Dilyniannu RNA procaryotig
Nodweddion
● Roedd prosesu sampl RNA yn cynnwys disbyddu rRNA ac yna paratoi llyfrgell RNA cyfeiriadol.
● Dadansoddiad biowybodus yn seiliedig ar aliniad i genom cyfeirio
● Mae dadansoddiad yn cynnwys mynegiant genynnau a DEGs ond hefyd strwythur trawsgrifio a dadansoddiad sRNA
Manteision Gwasanaeth
●Rheoli Ansawdd Trwyadl: rydym yn gweithredu pwyntiau rheoli craidd ar draws pob cam, o baratoi sampl a llyfrgell i ddilyniannu a biowybodeg. Mae'r monitro manwl hwn yn sicrhau y cyflwynir canlyniadau o ansawdd uchel yn gyson.
●Data Dilyniannu llinyn-benodol: oherwydd bod y paratoadau llyfrgell RNA yn gyfeiriadol, gan alluogi adnabod trawsgrifiadau gwrth-synnwyr.
●Dadansoddiad Cyflawn wedi'i Deilwra i Drawsysgrifau Procaryotig: mae'r biblinell biowybodus yn cynnwys nid yn unig ddadansoddiad o fynegiant genynnau ond hefyd dadansoddiad o'r strwythur trawsgrifio, gan gynnwys adnabod operonau, UTRs a hyrwyddwyr. Mae hefyd yn cynnwys dadansoddiad o sRNAs, sef anodi a rhagfynegi strwythur a thargedau eilaidd.
●Cefnogaeth Ôl-werthu: mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu o 3 mis. Yn ystod y cyfnod hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n ymwneud â'r canlyniadau.
Gofynion Sampl a Chyflenwi
| Llyfrgell | Strategaeth ddilyniannu | Argymhellir data | Rheoli Ansawdd |
| rRNA wedi disbyddu llyfrgell gyfeiriadol | Illumina PE150 | 1-2 Gb | C30≥85% |
Gofynion Sampl:
| Conc.(ng/μl) | Swm (μg) | Purdeb | Uniondeb |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Cyfyngedig neu ddim halogiad protein neu DNA a ddangosir ar gel. | RIN≥6.5 |
Cyflwyno Sampl a Argymhellir
Cynhwysydd: tiwb centrifuge 2 ml (Ni argymhellir ffoil tun)
Labelu enghreifftiol: Grŵp+ at ei gilydd ee A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Cludo:
1. Iâ sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau a'u claddu mewn rhew sych.
2. Tiwbiau RNAstable: Gellir sychu samplau RNA mewn tiwb sefydlogi RNA (ee RNAstable®) a'u cludo yn nhymheredd yr ystafell.
Llif Gwaith Gwasanaeth
Cyflwyno sampl
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
Llif Gwaith Dadansoddi Biowybodeg
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
● Rheoli ansawdd data crai
● Aliniad i'r genom cyfeirio
● Asesiad Ansawdd Llyfrgell: hap darnio RNA, mewnosod maint a dirlawnder dilyniannu
● Anodi swyddogaethol o enynnau codio rhagfynegedig
● Dadansoddiad Mynegiant: cydberthynas a Dadansoddiad Prif Gydran (PCA)
● Mynegiant Genynnau Gwahaniaethol (DEGs)
● Anodi swyddogaethol a chyfoethogi DEGs
● Dadansoddiad sRNA: rhagfynegiad, anodi, targed, a rhagfynegiad adeiledd eilaidd
● Dadansoddiad Strwythur Trawsgrifiad: operonau, safleoedd cychwyn a gorffen, rhanbarth heb ei gyfieithu (UTS), hyrwyddwr, a dadansoddiad SNP/InDel
Dilyniant dirlawnder
Anodi swyddogaethol o enynnau codio
Cydberthynas rhwng samplau
Dadansoddiad Genynnau Mynegedig Gwahaniaethol (DEGs).
Dadansoddiad cyfoethogi swyddogaethol
anodiad sRNA
Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau dilyniannu mRNA hyd llawn BMKGene Nanopore yn y cyhoeddiad hwn dan sylw.
Guan, CP et al. (2018) 'Newidiadau Trawsgrifiadol Byd-eang o Staphylococcus epidermidis sy'n Ffurfio Biofilm yn Ymateb i Gyfanswm Alcaloidau Sophorea alopecuroides',Cylchgrawn Pwyleg Microbioleg, 67(2), t. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
