Trawsgrifiad hyd llawn nanopore

Mae dilyniannu trawsgrifiad nanopore yn ddull pwerus ar gyfer dilyniannu cDNAs hyd llawn, gan nodi a meintioli isofformau trawsgrifiad yn gywir. Mae piblinell trawsgrifiad hyd llawn BMKCloud nanopore wedi'i gynllunio i ddadansoddi data RNA-seq a gynhyrchir ar blatfform nanopore yn erbyn genom cyfeirio wedi'i anodi o ansawdd uchel, gan ddarparu dadansoddiad ansoddol a meintiol ar y lefel genyn a thrawsgrifiad. Ar ôl rheoli ansawdd, ceir dilyniannau nad ydynt yn chiimerig (FLNC) hyd llawn a cheir dilyniannau consensws i'r genom cyfeirio i gael gwared ar drawsgrifiadau diangen. O'r set drawsgrifiad hon, mae mynegiant yn cael ei feintioli a mynegir genynnau a mynegir yn wahanol ac mae trawsgrifiadau yn cael eu nodi a'u hanodi yn swyddogaethol. Mae'r biblinell hefyd yn cynnwys dadansoddiad polyadenylation amgen (APA), dadansoddiad splicing amgen, dadansoddiad ailadrodd dilyniant syml (SSR), rhagfynegi lncRNA a thargedau cyfatebol, rhagfynegi dilyniannau codio (CDs), dadansoddiad teulu genynnau, dadansoddiad ffactor trawsgrifio, rhagfynegiad o enynnau nofel ac anodi swyddogaethol trawsgrifiadau.