-
Dilyniannu Metagenomig -NGS
Mae metagenom yn gasgliad o gyfanswm deunydd genetig cymuned gymysg o organebau, megis metagenomau amgylcheddol a dynol. Mae'n cynnwys genomau micro-organebau y gellir eu trin a rhai na ellir eu trin. Mae dilyniannu metagenomig dryll gyda NGS yn galluogi astudiaeth o'r tirweddau genomig cymhleth hyn sydd wedi'u hymgorffori mewn samplau amgylcheddol trwy ddarparu mwy na phroffilio tacsonomaidd, gan roi mewnwelediadau gronynnog hefyd i amrywiaeth rhywogaethau, deinameg helaethrwydd, a strwythurau poblogaeth cymhleth. Y tu hwnt i astudiaethau tacsonomig, mae metagenomeg dryll hefyd yn cynnig persbectif genomeg swyddogaethol, gan alluogi archwilio genynnau wedi'u hamgodio a'u rolau tybiedig mewn prosesau ecolegol. Yn olaf, mae sefydlu rhwydweithiau cydberthynas rhwng elfennau genetig a ffactorau amgylcheddol yn cyfrannu at ddealltwriaeth gyfannol o'r cydadwaith cymhleth rhwng cymunedau microbaidd a'u cefndir ecolegol. I gloi, mae dilyniannu metagenomig yn offeryn canolog ar gyfer datrys cymhlethdodau genomig cymunedau microbaidd amrywiol, gan amlygu'r perthnasoedd amlochrog rhwng geneteg ac ecoleg o fewn yr ecosystemau cymhleth hyn.
Llwyfannau: Illumina NovaSeq a DNBSEQ-T7
-
Dilyniannu Metagenomig-TGS
Mae metagenom yn gasgliad o ddeunydd genetig cymuned gymysg o organebau, megis metagenomau amgylcheddol a dynol. Mae'n cynnwys genomau micro-organebau y gellir eu trin a rhai na ellir eu trin. Mae dilyniannu metagenomig yn galluogi astudio'r tirweddau genomig cymhleth hyn sydd wedi'u hymgorffori mewn samplau ecolegol trwy ddarparu mwy na phroffilio tacsonomaidd. Mae hefyd yn cynnig persbectif genomeg swyddogaethol trwy archwilio'r genynnau wedi'u hamgodio a'u rolau tybiedig mewn prosesau amgylcheddol. Er bod dulliau gwn saethu traddodiadol gyda dilyniannu Illumina wedi'u defnyddio'n helaeth mewn astudiaethau metagenomig, mae dyfodiad dilyniannu darllen hir Nanopore a PacBio wedi newid y maes. Mae technoleg Nanopore a PacBio yn gwella dadansoddiadau bio-wybodus i lawr yr afon, yn enwedig cydosod metagenom, gan sicrhau mwy o gynulliadau parhaus. Mae adroddiadau'n nodi bod metagenomeg seiliedig ar Nanopore a PacBio wedi llwyddo i gynhyrchu genomau bacteriol cyflawn a chaeedig o ficrobiomau cymhleth (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Mae integreiddio darlleniadau Nanopore â darlleniadau Illumina yn darparu dull strategol ar gyfer cywiro gwallau, gan liniaru cywirdeb isel cynhenid Nanopore. Mae'r cyfuniad synergaidd hwn yn trosoli cryfderau pob platfform dilyniannu, gan gynnig datrysiad cadarn i oresgyn cyfyngiadau posibl a hyrwyddo cywirdeb a dibynadwyedd dadansoddiadau metagenomig.
Llwyfan: Nanopore PromethION 48, Illumia a PacBio Revio
-
Dilyniant bisulfite genom cyfan (WGBS)
Mae Dilyniannu Genom Cyfan Bisulfite (WGBS) yn sefyll fel y fethodoleg safon aur ar gyfer archwilio methylation DNA yn fanwl, yn benodol y pumed safle mewn cytosin (5-mC), rheolydd canolog mynegiant genynnau a gweithgaredd cellog. Mae'r egwyddor sy'n sail i WGBS yn ymwneud â thriniaeth bisulfite, sy'n ysgogi trosi cytosinau anmethylated i uracil (C i U), tra'n gadael cytosinau methyl heb eu newid. Mae'r dechneg hon yn cynnig datrysiad un sylfaen, gan ganiatáu i ymchwilwyr ymchwilio'n gynhwysfawr i'r methylome a darganfod patrymau methylation annormal sy'n gysylltiedig â chyflyrau amrywiol, yn enwedig canser. Trwy ddefnyddio WGBS, gall gwyddonwyr gael mewnwelediad digyffelyb i dirweddau methylation genom-eang, gan ddarparu dealltwriaeth gynnil o'r mecanweithiau epigenetig sy'n sail i brosesau a chlefydau biolegol amrywiol.
-
Assay ar gyfer Cromatin Hygyrch Trawsposase gyda Dilyniannu Trwybwn Uchel (ATAC-seq)
Mae ATAC-seq yn dechneg dilyniannu trwybwn uchel a ddefnyddir ar gyfer dadansoddiad hygyrchedd cromatin genom-eang. Mae'r defnydd ohono yn darparu dealltwriaeth ddyfnach o fecanweithiau cymhleth rheolaeth epigenetig fyd-eang dros fynegiant genynnau. Mae'r dull yn defnyddio trawsposas Tn5 gorfywiog i ddarnio a thagio rhanbarthau cromatin agored ar yr un pryd trwy fewnosod addaswyr dilyniannu. Mae ymhelaethu ar PCR dilynol yn arwain at greu llyfrgell ddilyniannu, sy'n caniatáu ar gyfer nodi rhanbarthau cromatin agored yn gynhwysfawr o dan amodau gofod-amser penodol. Mae ATAC-seq yn darparu golwg gyfannol o dirweddau cromatin hygyrch, yn wahanol i ddulliau sy'n canolbwyntio'n unig ar safleoedd rhwymo ffactor trawsgrifio neu ranbarthau penodol a addaswyd gan histone. Trwy ddilyniannu'r rhanbarthau cromatin agored hyn, mae ATAC-seq yn datgelu rhanbarthau sy'n fwy tebygol o ddilyniannau rheoleiddio gweithredol a safleoedd rhwymo ffactor trawsgrifio posibl, gan gynnig mewnwelediadau gwerthfawr i fodiwleiddio deinamig mynegiant genynnau ar draws y genom.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Mae genynnau rRNA 16S a 18S, ynghyd â'r rhanbarth Gwahanydd Trawsgrifiedig Mewnol (ITS), yn farcwyr olion bysedd moleciwlaidd canolog oherwydd eu cyfuniad o ranbarthau tra cadwraethol a gor-amrywiol, gan eu gwneud yn offer amhrisiadwy ar gyfer nodweddu organebau procaryotig ac ewcaryotig. Mae ymhelaethu a dilyniannu’r rhanbarthau hyn yn cynnig dull di-ynysu ar gyfer ymchwilio i gyfansoddiad microbau ac amrywiaeth ar draws amrywiol ecosystemau. Er bod dilyniannu Illumina fel arfer yn targedu rhanbarthau gornewidiol byr fel V3-V4 o 16S ac ITS1, dangoswyd bod modd cyflawni anodi tacsonomig uwchraddol trwy ddilyniannu hyd llawn 16S, 18S, ac ITS. Mae'r dull cynhwysfawr hwn yn arwain at ganrannau uwch o ddilyniannau wedi'u dosbarthu'n gywir, gan gyflawni lefel o gydraniad sy'n ymestyn i adnabod rhywogaethau. Mae platfform dilyniannu Amser Real Moleciwl Sengl PacBio (SMRT) yn sefyll allan trwy ddarparu darlleniadau hir hynod gywir (HiFi) sy'n gorchuddio'r amplicons hyd llawn, gan gystadlu â thrachywiredd dilyniannu Illumina. Mae'r gallu hwn yn galluogi ymchwilwyr i ennill mantais heb ei hail - golygfa banoramig o'r dirwedd enetig. Mae'r sylw estynedig yn dyrchafu'n sylweddol y cydraniad mewn anodi rhywogaethau, yn enwedig o fewn cymunedau bacteriol neu ffwngaidd, gan alluogi dealltwriaeth ddyfnach o gymhlethdodau poblogaethau microbaidd.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Mae dilyniannu amplicon gyda thechnoleg Illumina, gan dargedu'n benodol y marcwyr genetig 16S, 18S, ac ITS, yn ddull pwerus ar gyfer datrys y ffylogene, tacsonomeg, a helaethrwydd rhywogaethau o fewn cymunedau microbaidd. Mae'r dull hwn yn cynnwys dilyniannu'r rhanbarthau gor-amrywiol o farcwyr genetig cadw tŷ. Cyflwynwyd yn wreiddiol fel olion bysedd moleciwlaidd ganWoeses et alym 1977, mae'r dechneg hon wedi chwyldroi proffilio microbiomau trwy alluogi dadansoddiadau di-ynysu. Trwy ddilyniannu 16S (bacteria), 18S (ffyngau), a Gwahanydd Trawsgrifiedig Mewnol (ITS, ffyngau), gall ymchwilwyr adnabod nid yn unig rywogaethau toreithiog ond hefyd rai prin ac anhysbys. Wedi'i fabwysiadu'n eang fel offeryn canolog, mae dilyniannu aplicon wedi dod yn allweddol wrth ganfod cyfansoddiadau microbaidd gwahaniaethol ar draws amgylcheddau amrywiol, gan gynnwys y geg ddynol, y coluddion, y stôl, a thu hwnt.
