Map gwres
Mae teclyn Heatmap yn derbyn ffeil data matrics fel mewnbwn ac yn galluogi defnyddwyr i hidlo, normaleiddio a chlystyru data. Y prif achos defnydd ar gyfer mapiau gwres yw dadansoddiad clwstwr o lefel mynegiant genynnau rhwng gwahanol samplau.
Anodiad Genynnau
Mae'r offeryn Anodi Genynnau yn perfformio anodi genynnau yn seiliedig ar aliniad dilyniant o ffeiliau FASTA mewnbwn yn erbyn cronfeydd data amrywiol.
Offeryn Chwilio Aliniad Lleol Sylfaenol (BLAST)
Mae'r offeryn BLAST yn fersiwn integredig BMKCloud o NCBI BLAST a gellir ei ddefnyddio i gyflawni'r un swyddogaethau gan ddefnyddio data a uwchlwythwyd i gyfrif BMKCloud.
CDS_UTR Rhagfynegiad
Mae offeryn Rhagfynegiad CDS_UTR wedi'i gynllunio i ragfynegi rhanbarthau codio (CDS) a rhanbarthau di-godio (UTR) mewn dilyniannau trawsgrifio penodol yn seiliedig ar ganlyniadau BLAST yn erbyn cronfeydd data protein hysbys a chanlyniadau rhagfynegi ORF.
Plot Manhattan
Mae offeryn Manhattan Plot yn galluogi arddangos arbrofion sampl uchel ac fe'i defnyddir yn gyffredin mewn astudiaethau cysylltiad genom-eang (GWAS).
Diagram Circos
Mae offeryn Diagram CIRCOS yn darparu delweddu effeithlon o sut mae nodweddion genomig yn cael eu dosbarthu ar draws y genom. Mae nodweddion cyffredin yn cynnwys loci meintiol, PCE, InDels, amrywiadau strwythurol a chopi rhif.
Ontoleg Genynnau (GO) Cyfoethogi
Mae offeryn GO Enrichment yn darparu dadansoddiad cyfoethogi swyddogaethol. Y brif feddalwedd yn yr offeryn hwn yw'r pecyn TopGO-Bioconductor, sy'n cynnwys dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol, dadansoddiad cyfoethogi GO a delweddu'r canlyniadau.
Dadansoddiad Rhwydwaith Cydfynegiant Genynnau Pwysol (WGCNA)
Mae WGCNA yn ddull cloddio data a ddefnyddir yn eang ar gyfer darganfod modiwlau cyd-fynegiant genynnau. Mae'n berthnasol i set ddata mynegiant amrywiol gan gynnwys data mynegiant genynnau micro-arae a NGS.
RhyngProScan
Mae'r offeryn InterProScan yn darparu dadansoddiad a dosbarthiad dilyniant protein InterPro.
GO KEGG Cyfoethogi
Mae offeryn Cyfoethogi GO KEGG wedi'i ddylunio i gynhyrchu histogram cyfoethogi GO, histogram cyfoethogi KEGG a llwybr cyfoethogi KEGG yn seiliedig ar set genynnau a ddarperir ac anodiad cyfatebol.