-
Dilyniannu RNA cnewyllyn sengl
Mae datblygu technegau dal un gell a thechnegau adeiladu llyfrgell wedi'u teilwra, ynghyd â dilyniannu trwybwn uchel, wedi chwyldroi astudiaethau mynegiant genynnau ar lefel celloedd. Mae'r datblygiad arloesol hwn yn caniatáu dadansoddiad dyfnach a mwy cynhwysfawr o boblogaethau celloedd cymhleth, gan oresgyn y cyfyngiadau sy'n gysylltiedig â mynegiant genynnau ar gyfartaledd dros bob cell a chadw'r heterogeneity gwirioneddol o fewn y poblogaethau hyn. Er bod manteision diymwad i ddilyniannu RNA un gell (scRNA-seq), mae'n wynebu heriau mewn meinweoedd penodol lle mae creu ataliad un-gell yn anodd ac yn gofyn am samplau ffres. Yn BMKGene, rydyn ni'n mynd i'r afael â'r rhwystr hwn trwy gynnig dilyniant RNA un cnewyllyn (snRNA-seq) gan ddefnyddio'r dechnoleg Cromiwm Genomeg 10X o'r radd flaenaf. Mae'r dull hwn yn ehangu'r sbectrwm o samplau sy'n addas ar gyfer dadansoddiad trawsgrifio ar lefel un cell.
Mae ynysu cnewyllyn yn cael ei gyflawni trwy'r sglodyn Genomeg Chromium arloesol 10X, sy'n cynnwys system microhylifau wyth sianel gyda chroesfannau dwbl. O fewn y system hon, mae gleiniau gel sy'n ymgorffori codau bar, paent preimio, ensymau, ac un cnewyllyn yn cael eu crynhoi mewn diferion olew maint nanoliter, gan ffurfio Glain Glain-mewn-Emwlsiwn (GEM). Yn dilyn ffurfio GEM, mae lysis celloedd a rhyddhau cod bar yn digwydd o fewn pob GEM. O ganlyniad, mae moleciwlau mRNA yn cael eu trawsgrifio o chwith i cDNAs, gan ymgorffori codau bar 10X a Dynodwyr Moleciwlaidd Unigryw (UMIs). Mae'r cDNAs hyn wedyn yn destun gwaith adeiladu llyfrgell dilyniannu safonol, gan hwyluso archwiliad cadarn a chynhwysfawr o broffiliau mynegiant genynnau ar lefel un gell.
Llwyfan: 10 × Genomeg Cromiwm ac Illumina NovaSeq Llwyfan
-
Trawsgrifiad Gofodol Visium Genomeg 10x
Mae transcriptomeg ofodol yn dechnoleg flaengar sy'n caniatáu i ymchwilwyr ymchwilio i batrymau mynegiant genynnau o fewn meinweoedd wrth gadw eu cyd-destun gofodol. Un platfform pwerus yn y parth hwn yw Genomeg Visium 10x ynghyd â dilyniannu Illumina. Mae egwyddor 10X Visium yn gorwedd ar sglodyn arbenigol gydag ardal ddal ddynodedig lle gosodir adrannau meinwe. Mae'r ardal ddal hon yn cynnwys smotiau cod bar, pob un yn cyfateb i leoliad gofodol unigryw o fewn y meinwe. Yna caiff y moleciwlau RNA a ddaliwyd o'r meinwe eu labelu â dynodwyr moleciwlaidd unigryw (UMIs) yn ystod y broses drawsgrifio o'r chwith. Mae'r smotiau cod bar hyn a'r UMIs yn galluogi mapio gofodol manwl gywir a meintioli mynegiant genynnau ar gydraniad un gell. Mae'r cyfuniad o samplau â chod bar gofodol ac UMI yn sicrhau cywirdeb a phenodoldeb y data a gynhyrchir. Trwy ddefnyddio'r dechnoleg Trawsgrifiad Gofodol hon, gall ymchwilwyr gael dealltwriaeth ddyfnach o drefniadaeth ofodol celloedd a'r rhyngweithiadau moleciwlaidd cymhleth sy'n digwydd o fewn meinweoedd, gan gynnig mewnwelediad amhrisiadwy i'r mecanweithiau sy'n sail i brosesau biolegol mewn meysydd lluosog, gan gynnwys oncoleg, niwrowyddoniaeth, bioleg ddatblygiadol, imiwnoleg. , ac astudiaethau botanegol.
