mRNA-seq (ngs) gyda genom cyfeirio

mRNA-seq (ngs) gyda genom cyfeirio

Mae RNA-seq yn offeryn safonol ar draws bywyd a gwyddorau cnydau, gan bontio'r bwlch rhwng genomau a phroteomau. Ei gryfder yw darganfod trawsgrifiadau newydd a meintioli eu mynegiant mewn un assay. Fe'i defnyddir yn helaeth ar gyfer astudiaethau trawsgrifiadomig cymharol, gan daflu golau ar enynnau sy'n gysylltiedig â nodweddion neu ffenoteipiau amrywiol, fel cymharu mwtaniaid â mathau gwyllt neu ddatgelu mynegiant genynnau o dan amodau penodol. Mae ap BMKCloud mRNA (Cyfeirnod) yn integreiddio meintioli mynegiant, dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol (DEG), a dadansoddiadau strwythur dilyniant i biblinell biowybodeg mRNA-seq (NGS) ac yn cyfuno cryfderau meddalwedd debyg, gan sicrhau cyfleustra a chyfeillgarwch defnyddiwr. Gall defnyddwyr uwchlwytho eu data RNA-seq i'r cwmwl, lle mae'r ap yn cynnig datrysiad dadansoddi biowybodegol un stop cynhwysfawr. Yn ogystal, mae'n blaenoriaethu profiad y cwsmer, gan gynnig gweithrediadau wedi'u personoli wedi'u teilwra i anghenion penodol defnyddwyr. Gall defnyddwyr osod paramedrau a chyflwyno cenhadaeth y biblinell ar eu pennau eu hunain, gwirio'r adroddiad rhyngweithiol, gweld data/diagramau a chwblhau cloddio data, megis: dewis genynnau targed, clystyru swyddogaethol, diagramu, ac ati.

Canlyniadau Demo

Cloddio data

Gofyniad mewnforio

Prif ddadansoddiad

Gyfeirnod

Canlyniadau Demo

Cloddio data

Gofyniad mewnforio

Llwyfan:Illumina, MGI
Strategaeth:RNA-seq
Gynllun: Paried, data glân.
Math o Lyfrgell:Fr-Hunstranded, Fr-Firststrand neu FR-Ail
Darllenwch hyd:150 bp
Math o ffeil:*.Fastq, *.fq, *.fastq.gz neu *.fq.gz. Bydd y systemPârwch y ffeiliau .fastq yn awtomatig yn ôl eu henwau ffeiliau,ee *_1.fastq wedi'i baru â *._ 2.fastq.
Nifer y samplau:Nid oes unrhyw gyfyngiadau ar y rhifo samplau, ond bydd yr amser dadansoddi yn cynyddu fel nifer yMae samplau'n tyfu.
Swm y Data a Argymhellir:6g y sampl

Prif ddadansoddiad

Prif Ddadansoddiad ac Offer Biowybodegol MRNA-SEQ (Cyfeirnod)Mae'r biblinell fel a ganlyn:

1. Rheoli Ansawdd Rawdata:

• Tynnu dilyniannau o ansawdd isel, dilyniannau addasydd,ac ati;

• Offer: piblinell ddatblygedig mewnol;

2. Alinio data â genom cyfeirio:

• Alinio darlleniadau ag algorithm sy'n ymwybodol o sbleis yn erbyn yGenom cyfeirio.

• Offer:Hisat2, samtools

3. Dadansoddiad Ansawdd Llyfrgell:

• Mewnosod dadansoddiad hyd, dadansoddiad dirlawnder dilyniant, ac ati;

• Offer:samtools;

4. Dadansoddiad Strwythur Dilyniant:

• Dadansoddiad splicing amgen, optimeiddio strwythur genynnau,Rhagfynegiad genynnau newydd, ac ati;

• Offer:Stringtie, GFFCompare, Gatk.Diemwnt, Rhyngbroscan, aHmmer.

5. Dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol:

• Sgrinio DEG, dadansoddiad cydberthynas, swyddogaetholcyfoethogi;

•Canlyniadau delweddu amrywiol;

•RgydaSegseq, Deseq2, ggplot2, Dexseq

Gyfeirnod

1. Kim, Daehwan et al. “Aliniad genom ar sail graff aGenoteipio gyda Hisat2 a Hisat-Genoteip. ”NaturBiotechnoleg37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. “Y Pecyn Cymorth Dadansoddi Genom: aFframwaith MapReduce ar gyfer dadansoddi DNA cenhedlaeth nesafdilyniant data. ”Ymchwil Genom20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. “Fformat aliniad/map y dilyniant aSamtools. ”Biowybodeg25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela et al. “Mae Stringtie yn galluogi gwellAiladeiladu trawsgrifiad o RNA-seq yn darllen. ”NaturBiotechnoleg33 (2015): 290-295.

5. Cariad, Michael I. et al. “Amcangyfrif cymedrol o newid plygu aGwasgariad ar gyfer data RNA-seq gyda deseq2. ”GenomBioleg15 (2014): n. pag.

6. Eddy, Sean R .. “Mae proffil carlam yn chwilio.”Plos Bioleg Gyfrifiadurol7 (2011): n. pag.

mRNA-seq (ngs) gyda genom cyfeirio

mRNA-seq (ngs) gyda genom cyfeirio

Cael Dyfyniad

Anfonwch eich neges atom: