Dilyniant genom planhigion/anifail de novo
De novoMae dilyniannu yn cyfeirio at adeiladu genom cyfan rhywogaeth gan ddefnyddio technolegau dilyniannu yn absenoldeb genom cyfeirio. Mae cyflwyno a mabwysiadu dilyniant trydydd cenhedlaeth yn eang, sy'n cynnwys darlleniadau hirach, wedi gwella cynulliad genom yn sylweddol trwy gynyddu'r gorgyffwrdd rhwng darlleniadau. Mae'r gwelliant hwn yn arbennig o berthnasol wrth ddelio â genomau heriol, fel y rhai sy'n arddangos heterozygosity uchel, cymhareb uchel o ranbarthau ailadroddus, polyploidau, a rhanbarthau ag elfennau ailadroddus, cynnwys GC annormal, neu gymhlethdod uchel sy'n nodweddiadol yn cael eu hymgynnull ar ei ben ei hun.
Mae ein datrysiad un stop yn darparu gwasanaethau dilyniannu integredig a dadansoddiad biowybodegol sy'n darparu genom wedi'i ymgynnull De Novo o ansawdd uchel. Mae arolwg genom cychwynnol gyda Illumina yn darparu amcangyfrifon o faint genom a chymhlethdod, a defnyddir y wybodaeth hon i arwain cam nesaf dilyniant hir-ddarllen gyda Pacbio Hifi, ac ynade novoCynulliad o contigs. Mae'r defnydd dilynol o gynulliad HIC yn galluogi angori'r contigs i'r genom, gan gael cynulliad ar lefel cromosom. Yn olaf, mae'r genom yn cael ei anodi gan ragfynegiad genynnau a thrwy ddilyniannu genynnau a fynegir, gan droi at drawsgrifiadau â darlleniadau byr a hir.
Nodweddion gwasanaeth
● Integreiddio gwasanaethau dilyniannu a biowybodegol lluosog mewn datrysiad un stop:
Arolwg genom gyda Illumina i amcangyfrif maint genom a chanllaw camau dilynol;
Dilyniannu darllen hir ar gyferde novoCynulliad o contigs;
Dilyniant Hi-C ar gyfer angori cromosom;
dilyniant mRNA ar gyfer anodi genynnau;
Dilysu'r Cynulliad.
● Gwasanaeth sy'n addas ar gyfer adeiladu genomau newydd neu wella genomau cyfeirio presennol ar gyfer rhywogaethau o ddiddordeb.
Manteision gwasanaeth
Datblygu llwyfannau dilyniannu a biowybodeg ynde novoCynulliad Genom
(Amarasinghe Sl et al.,Bioleg, 2020)
●Arbenigedd a chofnod cyhoeddi helaeth: Mae BMKGENE wedi cronni profiad enfawr mewn cynulliad genom o ansawdd uchel o rywogaethau amrywiol, gan gynnwys genomau diploid a genomau cymhleth iawn o rywogaethau polyploid ac allopolyploid. Er 2018, rydym wedi cyfrannu at OverCyhoeddir 300 o gyhoeddiadau effaith uchel, ac 20+ ohonynt yn Nature Genetics.
● Datrysiad un stop: Mae ein dull integredig yn cyfuno technolegau dilyniannu lluosog a dadansoddiadau biowybodegol i lif gwaith cydlynol, gan ddarparu genom wedi'i ymgynnull o ansawdd uchel.
●Wedi'i deilwra i'ch anghenion: Mae llif gwaith ein gwasanaeth yn addasadwy, gan ganiatáu addasu ar gyfer genomau â nodweddion amrywiol ac anghenion ymchwil penodol. Mae hyn yn cynnwys lletya genomau anferth, genomau polyploid, genomau heterosygaidd iawn, a mwy.
●Tîm Biowybodeg a Laboratorial Medrus Hynod: Gyda phrofiad gwych ym mlaen arbrofol a biowybodeg cynulliadau genom cymhleth a chyfres o batentau a hawlfreintiau meddalwedd.
