Esblygiad genom, pangenome
Beth yw Pan-Genome?
Mae tystiolaeth gronedig yn dangos y gall amrywiant rhwng gwahanol fathau o rywogaeth fod yn enfawr. Mae un genom sengl ymhell o fod yn ddigon i ennill y darlun cyfan o wybodaeth enetig un rhywogaeth. Pwrpas astudiaeth pan-genom yw cael graff genomig mwy cynhwysfawr o rywogaeth a dadgodio'r perthnasoedd rhwng nodweddion a chodau genetig trwy gynnal cynulliad genom de novo o nifer o straenau, sy'n caniatáu mwyngloddio dyfnach ac ehangach o'r amrywiadau.
Tueddiadau Astudiaeth Pan-Genome
Ffigur 1 Tueddiadau papurau ymchwil cyhoeddedig pan-genom.
SYLWCH: Mae'r ffigur yn dangos canlyniad cymryd “Pan-Genome” fel y gair allweddol i chwilio teitlau erthyglau a gyhoeddwyd mewn cyfnodolion cyfres natur, celloedd a gwyddoniaeth
a. Mae darlleniadau o sawl sampl yn cyd -fynd â chyfeirnod ac mae rhai heb eu llofnodi yn cael eu hymgynnull yn contigs newydd. Trwy ychwanegu'r contigs newydd hyn at y dilyniant cyfeirio gwreiddiol, gellir llunio cyfeirnod pangenome. Mae rhanbarthau y gellir eu gwahaniaethu yn cael eu pennu yn seiliedig ar fapio pob darlleniad yn ôl i'r pangenome.
b. Mae cynulliad de novo o genomau derbyniadau lluosog yn caniatáu i ddulliau alinio genom cyfan nodi rhanbarthau genomig y gellir eu gwahaniaethu.
c. Gellir adeiladu graff pan-genom o aliniadau genom cyfan neu trwy gynulliad graff de novo, sy'n storio'n effeithlon wybodaeth amrywiol am ranbarthau y gellir eu galw fel llwybrau unigryw trwy'r graff.
Sut i adeiladu padell-genom?
Ffigur 2 Cymhariaeth o ddulliau pan-genom1
a. Mae darlleniadau o sawl sampl yn cyd -fynd â chyfeirnod ac mae rhai heb eu llofnodi yn cael eu hymgynnull yn contigs newydd. Trwy ychwanegu'r contigs newydd hyn at y dilyniant cyfeirio gwreiddiol, gellir llunio cyfeirnod pangenome. Mae rhanbarthau y gellir eu gwahaniaethu yn cael eu pennu yn seiliedig ar fapio pob darlleniad yn ôl i'r pangenome.
b. Mae cynulliad de novo o genomau derbyniadau lluosog yn caniatáu i ddulliau alinio genom cyfan nodi rhanbarthau genomig y gellir eu gwahaniaethu.
c. Gellir adeiladu graff pan-genom o aliniadau genom cyfan neu trwy gynulliad graff de novo, sy'n storio'n effeithlon wybodaeth amrywiol am ranbarthau y gellir eu galw fel llwybrau unigryw trwy'r graff.
Cyhoeddwyd yn ddiweddar pan-genomau
● Treisio Pan-Genomau2
● Pan-genomau tomato 3
● Pan -genome reis4
● Pan-genom blodyn yr haul5
● Pan-genom ffa soia 6
● Pan-genom reis7
● Pan-genom haidd8
● Pan-genom gwenith9
● Sorghum Pan-Genome10
● Ffytoplancton pan-genom11
Gyfeirnod
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Planhigion Planhigion yw'r cyfeirnod newydd. Planhigion Nat. 2020; 6 (8): 914-920. doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Cân JM, Guan Z, Hu J, et al. Mae wyth genom o ansawdd uchel yn datgelu pensaernïaeth pan-genom a gwahaniaethu ecoteip o Brassica napus. Planhigion Nat. 2020; 6 (1): 34-45. doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al. Mae'r pan-genom tomato yn datgelu genynnau newydd ac alel brin sy'n rheoleiddio blas ffrwythau. Nat Genet. 2019; 51 (6): 1044-1051. doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al. Mae dadansoddiad Pan-Genome yn tynnu sylw at faint yr amrywiad genomig mewn reis wedi'i drin a reis gwyllt [mae cywiriad cyhoeddedig yn ymddangos yn NAT Genet. 2018 Awst; 50 (8): 1196]. Nat Genet. 2018; 50 (2): 278-284. doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al. Mae dadansoddiad pan-genom blodyn yr haul yn dangos bod hybridization wedi newid cynnwys genynnau a gwrthsefyll afiechydon. Planhigion Nat. 2019; 5 (1): 54-62. doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al. Pan-genom o ffa soia gwyllt a diwylliedig. Cell. 2020; 182 (1): 162-176.e13. doi: 10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al. Mae dadansoddiad pan-genom o 33 o dderbyniadau reis amrywiol yn enetig yn datgelu amrywiadau genomig cudd [cyhoeddwyd ar-lein cyn print, 2021 Mai 25]. Cell. 2021; S0092-8674 (21) 00581-X. doi: 10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al. Mae'r pan-genom haidd yn datgelu etifeddiaeth gudd bridio treiglad. Natur. 2020; 588 (7837): 284-289. doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al. Mae genomau gwenith lluosog yn datgelu amrywiad byd -eang mewn bridio modern. Natur. 2020; 588 (7837): 277-283. doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al. Amrywiad helaeth o fewn y pan-genom o sorghum diwylliedig a gwyllt [cyhoeddwyd ar-lein cyn print, 2021 Mai 20]. Planhigion Nat. 2021; 10.1038 / S41477-021-00925-X. doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al. Mae pangenome ffytoplancton yn datgelu trosglwyddiad genyn llorweddol procaryotig helaeth o swyddogaethau amrywiol. Sci Adv. 2020; 6 (18): EABA0111. Cyhoeddwyd 2020 Ebrill 29. doi: 10.1126/sciadv.aba0111
Amser Post: Ion-04-2022