Dilyniannu mRNA nad yw'n seiliedig ar gyfeiriadur
Nodweddion
● Dal poly mRNA cyn paratoi llyfrgell
● Yn annibynnol ar unrhyw genom cyfeirio: yn seiliedig ar gynulliad trawsgrifiadau de novo, gan gynhyrchu rhestr o UniGenes sydd wedi'u hanodi â chronfeydd data lluosog (NR, Swistir-Prot, COG, KOG, EGGNOG, PFAM, GO, GO, KEGG)
● Dadansoddiad biowybodegol cynhwysfawr o fynegiant genynnau a strwythur trawsgrifio
Manteision gwasanaeth
●Arbenigedd helaeth: Gyda hanes o brosesu dros 600,000 o samplau yn BMKGENE, yn rhychwantu mathau o samplau amrywiol fel diwylliannau celloedd, meinweoedd, a hylifau'r corff, mae ein tîm yn dod â chyfoeth o brofiad i bob prosiect. Rydym wedi llwyddo i gau dros 100,000 o brosiectau mRNA-seq mewn amryw o barthau ymchwil.
●Rheoli Ansawdd Trwyadl: Rydym yn gweithredu pwyntiau rheoli craidd ar draws pob cam, o baratoi sampl a llyfrgell i ddilyniannu a biowybodeg. Mae'r monitro manwl hwn yn sicrhau bod canlyniadau o ansawdd uchel yn gyson.
● Anodi cynhwysfawr: Rydym yn defnyddio cronfeydd data lluosog i anodi'n swyddogaethol y genynnau a fynegir yn wahanol (DEGs) a pherfformio'r dadansoddiad cyfoethogi cyfatebol, gan ddarparu mewnwelediadau ar y prosesau cellog a moleciwlaidd sy'n sail i'r ymateb trawsgrifiad.
●Cefnogaeth ôl-werthu: Mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu 3 mis. Yn ystod yr amser hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n gysylltiedig â'r canlyniadau.
Gofynion sampl a danfon
| Lyfrgell | Strategaeth Dilyniannu | Data a argymhellir | Rheoli Ansawdd |
| Poly a wedi'i gyfoethogi | Illumina PE150 Dnbseq-t7 | 6-10 GB | C30≥85% |
Gofynion Sampl:
Niwcleotidau:
| Conc. (Ng/μl) | Swm (μg) | Burdeb | Uniondebau |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Dangosir halogiad cyfyngedig neu ddim protein neu DNA ar gel. | Ar gyfer planhigion: rin≥4.0; Ar gyfer anifeiliaid: rin≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; Drychiad cyfyngedig neu ddim llinell sylfaen |
● Planhigion:
Gwraidd, coesyn neu betal: 450 mg
Deilen neu had: 300 mg
Ffrwythau: 1.2 g
● Anifeiliaid:
Calon neu goluddyn: 300 mg
Viscera neu ymennydd: 240 mg
Cyhyr: 450 mg
Esgyrn, gwallt neu groen: 1g
● Arthropodau:
Pryfed: 6g
Crustacea: 300 mg
● Gwaed cyfan: 1 tiwb
● Celloedd: 106 gelloedd
Danfon sampl a argymhellir
Cynhwysydd: tiwb centrifuge 2 ml (ni argymhellir ffoil tun)
Labelu sampl: grŵp+dyblygu ee a1, a2, a3; B1, B2, B3.
Cludo:
1. Iâ sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau a'u claddu mewn rhew sych.
2. Tiwbiau RNASTABLE: Gellir sychu samplau RNA mewn tiwb sefydlogi RNA (ee RNASTABLE®) a'u cludo yn nhymheredd yr ystafell.
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dylunio Arbrofi
Dosbarthu Sampl
Echdynnu RNA
Adeiladu Llyfrgell
Dilyniant
Dadansoddiad Data
Gwasanaethau ar ôl gwerthu
Biowybodeg
Dewis Trawsgrifiad a Dewis Unigene
Anodi Unigene
Cydberthynas sampl ac asesu dyblygiadau biolegol
Genynnau a fynegir yn wahanol (DEGs)
Anodi swyddogaethol DEGS
Cyfoethogi swyddogaethol DEGS
Archwiliwch y datblygiadau a hwylusir gan NGS ewcaryotig BMKGENE Gwasanaethau Dilyniannu MRNA trwy gasgliad wedi'i guradu o gyhoeddiadau.
Shen, F. et al. (2020) 'Cynulliad trawsgrifiad de novo a mynegiant genynnau â thuedd rhyw yn gonadau catfish Amur (Silurus asotus)', genomeg, 112 (3), tt. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Dadansoddiad trawsgrifiad o metaboledd swcros yn ystod chwyddo a datblygiad bwlb mewn nionyn (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (Medi), t. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) 'Cynulliad de novo, nodweddu ac anodi ar gyfer trawsgrifiadome Sarcocheilichthys sinensis', PLoS One, 12 (2). doi: 10.1371/cyfnodolyn.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Mae dadansoddiad trawsgrifiad de novo yn rhoi mewnwelediadau i oddefgarwch halen Podocarpus macrophyllus o dan straen halltedd', Bioleg Planhigion BMC, 21 (1), tt. 1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/ffigurau/9.