●Cefnogaeth ôl-werthu:Mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu 3 mis. Yn ystod yr amser hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n gysylltiedig â'r canlyniadau.
Manylebau Gwasanaeth
| Arolwg Genom | Cynulliad Genom | Cromosomau | Anodi genom |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x pacbio ccs hifi yn darllen | 100x Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 GB + (dewisol) Hyd llawn RNA-seq pacbio 40 gb neu Nanopore 12 GB |
Gofynion Gwasanaeth
Ar gyfer arolwg genom, Cynulliad Genom a Chynulliad HI-C:
| Meinwe neu asidau niwclëig wedi'u tynnu | Arolwg Genom | Cynulliad Genom gyda Pacbio | Cynulliad Hi-C |
| Viscera Anifeiliaid | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Cyhyrau | ≥ 5 g | ||
| Gwaed mamalaidd | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Gwaed Dofednod/Pysgod | ≥ 0.5 ml | ||
| Planhigyn- deilen ffres | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Celloedd diwylliedig |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Pryfyn | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNA wedi'i dynnu | Crynodiad: ≥1 ng/ µl Swm ≥ 30 ng Cyfyngedig neu ddim diraddio neu halogi | Crynodiad: ≥ 50 ng/ µl Swm: 10 µg/cell llif/sampl OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 Cyfyngedig neu ddim diraddio neu halogi |
-
|
Ar gyfer anodi genom gyda thrawsgrifiadomeg:
| Meinwe neu asidau niwclëig wedi'u tynnu | Trawsgrifiad illumina | Trawsgrifiad pacbio | Trawsgrifiad nanopore |
| Planhigyn- gwreiddyn/coesyn/petal | 450 mg | 600 mg | |
| Planhigyn - deilen/had | 300 mg | 300 mg | |
| Planhigyn - ffrwythau | 1.2 g | 1.2 g | |
| Calon/coluddyn anifeiliaid | 300 mg | 300 mg | |
| Viscera/Ymennydd Anifeiliaid | 240 mg | 240 mg | |
| Cyhyrau | 450 mg | 450 mg | |
| Esgyrn/Gwallt/Croen Anifeiliaid | 1 g | 1 g | |
| Arthropod - Pryfed | 6 | 6 | |
| Arthropod -crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Gwaed Cyfan | 1 tiwb | 1 tiwb | |
| RNA wedi'i dynnu | Crynodiad: ≥ 20 ng/ µl Swm ≥ 0.3 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Riniau≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Crynodiad: ≥ 100 ng/ µl Swm ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Riniau≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Crynodiad: ≥ 100 ng/ µl Swm ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Riniau≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Danfon sampl a argymhellir
Cynhwysydd: tiwb centrifuge 2 ml (ni argymhellir ffoil tun)
(Ar gyfer y rhan fwyaf o'r samplau, rydym yn argymell peidio â chadw mewn ethanol.)
Labelu Sampl: Rhaid i samplau gael eu labelu'n glir ac yn union yr un fath â'r ffurflen wybodaeth sampl a gyflwynwyd.
Cludo: Iâ sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau yn gyntaf a'u claddu mewn rhew sych.