Llwyfan: 10X Genomeg Visium ac Illumina NovaSeq
-
Dilyniannu mRNA Hyd Llawn-Nanopor
Er bod dilyniannu mRNA yn seiliedig ar NGS yn arf amlbwrpas ar gyfer mesur mynegiant genynnau, mae ei ddibyniaeth ar ddarlleniadau byr yn cyfyngu ar ei effeithiolrwydd mewn dadansoddiadau trawsgrifomig cymhleth. Ar y llaw arall, mae dilyniannu nanopor yn defnyddio technoleg darllen hir, gan alluogi dilyniannu trawsgrifiadau mRNA hyd llawn. Mae'r dull hwn yn hwyluso archwiliad cynhwysfawr o splicing amgen, ymasiadau genynnau, poly-adenylation, a meintioli isoformau mRNA.
Mae dilyniannu Nanopore, dull sy'n dibynnu ar signalau trydanol amser real moleciwl sengl nanopor, yn darparu canlyniadau mewn amser real. Wedi'i arwain gan broteinau modur, mae DNA llinyn dwbl yn rhwymo i broteinau nanopor sydd wedi'u hymgorffori mewn bioffilm, gan ddad-ddirwyn wrth iddo fynd trwy'r sianel nanopore o dan wahaniaeth foltedd. Mae'r signalau trydanol nodedig a gynhyrchir gan wahanol seiliau ar y llinyn DNA yn cael eu canfod a'u dosbarthu mewn amser real, gan hwyluso dilyniannu niwcleotid cywir a pharhaus. Mae'r dull arloesol hwn yn goresgyn cyfyngiadau darllen byr ac yn darparu llwyfan deinamig ar gyfer dadansoddi genomig cymhleth, gan gynnwys astudiaethau trawsgrifomig cymhleth, gyda chanlyniadau ar unwaith.
Llwyfan: Nanopore PromethION 48
-
Dilyniant mRNA hyd llawn -PacBio
Er bod dilyniannu mRNA yn seiliedig ar NGS yn arf amlbwrpas ar gyfer mesur mynegiant genynnau, mae ei ddibyniaeth ar ddarlleniadau byr yn cyfyngu ar ei ddefnydd mewn dadansoddiadau trawsgrifio cymhleth. Ar y llaw arall, mae dilyniannu PacBio (Iso-Seq) yn defnyddio technoleg darllen hir, gan alluogi dilyniannu trawsgrifiadau mRNA hyd llawn. Mae'r dull hwn yn hwyluso archwiliad cynhwysfawr o splicing amgen, ymasiadau genynnau, ac aml-adynyliad. Fodd bynnag, mae dewisiadau eraill ar gyfer meintioli mynegiant genynnau oherwydd y swm uchel o ddata sydd ei angen. Mae technoleg dilyniannu PacBio yn dibynnu ar ddilyniant moleciwlaidd sengl, amser real (SMRT), gan ddarparu mantais amlwg wrth ddal trawsgrifiadau mRNA hyd llawn. Mae'r dull arloesol hwn yn cynnwys defnyddio tonnau-dywysydd modd sero (ZMWs) a ffynhonnau micro-fabricated sy'n galluogi arsylwi amser real ar weithgaredd DNA polymeras yn ystod dilyniannu. O fewn y ZMWs hyn, mae polymeras DNA PacBio yn syntheseiddio llinyn cyflenwol o DNA, gan gynhyrchu darlleniadau hir sy'n rhychwantu trawsgrifiadau mRNA yn eu cyfanrwydd. Mae gweithrediad PacBio yn y modd dilyniannu Consensws Cylchlythyr (CCS) yn gwella cywirdeb trwy ddilyniannu'r un moleciwl dro ar ôl tro. Mae cywirdeb y darlleniadau HiFi a gynhyrchir yn debyg i NGS, gan gyfrannu ymhellach at ddadansoddiad cynhwysfawr a dibynadwy o nodweddion trawsgrifio cymhleth.
Llwyfan: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Dilyniannu mRNA ewcaryotig-NGS
Mae dilyniannu mRNA, sef technoleg amlbwrpas, yn grymuso proffilio cynhwysfawr yr holl drawsgrifiadau mRNA o fewn celloedd o dan amodau penodol. Gyda'i gymwysiadau eang, mae'r offeryn blaengar hwn yn datgelu proffiliau mynegiant genynnau cymhleth, strwythurau genynnau, a mecanweithiau moleciwlaidd sy'n gysylltiedig â phrosesau biolegol amrywiol. Wedi'i fabwysiadu'n eang mewn ymchwil sylfaenol, diagnosteg glinigol, a datblygu cyffuriau, mae dilyniannu mRNA yn cynnig mewnwelediad i gymhlethdodau dynameg cellog a rheoleiddio genetig, gan danio chwilfrydedd am ei botensial mewn amrywiol feysydd.
