Esblygiad
PNAs
Tarddiad esblygiadol a hanes dofi pysgod aur (Carassius auratus)
Pacbio | Illumina | Map Genom Bionano | Cynulliad Genom Hi-C | Map Genetig | GWAS | RNA-seq
Uchafbwyntiau
Diweddarwyd genom 1.goldfish gyda fersiwn ymgynnull o ansawdd uchel, gan angori 95.75% o contigs yn 50 ffug-ffug (sgaffald N50 = 31.84 MB). Datgysylltwyd dau subgenom.
Nodwyd rhanbarthau 2.Genomig o ysgubiadau dethol yn ystod dofi o ddata ail -ddangos 201 o unigolion, gan ddadorchuddio dros 390 o enynnau ymgeisydd sy'n debygol o fod yn gysylltiedig â nodweddion dofi.
Datgelodd 3.GWAS ar esgyll dorsal mewn pysgod aur dofoledig 378 o enynnau ymgeisydd a allai fod yn gysylltiedig. Nodwyd gohebydd tyrosine-protein kinase fel genyn achosol ymgeisydd sy'n gysylltiedig â thryloywder
Nghefndir
Pysgod aur (Carassius auratus) yw un o'r pysgod a ffermir pwysicaf, a gafodd eu dofi o garp Crucian yn China hynafol. Fe'u nodwyd gan Charles Darwin fel “pasio dros amrywiaeth o liw bron yn anfeidrol, rydym yn cwrdd â'r addasiadau mwyaf rhyfeddol o strwythur”. Mae nodweddion hynod amrywiol a hanes hir o ddofi a bridio yn gwneud pysgod aur yn system fodel genetig ragorol ar gyfer ffisioleg ac esblygiad pysgod.
Cyflawniadau
Genom pysgod aur
JMae dadansoddiad eli o ddata dilyniannu pen pâr Pacbio ac Illumina yn cynhyrchu cynulliad drafft cychwynnol 1.657 g (contig N50 = 474 kb). Cynhyrchwyd a chywirwyd map optegol Bionano y cynulliad yn 1.73 GB o faint (amcangyfrif o faint genom: 1.8 GB). Fe wnaeth cynulliad wedi'i seilio ar HI-C wella sgaffald N50 ymhellach o 606 kb i 31.84 MB a chyflawnodd 95.75% (1.65 GB) a chyfradd angori sy'n canolbwyntio ac yn archebu. Mae'r genom yn cynnwys 56,251 o enynnau codio a 10,098 o drawsgrifiad heb godio o hyd. At hynny, rhagwelwyd 38 o ranbarthau centromerig posib allan o 50 cromosom.
Ffig.1 genom pysgod aur
TNodwyd setiau clir o subgenomau yn y 50 cromosom pysgod aur a ddeilliodd o ddigwyddiad hybridization hynafol. Diffiniwyd y set o gromosomau â chyfran uwch o ddarlleniadau wedi'u halinio rhwng pysgod aur a Barbinae fel subgenome A (CHRA01 ~ A25), hy subgenome sy'n gyffredin i Barbinae, a'r gweddillion fel subgenome B (CHRB01 ~ B25).
Dofi ac ysgubiadau dethol
ARoedd cyfanswm o 16 o garpiau crucian math gwyllt a 185 o amrywiadau pysgod aur cynrychioliadol yn ymchwilio i ddyfnder dilyniant cyfartalog o oddeutu 12.5x, gan gynhyrchu 4.3 terabases o ddata. Cadarnhaodd ailadeiladu ffylogenetig a dadansoddiad PCA berthynas agosach rhwng pysgod aur cyffredin a charp crucian na physgod aur arall, a oedd yn olaf yn rhannu'n ddwy linell.
LD Roedd dadansoddiad pydredd ar uwchlaw pedwar is -boblogaeth yn cefnogi bodolaeth tagfa enetig poblogaeth yn ystod y dofi a dewis artiffisial cryf mewn pysgod aur. Roedd cynyddu amrywiaeth genetig (π) o garp crucian i bysgod aur cyffredin ymhellach i bysgod aur wen a physgod aur wy yn dangos crynhoad sylweddol o amrywiadau genetig yn ystod eu dofi. Nodwyd 50 o ranbarthau genomig ysgubol dethol sy'n cwmpasu 25.2 MB a 946 o enynnau o ddata cynrychioliadol (33 pysgodyn aur ac 16 crap crucian). Gan ehangu dadansoddiad i 201 o unigolion, nododd 393 o enynnau ranbarthau o ysgubiad dethol wedi'u cwblhau. Cafwyd hyd i'r genynnau hyn o amrywiaeth isel, sy'n debygol o gyfrannu at y ffenoteipiau sy'n gysylltiedig â nodweddion dofi mawr mewn pysgod aur.
Ffig.3 Dadansoddiad sy'n gysylltiedig â domestig ar draws genom
Gwas ar bysgod aur dof
DMae Orsal Fin yn nodwedd allweddol sy'n gwahaniaethu pysgod aur wen oddi wrth bysgod aur wy. Datgelodd GWAS o esgyll dorsal ar 96 pysgod aur wen ac 87 pysgodyn aur wy 378 o enynnau ymgeisydd wedi'u gwasgaru ar draws 13 cromosom a gwelwyd dosbarthiad anwastad o'r genynnau hyn rhwng subgenomau. Amlygodd dadansoddiad swyddogaethol ar y genynnau ymgeisydd hyn brosesau biolegol gan gynnwys “signalau derbynnydd wyneb celloedd”, “cludo traws -bilen”, “datblygiad system ysgerbydol”, ac ati.
Ffig.4 Gwas o esgyll dorsal ar bysgod aur dof
IN GWAS o nodweddion tryloyw sy'n gysylltiedig â graddfa, canfuwyd un uchafbwynt cysylltiad cryf. Nodwyd genyn sy'n amgodio derbynnydd tyrosine-protein kinase yn un o ranbarthau ymgeisydd.
Ffig.5 Gwas o nodweddion tryloyw sy'n gysylltiedig â graddfa
Gyfeirnod
CHen D et al. Tarddiad esblygiadol a hanes dofi pysgod aur (Carassius auratus). PNAS (2020)
Newyddion Nod rhannu'r achosion llwyddiannus diweddaraf gyda thechnolegau biomarcwyr, gan ddal cyflawniadau gwyddonol newydd yn ogystal â thechnegau amlwg a gymhwyswyd yn ystod yr astudiaeth.
Amser Post: Ion-04-2022