Llif Gwaith
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dylunio Arbrofi
Dosbarthu Sampl
Echdynnu DNA
Adeiladu Llyfrgell
Dilyniant
Dadansoddiad Data
Gwasanaethau ar ôl gwerthu
Dadansoddiad biowybodegol cyflawn, wedi'i wahanu mewn 4 cam:
1) Arolwg genom, yn seiliedig ar ddadansoddiad K-Mer gyda darlleniadau NGS:
Amcangyfrif o faint genom
Amcangyfrif o heterozygosity
Amcangyfrif o ranbarthau ailadroddus
2) Cynulliad Genom gyda Pacbio HiFi:
De novocynulliad
Asesiad Cynulliad: gan gynnwys dadansoddiad busco ar gyfer cyflawnrwydd genom a mapio yn ôl NGS a Pacbio Hifi Reads
3) Cynulliad Hi-C:
Llyfrgell Hi-C QC: Amcangyfrif o ryngweithio HI-C dilys
Cynulliad Hi-C: Clystyru contigs mewn grwpiau, ac yna archebu contig ym mhob grŵp a neilltuo cyfeiriadedd contig
Gwerthusiad HI-C
4) Anodi Genom:
Rhagfynegiad RNA nad yw'n codio
Adnabod dilyniannau ailadroddus (trawsosodiadau ac ailadroddiadau tandem)
Rhagfynegiad genynnau
§De novo: algorithmau ab initio
§ Yn seiliedig ar homoleg
§ Yn seiliedig ar drawsgrifiad, gyda darlleniadau hir a byr: mae darlleniadaude novoymgynnull neu fapio i'r genom drafft
§ Anodi genynnau a ragwelir gyda chronfeydd data lluosog
1) Arolwg Genom- Dadansoddiad K-Mer
2) Cynulliad Genom
2) Cynulliad Genom - Mae Pacbio HiFi yn darllen mapio i ddrafftio cynulliad
2) Cynulliad HI-C-Amcangyfrif o barau rhyngweithio dilys HI-C
3) Gwerthusiad ôl-ymgynnull HI-C
4) Anodi Genom - Integreiddio genynnau a ragwelir
4) Anodi Genom - Anodi Genynnau a Ragwelir
Archwiliwch y datblygiadau a hwylusir gan Wasanaethau Cynulliad Genom De Novo BMKGENE trwy gasgliad wedi'i guradu o gyhoeddiadau:
Li, C. et al. (2021) 'Mae dilyniannau genom yn datgelu llwybrau gwasgaru byd -eang ac yn awgrymu addasiadau genetig cydgyfeiriol yn Seahorse Evolution', Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038/a41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) 'Mae newidiadau cromosomaidd ar raddfa fawr yn arwain at addasiadau mynegiant ar lefel genom, addasu amgylcheddol, a dyfalu yn y gayal (BOS frontalis)', bioleg ac esblygiad moleciwlaidd, 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. et al. (2023) 'Cynulliad genom a dyraniad genetig o germplasm indrawn sy'n gwrthsefyll sychder amlwg', geneteg natur 2023 55: 3, 55 (3), tt. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Datgelu esblygiad biosynthesis alcaloid tropane trwy ddadansoddi dau genom yn nheulu'r Solanaceae', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), tt. 1–18. doi: 10.1038/a41467-023-37133-4.
Herio Astudiaethau Achos:
Cynulliad Telomere-i-Telomere:Fu, A. et al. (2023) 'Mae cynulliad genom telomere-i-telomere o felon chwerw (Momordica Charantia L. Var. Abbreviata Ser.) Yn datgelu datblygiad ffrwythau, cyfansoddiad a nodweddion genetig aeddfedu', ymchwil garddwriaeth, 10 (1). doi: 10.1093/hr/uhac228.
Cynulliad haploteip:Hu, W. et al. (2021) 'Mae genom wedi'i ddiffinio gan alele yn datgelu gwahaniaethu biallelic yn ystod esblygiad casafa', planhigyn moleciwlaidd, 14 (6), tt. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Cynulliad Genom Giant:Yuan, J. et al. (2022) 'Sail genomig y giga-cromosomau a giga-genom o goeden peony paeonia ostii', Cyfathrebu natur 2022 13: 1, 13 (1), tt. 1–16. doi: 10.1038/a41467-022-35063-1.
Cynulliad genom polyploid:Zhang, Q. et al. (2022) 'Mewnwelediadau genomig i'r gostyngiad cromosom diweddar o saccharum saccharum siwgr autopolyploid', geneteg natur 2022 54: 6, 54 (6), tt. 885–896. doi: 10.1038/a41588-022-01084-1.
