Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Mewngofnodi

Cynhyrchion

Dilyniannu RNA cnewyllyn sengl

Mae datblygu technegau dal un gell a thechnegau adeiladu llyfrgell wedi'u teilwra, ynghyd â dilyniannu trwybwn uchel, wedi chwyldroi astudiaethau mynegiant genynnau ar lefel celloedd. Mae'r datblygiad arloesol hwn yn caniatáu dadansoddiad dyfnach a mwy cynhwysfawr o boblogaethau celloedd cymhleth, gan oresgyn y cyfyngiadau sy'n gysylltiedig â mynegiant genynnau ar gyfartaledd dros bob cell a chadw'r heterogeneity gwirioneddol o fewn y poblogaethau hyn. Er bod manteision diymwad i ddilyniannu RNA un gell (scRNA-seq), mae'n wynebu heriau mewn meinweoedd penodol lle mae creu ataliad un-gell yn anodd ac yn gofyn am samplau ffres. Yn BMKGene, rydyn ni'n mynd i'r afael â'r rhwystr hwn trwy gynnig dilyniant RNA un cnewyllyn (snRNA-seq) gan ddefnyddio'r dechnoleg Cromiwm Genomeg 10X o'r radd flaenaf. Mae'r dull hwn yn ehangu'r sbectrwm o samplau sy'n addas ar gyfer dadansoddiad trawsgrifio ar lefel un cell.

Mae ynysu cnewyllyn yn cael ei gyflawni trwy'r sglodyn Genomeg Chromium arloesol 10X, sy'n cynnwys system microhylifau wyth sianel gyda chroesfannau dwbl. O fewn y system hon, mae gleiniau gel sy'n ymgorffori codau bar, paent preimio, ensymau, ac un cnewyllyn yn cael eu crynhoi mewn diferion olew maint nanoliter, gan ffurfio Glain Glain-mewn-Emwlsiwn (GEM). Yn dilyn ffurfio GEM, mae lysis celloedd a rhyddhau cod bar yn digwydd o fewn pob GEM. O ganlyniad, mae moleciwlau mRNA yn cael eu trawsgrifio o chwith i cDNAs, gan ymgorffori codau bar 10X a Dynodwyr Moleciwlaidd Unigryw (UMIs). Mae'r cDNAs hyn wedyn yn destun gwaith adeiladu llyfrgell dilyniannu safonol, gan hwyluso archwiliad cadarn a chynhwysfawr o broffiliau mynegiant genynnau ar lefel un gell.

Llwyfan: 10 × Genomeg Cromiwm ac Illumina NovaSeq Llwyfan

Cysylltwch â Ni

Manylion Gwasanaeth

Biowybodeg

Canlyniadau Demo

Cyhoeddiadau dan Sylw

Cynllun Technegol

Cyflawnir ynysu niwclysau gan 10 × Genomics Chromium™, sy'n cynnwys system microhylifau wyth sianel gyda chroesfannau dwbl. Yn y system hon, mae gleiniau gel gyda chodau bar a phremiwr, ensymau a chnewyllyn sengl yn cael eu crynhoi mewn diferyn olew maint nanoliter, gan gynhyrchu Glain Glain-mewn-Emwlsiwn (GEM). Unwaith y bydd GEM wedi'i ffurfio, mae lysis celloedd a rhyddhau codau bar yn cael eu perfformio ym mhob GEM. Mae mRNA yn cael eu trawsgrifio i'r gwrthwyneb i foleciwlau cDNA gyda chodau bar 10 × ac UMI, sy'n ddarostyngedig ymhellach i adeiladwaith llyfrgell dilyniannu safonol.

Nodweddion

● Paratoi daliant un-niwclei o feinweoedd wedi'u rhewi

● Ffurfio Glain-mewn-Emwlsiwn Gel (GEM) ac yna synthesis cDNA

● Mae pob glain mewn GEM wedi'i lwytho â paent preimio sy'n cynnwys 4 adran:

cynffon poly(dT) ar gyfer preimio mRNA a synthesis cDNA,

Dynodydd Moleciwlaidd Unigryw (UMI) i gywiro tuedd ymhelaethu

cod bar 10x

Dilyniant rhwymol o ddarlleniad rhannol 1 preimio dilyniannu

Manteision

Mae dilyniannu RNA cnewyllyn sengl yn osgoi cyfyngiadau dilyniannu RNA un-gell, gan alluogi:

● Y defnydd o samplau wedi'u rhewi ac nid yn unig yn gyfyngedig i samplau ffres

● Straen isel celloedd wedi'u rhewi o'u cymharu â thriniaeth ensymatig o gelloedd ffres, a adlewyrchir yn y data trawsgrifio ar ffurf genynnau a achosir gan straen

● Dim angen tynnu celloedd coch y gwaed ymlaen llaw

● Diamedr cell anghyfyngedig

● Casgliad mawr o samplau sy'n gymwys i'w dadansoddi, gan gynnwys mathau o feinwe cymhleth a bregus sy'n dueddol o gael clwmpio celloedd neu ddinistrio yn ystod daduniad meinwe