-
Ail-ddilyniannu Genom Cyfan Bacteraidd a Ffwngaidd
Mae prosiectau ail-ddilyniannu genomau cyfan bacteriol a ffwngaidd yn hollbwysig ar gyfer hyrwyddo genomeg microbaidd trwy alluogi genomau microbaidd i gael eu cwblhau a'u cymharu. Mae hyn yn hwyluso peirianneg eplesu, optimeiddio prosesau diwydiannol, ac archwilio llwybrau metaboledd eilaidd. Ar ben hynny, mae ail-ddilyniant ffwngaidd a bacteriol yn hanfodol ar gyfer deall addasu amgylcheddol, optimeiddio straen, a datgelu deinameg esblygiad genetig, gyda goblygiadau eang mewn meddygaeth, amaethyddiaeth a gwyddor amgylcheddol.
-
PacBio-Hyd Llawn 16S/18S/ITS Amplicon Dilyniannu
Datblygir platfform Amplicon (16S / 18S / ITS) gyda blynyddoedd o brofiad mewn dadansoddi prosiectau amrywiaeth microbaidd, sy'n cynnwys dadansoddiad sylfaenol safonol a dadansoddiad personol: mae dadansoddiad sylfaenol yn cwmpasu cynnwys dadansoddi prif ffrwd ymchwil microbaidd cyfredol, mae'r cynnwys dadansoddi yn gyfoethog a chynhwysfawr, a chyflwynir canlyniadau dadansoddi ar ffurf adroddiadau prosiect; Mae cynnwys dadansoddiad personol yn amrywiol. Gellir dewis samplau a gellir gosod paramedrau yn hyblyg yn unol â'r adroddiad dadansoddi sylfaenol a phwrpas ymchwil, i wireddu gofynion personol. System weithredu Windows, syml a chyflym.
-
Trawsgrifiad Hyd Llawn PacBio (Digyfeiriad)
Gan gymryd data dilyniannu Isoform Pacific Biosciences (PacBio) fel mewnbwn, mae'r Ap hwn yn gallu nodi dilyniannau trawsgrifio hyd llawn (heb gydosod). Trwy fapio dilyniannau hyd llawn yn erbyn genom cyfeirio, gellir optimeiddio trawsgrifiadau gan enynnau hysbys, trawsgrifiadau, rhanbarthau codio, ac ati. Yn yr achos hwn, gellir adnabod strwythurau mRNA yn fwy cywir, megis splicing amgen, ac ati. Mae dadansoddi ar y cyd â data dilyniannu trawsgrifiad NGS yn galluogi anodi mwy cynhwysfawr a meintioli mynegiant mwy cywir ar lefel trawsgrifiad, sydd i raddau helaeth o fudd i fynegiant gwahaniaethol i lawr yr afon a dadansoddiad swyddogaethol.
-
Dilyniannu Deusulfite Cynrychiolaeth Llai (RRBS)
Mae Dilyniannu Deosylfit Llai o Gynrychioliad (RRBS) wedi dod i'r amlwg fel dewis cost-effeithiol ac effeithlon yn lle Dilyniannu Genom Bisulfite Cyfan (WGBS) mewn ymchwil methylation DNA. Er bod WGBS yn darparu mewnwelediadau cynhwysfawr trwy archwilio'r genom cyfan ar gydraniad sylfaen sengl, gall ei gost uchel fod yn ffactor cyfyngol. Mae RRBS yn lliniaru'r her hon yn strategol trwy ddadansoddi cyfran gynrychioliadol o'r genom yn ddetholus. Mae'r fethodoleg hon yn dibynnu ar gyfoethogi rhanbarthau ynys-gyfoethog CpG gan holltiad MspI ac yna dewis maint o ddarnau 200-500/600 bps. O ganlyniad, dim ond rhanbarthau sy'n agos at ynysoedd CpG sy'n cael eu dilyniannu, tra bod y rhai ag ynysoedd CpG pell yn cael eu heithrio o'r dadansoddiad. Mae'r broses hon, ynghyd â dilyniannu bisulfite, yn caniatáu ar gyfer canfod methylation DNA cydraniad uchel, ac mae'r dull dilyniannu, PE150, yn canolbwyntio'n benodol ar ben y mewnosodiadau yn hytrach na'r canol, gan gynyddu effeithlonrwydd proffilio methylation. Mae'r RRBS yn arf amhrisiadwy sy'n galluogi ymchwil methylation DNA cost-effeithiol ac yn datblygu gwybodaeth am fecanweithiau epigenetig.
-
Dilyniannu RNA procaryotig
Mae dilyniannu RNA yn grymuso proffilio cynhwysfawr yr holl drawsgrifiadau RNA o fewn celloedd o dan amodau penodol. Mae'r dechnoleg flaengar hon yn arf pwerus, gan ddadorchuddio proffiliau mynegiant genynnau cymhleth, strwythurau genynnau, a mecanweithiau moleciwlaidd sy'n gysylltiedig â phrosesau biolegol amrywiol. Wedi'i fabwysiadu'n eang mewn ymchwil sylfaenol, diagnosteg glinigol, a datblygu cyffuriau, mae dilyniannu RNA yn cynnig mewnwelediad i gymhlethdodau dynameg cellog a rheoleiddio genetig. Mae ein prosesu sampl RNA procaryotig wedi'i deilwra ar gyfer trawsgrifiadau procaryotig, sy'n cynnwys disbyddu rRNA a pharatoi llyfrgell cyfeiriadol.
Llwyfan: Illumina NovaSeq
-
Dilyniannu Metatranscriptome
Gan ddefnyddio technoleg dilyniannu Illumina, mae gwasanaeth dilyniannu meta-drawsgriptome BMKGENE yn datgelu mynegiant genynnau deinamig amrywiaeth amrywiol o ficrobau, sy'n rhychwantu ewcaryotau i brocaryotau a firysau, o fewn amgylcheddau naturiol fel pridd, dŵr, môr, stôl, a'r perfedd. Mae ein gwasanaeth cynhwysfawr yn grymuso ymchwilwyr i ymchwilio i broffiliau mynegiant genynnau cyflawn cymunedau microbaidd cymhleth. Y tu hwnt i ddadansoddi tacsonomig, mae ein gwasanaeth dilyniannu metatranscriptome yn hwyluso archwilio i gyfoethogi swyddogaethol, gan daflu goleuni ar enynnau a fynegir yn wahaniaethol a'u rolau. Darganfyddwch gyfoeth o fewnwelediadau biolegol wrth i chi lywio tirweddau cymhleth mynegiant genynnau, amrywiaeth tacsonomig, a dynameg swyddogaethol o fewn y cilfachau amgylcheddol amrywiol hyn.
-
De novo Cynulliad Genom Ffwngaidd
Mae BMKGENE yn cynnig atebion amlbwrpas ar gyfer genomau ffwngaidd, gan ddarparu ar gyfer anghenion ymchwil amrywiol a chyflawnrwydd genom dymunol. Mae defnyddio dilyniannu Illumina darllen byr yn unig yn caniatáu cynhyrchu genom drafft. Mae dilyniannau darllen byr a darllen hir gan ddefnyddio Nanopore neu Pacbio yn cael eu cyfuno ar gyfer genom ffwngaidd mwy coeth gyda contigau hirach. At hynny, mae integreiddio dilyniannu Hi-C yn gwella'r galluoedd ymhellach, gan alluogi cyflawni genom lefel cromosom cyflawn.