Llwyfan: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Dilyniannu mRNA nad yw'n seiliedig ar gyfeiriadau-NGS
Mae dilyniannu mRNA yn grymuso proffilio cynhwysfawr yr holl drawsgrifiadau mRNA o fewn celloedd o dan amodau penodol. Mae'r dechnoleg flaengar hon yn arf pwerus, gan ddadorchuddio proffiliau mynegiant genynnau cymhleth, strwythurau genynnau, a mecanweithiau moleciwlaidd sy'n gysylltiedig â phrosesau biolegol amrywiol. Wedi'i fabwysiadu'n eang mewn ymchwil sylfaenol, diagnosteg glinigol, a datblygu cyffuriau, mae dilyniannu mRNA yn cynnig mewnwelediad i gymhlethdodau dynameg cellog a rheoleiddio genetig.
Llwyfan: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Dilyniant Di-godio Hir-Illumina
Mae RNAs di-godio hir (lncRNAs) yn hwy na 200 niwcleotidau sydd â photensial codio lleiaf posibl ac maent yn elfennau canolog o fewn RNA nad yw'n godio. Wedi'i ganfod yn y cnewyllyn a'r cytoplasm, mae'r RNAs hyn yn chwarae rhan hanfodol mewn rheoleiddio epigenetig, trawsgrifiadol ac ôl-drawsysgrifol, gan danlinellu eu harwyddocâd wrth lunio prosesau cellog a moleciwlaidd. Mae dilyniannu LncRNA yn arf pwerus mewn Gwahaniaethu Celloedd, Ontogenesis, a Chlefydau Dynol.
Llwyfan: Illumina NovaSeq
-
Dilyniannu RNA Bach-Illumina
Mae moleciwlau RNA bach (sRNA) yn cynnwys microRNAs (miRNAs), RNAs ymyrryd bach (siRNAs), a RNAS rhyngweithiol piwi (piRNAs). Ymhlith y rhain, mae miRNAs, tua 18-25 niwcleotidau o hyd, yn arbennig o nodedig am eu rolau rheoleiddio canolog mewn amrywiol brosesau cellog. Gyda phatrymau mynegiant meinwe-benodol a chyfnod-benodol, mae miRNAs yn arddangos cadwraeth uchel ar draws gwahanol rywogaethau.
Llwyfan: Illumina NovaSeq
-
Dilyniannu CircRNA-Illumina
Dilyniant RNA cylchol (circRNA-seq) yw proffilio a dadansoddi RNAs cylchol, dosbarth o foleciwlau RNA sy'n ffurfio dolenni caeëdig oherwydd digwyddiadau splicing anganonaidd, gan roi mwy o sefydlogrwydd i'r RNA hwn. Er y dangoswyd bod rhai circRNAs yn gweithredu fel sbyngau microRNA, gan atafaelu microRNAs a'u hatal rhag rheoleiddio eu mRNAs targed, gall circRNAs eraill ryngweithio â phroteinau, modiwleiddio mynegiant genynnau, neu fod â rolau mewn prosesau cellog. Mae dadansoddiad mynegiant circRNA yn rhoi mewnwelediad i rolau rheoleiddio'r moleciwlau hyn a'u harwyddocâd mewn amrywiol brosesau cellog, cyfnodau datblygiadol, a chyflyrau afiechyd, gan gyfrannu at ddealltwriaeth ddyfnach o gymhlethdod rheoleiddio RNA yng nghyd-destun mynegiant genynnau.
-
Dilyniannu Trawsgrifiad Cyfan – Illumina
Mae dilyniannu trawsgrifiad cyfan yn cynnig dull cynhwysfawr o broffilio moleciwlau RNA amrywiol, gan gwmpasu codio (mRNA) a RNAs nad ydynt yn codio (lncRNA, circRNA, a miRNA). Mae'r dechneg hon yn dal trawsgrifiad cyfan celloedd penodol ar adeg benodol, gan ganiatáu ar gyfer dealltwriaeth gyfannol o brosesau cellog. Fe'i gelwir hefyd yn “dilyniant RNA cyflawn,” ei nod yw dadorchuddio rhwydweithiau rheoleiddio cymhleth ar y lefel trawsgrifio, gan alluogi dadansoddiad manwl fel RNA mewndarddol cystadleuol (ceRNA) a dadansoddiad RNA ar y cyd. Mae hyn yn nodi'r cam cychwynnol tuag at nodweddu swyddogaethol, yn enwedig wrth ddatrys y rhwydweithiau rheoleiddio sy'n cynnwys rhyngweithiadau ceRNA sy'n seiliedig ar circRNA-miRNA-mRNA.
