-
Rhyngweithio Chromatin seiliedig ar Hi-C
Mae Hi-C yn ddull sydd wedi'i gynllunio i ddal cyfluniad genomig trwy gyfuno rhyngweithiadau treiddgar yn seiliedig ar agosrwydd a dilyniannu trwybwn uchel. Mae'r dull yn seiliedig ar groesgysylltu cromatin â fformaldehyd, ac yna treuliad ac ail-ligation mewn ffordd mai dim ond darnau sydd wedi'u cysylltu'n cofalent fydd yn ffurfio cynhyrchion ligiad. Trwy ddilyniannu'r cynhyrchion ligation hyn, mae'n bosibl astudio trefniadaeth 3D y genom. Mae Hi-C yn galluogi astudio dosbarthiad y dognau o'r genom sydd wedi'u pacio'n ysgafn (adran A, euchromatin) ac yn fwy tebygol o fod yn weithgar yn drawsgrifiadol, a'r rhanbarthau sydd wedi'u pacio'n dynnach (adran B, Heterochromatin). Gellir defnyddio Hi-C hefyd i nodi Parthau sy'n Gysylltiedig â Topolegol (TADs), rhanbarthau o'r genom sydd â strwythurau plygu ac sy'n debygol o fod â phatrymau mynegiant tebyg, ac i nodi dolenni cromatin, rhanbarthau DNA sydd wedi'u hangori gyda'i gilydd gan broteinau. yn aml wedi'i gyfoethogi mewn elfennau rheoleiddiol. Mae gwasanaeth dilyniannu Hi-C BMKGene yn grymuso ymchwilwyr i archwilio dimensiynau gofodol genomeg, gan agor llwybrau newydd ar gyfer deall rheoleiddio genomau a'i oblygiadau mewn iechyd a chlefydau.
-
Dilyniannu Immunoprecipitation Chromatin (ChIP-seq)
Mae Imiwnedd Cromatin (CHIP) yn dechneg sy'n trosoledd gwrthgyrff i gyfoethogi proteinau sy'n rhwymo DNA yn ddetholus a'u targedau genomeg cyfatebol. Mae ei integreiddio â NGS yn galluogi proffilio genom-eang targedau DNA sy'n gysylltiedig ag addasu histone, ffactorau trawsgrifio, a phroteinau DNA-rhwymo eraill. Mae'r dull deinamig hwn yn galluogi cymariaethau o safleoedd rhwymo ar draws mathau amrywiol o gelloedd, meinweoedd, neu amodau. Mae cymwysiadau ChIP-Seq yn ymestyn o astudio rheoleiddio trawsgrifiadol a llwybrau datblygiadol i egluro mecanweithiau afiechyd, gan ei wneud yn arf anhepgor ar gyfer deall tirweddau rheoleiddio genomig a hyrwyddo mewnwelediadau therapiwtig.
Llwyfan: Illumina NovaSeq
-
Dilyniant bisulfite genom cyfan (WGBS)
Mae Dilyniannu Genom Cyfan Bisulfite (WGBS) yn sefyll fel y fethodoleg safon aur ar gyfer archwilio methylation DNA yn fanwl, yn benodol y pumed safle mewn cytosin (5-mC), rheolydd canolog mynegiant genynnau a gweithgaredd cellog. Mae'r egwyddor sy'n sail i WGBS yn ymwneud â thriniaeth bisulfite, sy'n ysgogi trosi cytosinau anmethylated i uracil (C i U), tra'n gadael cytosinau methyl heb eu newid. Mae'r dechneg hon yn cynnig datrysiad un sylfaen, gan ganiatáu i ymchwilwyr ymchwilio'n gynhwysfawr i'r methylome a darganfod patrymau methylation annormal sy'n gysylltiedig â chyflyrau amrywiol, yn enwedig canser. Trwy ddefnyddio WGBS, gall gwyddonwyr gael mewnwelediad digyffelyb i dirweddau methylation genom-eang, gan ddarparu dealltwriaeth gynnil o'r mecanweithiau epigenetig sy'n sail i brosesau a chlefydau biolegol amrywiol.
-
Assay ar gyfer Cromatin Hygyrch Trawsposase gyda Dilyniannu Trwybwn Uchel (ATAC-seq)
Mae ATAC-seq yn dechneg dilyniannu trwybwn uchel a ddefnyddir ar gyfer dadansoddiad hygyrchedd cromatin genom-eang. Mae'r defnydd ohono yn darparu dealltwriaeth ddyfnach o fecanweithiau cymhleth rheolaeth epigenetig fyd-eang dros fynegiant genynnau. Mae'r dull yn defnyddio trawsposas Tn5 gorfywiog i ddarnio a thagio rhanbarthau cromatin agored ar yr un pryd trwy fewnosod addaswyr dilyniannu. Mae ymhelaethu ar PCR dilynol yn arwain at greu llyfrgell ddilyniannu, sy'n caniatáu ar gyfer nodi rhanbarthau cromatin agored yn gynhwysfawr o dan amodau gofod-amser penodol. Mae ATAC-seq yn darparu golwg gyfannol o dirweddau cromatin hygyrch, yn wahanol i ddulliau sy'n canolbwyntio'n unig ar safleoedd rhwymo ffactor trawsgrifio neu ranbarthau penodol a addaswyd gan histone. Trwy ddilyniannu'r rhanbarthau cromatin agored hyn, mae ATAC-seq yn datgelu rhanbarthau sy'n fwy tebygol o ddilyniannau rheoleiddio gweithredol a safleoedd rhwymo ffactor trawsgrifio posibl, gan gynnig mewnwelediadau gwerthfawr i fodiwleiddio deinamig mynegiant genynnau ar draws y genom.
-
Dilyniannu Deusulfite Cynrychiolaeth Llai (RRBS)
Mae Dilyniannu Deosylfit Llai o Gynrychioliad (RRBS) wedi dod i'r amlwg fel dewis cost-effeithiol ac effeithlon yn lle Dilyniannu Genom Bisulfite Cyfan (WGBS) mewn ymchwil methylation DNA. Er bod WGBS yn darparu mewnwelediadau cynhwysfawr trwy archwilio'r genom cyfan ar gydraniad sylfaen sengl, gall ei gost uchel fod yn ffactor cyfyngol. Mae RRBS yn lliniaru'r her hon yn strategol trwy ddadansoddi cyfran gynrychioliadol o'r genom yn ddetholus. Mae'r fethodoleg hon yn dibynnu ar gyfoethogi rhanbarthau ynys-gyfoethog CpG gan holltiad MspI ac yna dewis maint o ddarnau 200-500/600 bps. O ganlyniad, dim ond rhanbarthau sy'n agos at ynysoedd CpG sy'n cael eu dilyniannu, tra bod y rhai ag ynysoedd CpG pell yn cael eu heithrio o'r dadansoddiad. Mae'r broses hon, ynghyd â dilyniannu bisulfite, yn caniatáu ar gyfer canfod methylation DNA cydraniad uchel, ac mae'r dull dilyniannu, PE150, yn canolbwyntio'n benodol ar ben y mewnosodiadau yn hytrach na'r canol, gan gynyddu effeithlonrwydd proffilio methylation. Mae'r RRBS yn arf amhrisiadwy sy'n galluogi ymchwil methylation DNA cost-effeithiol ac yn datblygu gwybodaeth am fecanweithiau epigenetig.