PacBio 2+3 Ateb mRNA Hyd Llawn
Nodweddion
● Dylunio astudiaeth:
Sampl cyfun wedi'i ddilyniannu gyda PacBio i nodi isoformau trawsgrifio
Samplau ar wahân (dyblygiadau ac amodau i'w profi) wedi'u dilyniannuNGS i feintioli mynegiant trawsgrifiad
● Dilyniannu PacBio yn y modd CCS, gan gynhyrchu darlleniadau HiFi
● Dilyniannu'r trawsgrifiadau hyd llawn
● Nid yw dadansoddiad yn gofyn am genom cyfeirio; fodd bynnag, gall fod yn gyflogedig
● Mae dadansoddiad biowybodus yn cynnwys nid yn unig mynegiant ar lefel genynnau ac isoform ond hefyd dadansoddiad o lncRNA, ymasiadau genynnau, aml-adynyliad, a strwythur genynnau
Manteision
● Cywirdeb Uchel: Mae HiFi yn darllen gyda chywirdeb > 99.9% (Q30), sy'n debyg i NGS
● Dadansoddiad Arwydd Amgen: mae dilyniannu pob trawsgrifiad yn galluogi adnabod a nodweddu isoform.
● Cyfuniad o PacBio a NGS Cryfderau: galluogi meintioli mynegiant ar y lefel isoform, dadorchuddio newid y gellir ei guddio wrth ddadansoddi mynegiant y genyn cyfan
● Arbenigedd Helaeth: gyda hanes o gwblhau dros 1100 o brosiectau trawsgrifio hyd llawn PacBio a phrosesu dros 2300 o samplau, mae ein tîm yn dod â chyfoeth o brofiad i bob prosiect.
● Cefnogaeth Ôl-werthu: mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu o 3 mis. Yn ystod y cyfnod hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n ymwneud â'r canlyniadau.
Gofynion Sampl a Chyflenwi
| Llyfrgell | Strategaeth ddilyniannu | Argymhellir data | Rheoli Ansawdd |
| PolyA cyfoethogi mRNA llyfrgell CCS | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | C30≥85% |
| Poly A cyfoethogi | Illumina PE150 | 6-10 Gb | C30≥85% |
Niwcleotidau
|
| Conc.(ng/μl) | Swm (μg) | Purdeb | Uniondeb |
| Llyfrgell Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Cyfyngedig neu ddim halogiad protein neu DNA a ddangosir ar gel. | Ar gyfer planhigion: RIN≥4.0; Ar gyfer anifeiliaid: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; drychiad gwaelodlin cyfyngedig neu ddim drychiad gwaelodlin |
| llyfrgell PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Cyfyngedig neu ddim halogiad protein neu DNA a ddangosir ar gel. | Planhigion: RIN≥7.5 Anifeiliaid: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; drychiad gwaelodlin cyfyngedig neu ddim drychiad gwaelodlin |
Cyflwyno Sampl a Argymhellir
Cynhwysydd: tiwb centrifuge 2 ml (Ni argymhellir ffoil tun)
Labelu enghreifftiol: Grŵp+ at ei gilydd ee A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Cludo:
1. Sych-rhew:Mae angen pacio samplau mewn bagiau a'u claddu mewn rhew sych.
2. Tiwbiau RNAstable: Gellir sychu samplau RNA mewn tiwb sefydlogi RNA (ee RNAstable®) a'u cludo yn nhymheredd yr ystafell.
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
Rheoli ansawdd data crai
Dadansoddiad Polyadyleiddiad Amgen (APA)
Dadansoddiad trawsgrifiad Cyfuno
Dadansoddiad Amgen o Sbeisio
Meincnodi dadansoddiad Orthologau Copi Sengl Cyffredinol (BUSCO).
Dadansoddiad trawsgrifiad nofel: rhagfynegiad o ddilyniannau codio (CDS) ac anodi swyddogaethol
Dadansoddiad lncRNA: rhagfynegi lncRNA a thargedau
Adnabod MicroSatelite (SSR)
Dadansoddiad Trawsgrifiadau a Fynegwyd yn Wahanol (DETs).
Dadansoddiad Genynnau a Fynegwyd yn Wahanol (DEGs).
Anodi swyddogaethol o DEGs a DETs
Dadansoddiad BUSCO
Dadansoddiad Amgen o Sbeisio
Dadansoddiad Polyadyleiddiad Amgen (APA)
Genynnau a Fynegwyd yn Wahanol (DEGs) a Thrawsgrifiadau (analaysis DETs9
Rhwydweithiau rhyngweithio Protein-Protein o DETs a DEGs
Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan ddilyniant mRNA hyd llawn BMKGene PacBio 2+3 trwy gasgliad o gyhoeddiadau wedi'u curadu.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dynameg datblygiadol trawsgrifiad coesyn Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), tt. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Newidiadau Dynamig mewn Cynnwys Asid Ascorbig yn ystod Datblygiad ac Aeddfediad Ffrwythau Actinidia latifolia (Cnwd Ffrwythau Cyfoethog Ascorbate) a'r Mecanweithiau Moleciwlaidd Cysylltiedig', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), t. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Rhagfynegiad effeithiol o genynnau llwybr biosynthetig sy'n ymwneud â polyffyllinau bioactif ym Mharis polyffylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), tt. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Mae Liu, M. et al. (2023) 'Dadansoddiad Cyfun PacBio Iso-Seq ac Illumina RNA-Seq o'r Trawsgrifiad Tuta absoluta (Meyrick) a'r Cytocrom P450 Genynnau', Pryfed, 14(4), t. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Arolwg o gymhlethdod trawsgrifio gan ddefnyddio dadansoddiad amser real un moleciwl PacBio wedi'i gyfuno â dilyniannu RNA Illumina i gael gwell dealltwriaeth o fiosynthesis asid ricinoleic yn Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), tt. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FFIGURAU/7.
