannu poblogaethau mawr ar yr un pryd, ac mae ymhelaethu ar locws-benodol yn gwella effeithlonrwydd, gan sicrhau bod niferoedd tagiau yn bodloni gofynion amrywiol amrywiol gwestiynau ymchwil.
● Dibyniaeth Isel ar y Genom: Gellir ei gymhwyso i rywogaethau gyda genom cyfeirio neu hebddo.
●Dyluniad Cynllun Hyblyg: Gellir dewis ensym sengl, ensym deuol, treuliad aml-ensym, a gwahanol fathau o ensymau i ddarparu ar gyfer gwahanol nodau ymchwil neu rywogaethau. Mae'ryn silicocyn-ddylunio yn cael ei wneud i sicrhau dyluniad ensymau gorau posibl.
● Effeithlonrwydd Uchel mewn Treuliad Ensymatig: dargludiad anyn silicorhag-ddylunio a chynllun optimaidd cyn-arbrawf wedi'i sicrhau gyda dosbarthiad cyfartal o dagiau SLAF ar y cromosom (1 tag SLAF/4Kb) a llai o ddilyniant ailadroddus (<5%).
●Arbenigedd helaeth: Mae ein tîm yn dod â chyfoeth o brofiad i bob prosiect, gyda hanes o gau dros 5000 o brosiectau SLAF-Seq ar gannoedd o rywogaethau, gan gynnwys planhigion, mamaliaid, adar, pryfed, ac organebau dyfrol.
● Llif Gwaith Biowybodeg hunanddatblygedig: Datblygodd BMKGENE lif gwaith biowybodeg integredig ar gyfer SLAF-Seq i sicrhau dibynadwyedd a chywirdeb yr allbwn terfynol.
Manylebau Gwasanaeth
| Math o ddadansoddiad | Graddfa boblogaeth a argymhellir | Strategaeth ddilyniannu | |
| Dyfnder dilyniannu tagiau | Rhif tag | ||
| Mapiau Genetig | 2 riant a >150 o blant | Rhieni: 20x WGS Epil: 10x | Maint genom: <400 Mb: Argymhellir WGS <1Gb: tagiau 100K 1-2Gb:: tagiau 200K > 2Gb: tagiau 300K Uchafswm o 500k o dagiau |
| Astudiaethau Cymdeithas Genom-Eang (GWAS) | ≥200 sampl | 10x | |
| Esblygiad Genetig | ≥30 sampl, gyda > 10 sampl o bob is-grŵp | 10x | |
Gofynion Gwasanaeth
Crynodiad ≥ 5 ng/µL
Cyfanswm ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gel agarose: dim neu ddiffyg diraddio neu halogiad cyfyngedig
Cyflwyno Sampl a Argymhellir
Cynhwysydd: tiwb centrifuge 2 ml
(Ar gyfer y rhan fwyaf o'r samplau, rydym yn argymell peidio â chadw mewn ethanol)
Labelu sampl: Mae angen i samplau gael eu labelu'n glir ac yn union yr un fath â'r ffurflen gwybodaeth sampl a gyflwynwyd.
Cludo: Rhew sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau yn gyntaf a'u claddu mewn rhew sych.
Llif Gwaith Gwasanaeth
Sampl QC
Arbrawf peilot
SLAF-arbrawf
Paratoi Llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi Data
Gwasanaethau Ôl-werthu
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
- Dilyniannu data QC
- Datblygu tag SLAF
Mapio i gyfeirio at genom
Heb genom cyfeirio: clystyru
- Dadansoddiad o dagiau SLAF: ystadegau, dosbarthiad ar draws y genom
- Darganfod marciwr: SNP, InDel, SNV, galwadau CV ac anodi
Dosbarthiad tagiau SLAF ar gromosomau:
Dosbarthiad SNPs ar gromosomau:
Anodiad SNP
| Blwyddyn | Dyddlyfr | IF | Teitl | Ceisiadau |
| 2022 | Cyfathrebu natur | 17.694 | Sail genomig y giga-cromosomau a giga-genom peony coed Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Ffytolegydd Newydd | 7.433 | Mae olion traed domestig yn angori rhanbarthau genomig o bwysigrwydd agronomeg yn ffa soia | SLAF-GWAS |
| 2022 | Cylchgrawn Ymchwil Uwch | 12.822 | Mewnosodiadau artiffisial genom-eang o Gossypium barbadense i G. hirsutum datgelu loci uwch ar gyfer gwella ansawdd a chynnyrch ffibr cotwm ar yr un pryd nodweddion | SLAF-Geneteg esblygiadol |
| 2019 | Planhigyn Moleciwlaidd | 10.81 | Dadansoddiad Genomig Poblogaeth a Chynulliad De Novo yn Datgelu Tarddiad Chwyn Reis fel Gêm Esblygiadol | SLAF-Geneteg esblygiadol |
| 2019 | Geneteg Natur | 31.616 | Dilyniant genom ac amrywiaeth genetig y carp cyffredin, Cyprinus carpio | SLAF-Cysylltiad map |
| 2014 | Geneteg Natur | 25.455 | Mae genom cnau daear wedi'i drin yn rhoi cipolwg ar garyoteipiau codlysiau, polyploid esblygiad a dofi cnydau. | SLAF-Cysylltiad map |
| 2022 | Cylchgrawn Biotechnoleg Planhigion | 9.803 | Mae adnabod ST1 yn datgelu detholiad sy'n cynnwys bodio morffoleg hadau a chynnwys olew yn ystod dofi ffa soia | SLAF-Datblygiad Marciwr |
| 2022 | Cylchgrawn Rhyngwladol y Gwyddorau Moleciwlaidd | 6.208 | Adnabod a Datblygu Marciwr DNA ar gyfer Gwenith-Leymus mollis 2Ns (2D) Amnewid Cromosom Disomig | SLAF-Datblygiad Marciwr |
| Blwyddyn | Dyddlyfr | IF | Teitl | Ceisiadau |
| 2023 | Ffiniau mewn gwyddor planhigion | 6.735 | Mapio QTL a dadansoddiad trawsgrifiad o gynnwys siwgr yn ystod aeddfedu ffrwythau Pyrus pyrifolia | Map Genetig |
| 2022 | Cylchgrawn Biotechnoleg Planhigion | 8. 154 | Mae adnabod ST1 yn datgelu detholiad sy’n cynnwys bodio morffoleg hadau a chynnwys olew yn ystod dofi ffa soia
| SNP yn galw |
| 2022 | Ffiniau mewn gwyddor planhigion | 6.623 | Cymdeithas Genom-Eang Mapio Ffenoteipiau Prin Hulless mewn Amgylchedd Sychder.
| GWAS |