Samplau na ellir eu dadansoddi trwy ddilyniant RNA un gell ac sy'n gymwys ar gyfer dilyniannu RNA niwclysau sengl:

Cell / Meinwe	Rheswm
Meinwe heb ei rewi	Methu cael sefydliadau ffres neu hir-arbed
Cell cyhyr, Megakaryocyte, Braster…	Mae diamedr celloedd yn rhy fawr i fynd i mewn i'r offeryn
afu…	Rhy fregus i dorri, methu gwahaniaethu celloedd sengl
Cell niwron, Ymennydd…	Bydd mwy sensitif, hawdd ei straen, yn newid y canlyniadau dilyniannu
Pancreas, thyroid…	Yn gyfoethog mewn ensymau mewndarddol, sy'n effeithio ar gynhyrchu ataliad cell sengl

Cnewyllyn sengl yn erbyn cell sengl

Cnewyllyn sengl	Un gell
Diamedr cell anghyfyngedig	Diamedr cell: 10-40 μm
Gall y deunydd fod yn feinwe wedi'i rewi	Rhaid i'r deunydd fod yn feinwe ffres
Straen isel o gelloedd wedi'u rhewi	Gall triniaeth ensymau achosi adwaith straen celloedd
Nid oes angen tynnu celloedd coch y gwaed	Mae angen tynnu celloedd coch y gwaed
Mae niwclear yn mynegi biowybodaeth	Mae'r gell gyfan yn mynegi biowybodaeth

Manylebau

Gofynion Sampl

Llyfrgell

Strategaeth ddilyniannu

Argymhellir data

Rheoli Ansawdd

Meinwe anifeiliaid ≥ 200 mg

Meinwe planhigion ≥ 400 mg

Llyfrgell Genomeg sn cDNA 10x

Illumina PE150

100K PE yn darllen fesul cell

(100-200 Gb)

700-1200 o niwclysau/μl a chyfanrwydd niwclysau wedi'u harsylwi o dan ficrosgop

Am ragor o fanylion am ganllawiau paratoi sampl a llif gwaith gwasanaeth, mae croeso i chi siarad ag aArbenigwr BMKGENE

Llif Gwaith Gwasanaeth

Pâr o: Dilyniannu Genom Cyfan Planhigion/Anifeiliaid

Nesaf: Dadansoddiad Cymdeithas Genom-eang

Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:

● Rheoli Ansawdd: nifer y celloedd, canfod genynnau, adnabyddiaeth gywir o gelloedd, moleciwlau RNA a meintioli mynegiant

● Dadansoddiad Sampl Mewnol:

Clystyru celloedd ac anodi clwstwr

Dadansoddiad Mynegiant Gwahaniaethol: nodi DEGs mewn clystyrau

Anodi swyddogaethol a chyfoethogi DEG clwstwr

● Dadansoddiad Rhwng Grwpiau:

Cyfuniad o ddata

Dadansoddiad Mynegiant Gwahaniaethol: nodi DEGs mewn grwpiau

Anodi swyddogaethol a chyfoethogi DEG grŵp

● Dadansoddiad Uwch:

Dadansoddiad cylchred celloedd

Dadansoddiad ffug-amser

Dadansoddiad cyfathrebu cell (CellPhoneDB)

Dadansoddiad Cyfoethogi Set Genynnau (GSEA)

Dadansoddiad mewnol-sampl

Clystyru celloedd:

Dadansoddiad Mynegiant Gwahaniaethol: DEG clwstwr

Dadansoddiad rhwng grwpiau

Dadansoddiad Mynegiant Gwahaniaethol: Grŵp DEG

Dadansoddiad Uwch:

Dadansoddiad ffug-amser:

Dadansoddiad cylchred celloedd:

Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau dilyniannu RNA un cnewyllyn BMKGene gan 10X Chromium yn y cyhoeddiadau dan sylw hyn:

Wang, L. et al. (2021) 'Dadansoddiad trawsgrifomig un gell yn datgelu tirwedd imiwn yr ysgyfaint mewn gwaethygiad asthma sy'n gwrthsefyll steroid',Trafodion Academi Gwyddorau Cenedlaethol Unol Daleithiau America, 118(2), t. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Mae Zheng, H. et al. (2022) 'Rhwydwaith Rheoleiddio Byd-eang ar gyfer Mynegiant Genynnau wedi'i Ddysreoli a Arwyddion Metabolaidd Annormal mewn Celloedd Imiwnedd yn Micro-Amgylchedd Clefyd Beddau a Thyroiditis Hashimoto',Ffiniau mewn Imiwnoleg, 13, t. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.

Tian, H. et al. (2023) 'Mae trawsgrifiad un gell yn datgelu heterogenedd ac ymatebion imiwn o leukocytes ar ôl brechu ag Edwardsiella tarda anweithredol yn y lleden (Paralichthys olivaceus)',Dyframaethu, 566, t. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.

Yu, Y. et al. (2023) 'Mae therapi ffotodeinamig yn gwella canlyniad atalyddion pwynt gwirio imiwnedd trwy ailfodelu imiwnedd gwrth-tiwmor mewn cleifion â chanser gastrig',Canser y Gastrig, 26(5), tt. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.