Dilyniannu Genom Cyfan Planhigion/Anifeiliaid
Nodweddion Gwasanaeth
● Gall paratoadau llyfrgell fod yn safonol neu heb PCR
● Ar gael mewn 4 llwyfan dilyniannu: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, neu PacBio Refio.
● Canolbwyntiodd dadansoddiad biowybodus ar ganfod amrywiadau: SNP, InDel, SV a CNV
Manteision Gwasanaeth
●Arbenigedd helaeth a Chofnodion Cyhoeddi: Mae profiad cronnus mewn dilyniannu genomau ar gyfer dros 1000 o rywogaethau wedi arwain at dros 1000 o achosion wedi’u cyhoeddi gyda ffactor effaith gronnol o dros 5000.
●Dadansoddiad Biowybodeg Cynhwysfawr: Gan gynnwys galw amrywiadau ac anodi ffwythiannau.
● Cefnogaeth Ôl-werthu:Mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu o 3 mis. Yn ystod y cyfnod hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n ymwneud â'r canlyniadau.
●Anodiad Cynhwysfawr: Rydym yn defnyddio cronfeydd data lluosog i anodi'r genynnau yn swyddogaethol ag amrywiadau a nodwyd a pherfformio'r dadansoddiad cyfoethogi cyfatebol, gan ddarparu mewnwelediad ar brosiectau ymchwil lluosog.
Manylebau Gwasanaeth
| Amrywiadau i'w nodi | Strategaeth ddilyniannu | Dyfnder a argymhellir |
| SNP ac InDel | Illumina NovaSeq PE150 neu MGI T7 | 10x |
| SV a CNV (llai cywir) | 30x | |
| SV a CNV (mwy cywir) | Prom Nanopore P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV a CNV | PacBio Revio | 10x |
Gofynion Sampl
| Meinwe neu asidau niwclëig wedi'u hechdynnu | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Viscera Anifeiliaid | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Cyhyr Anifeiliaid | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Gwaed Mamalaidd | 1.5 mL | ≥ 0.5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| Gwaed Dofednod/Pysgod | ≥ 0.1 mL
| ≥ 0.5 mL
| |||
| Planhigyn - Deilen Ffres | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Celloedd Diwylliedig |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Meinwe meddal pryfed/Unigol | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA wedi'i dynnu
| Crynodiad: ≥ 1 ng/ µL Swm: ≥ 30 ng Diraddio neu halogiad cyfyngedig neu ddim o gwbl
| Crynodiad Swm
OD260/280
OD260/230
Diraddio neu halogiad cyfyngedig neu ddim o gwbl
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg/cell llif/sampl
1.7-2.2
≥1.5 | Crynodiad Swm
OD260/280
OD260/230
Diraddio neu halogiad cyfyngedig neu ddim o gwbl | ≥ 50 ng/ µL 10 µg/cell llif/sampl
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Paratoi Llyfrgell heb PCR: Crynodiad ≥ 40 ng/ µL Swm≥ 500 ng | |||||
Llif Gwaith Gwasanaeth
Cyflwyno sampl
Echdynnu DNA
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Cyflwyno data
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
- Rheoli Ansawdd Data Crai
- Ystadegau aliniad i genom cyfeirio
- Adnabod amrywiad: SNP, InDel, SV a CNV
- Anodi swyddogaethol o amrywiadau
Ystadegau aliniad i genom cyfeirio - dilyniannu dosbarthiad dyfnder
SNP yn galw ymhlith samplau lluosog
Adnabod InDel - ystadegau o hyd InDel yn y rhanbarth CDS a'r rhanbarth genom-eang
Dosbarthiad amrywiadol ar draws y genom – plot Circos
Anodi swyddogaethol genynnau gydag amrywiadau a nodwyd – Ontoleg Genynnau
Chai, Q. et al. (2023) 'Mae glutathione S‐transferase GhTT19 yn pennu pigmentiad petalau blodau trwy reoleiddio croniad anthocyanin mewn cotwm', Plant Biotechnology Journal, 21(2), t. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Mae genom Hevea brasiliensis gwyllt ar lefel cromosom yn darparu offer newydd ar gyfer bridio â chymorth genomig a loci gwerthfawr i gynyddu cynnyrch rwber', Plant Biotechnology Journal, 21(5), tt. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Mae Genom yr wystrys aberol yn rhoi cipolwg ar effaith hinsawdd a phlastigrwydd ymaddasol', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), tt. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Mae Zeng, T. et al. (2022) 'Mae dadansoddiad o newidiadau genom a methylation mewn ieir brodorol Tsieineaidd dros amser yn rhoi cipolwg ar gadwraeth rhywogaethau', Communications Biology, 5(1), tt. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
