Cynulliad genom wedi'i seilio ar Hi-C
Mae HI-C yn ddull sydd wedi'i gynllunio i ddal cyfluniad cromosom trwy gyfuno rhyngweithiadau archwilio agosrwydd a dilyniant trwybwn uchel. Credir bod cydberthynas negyddol rhwng dwyster y rhyngweithiadau hyn â phellter corfforol ar gromosomau. Felly, defnyddir data HI-C i arwain clystyru, archebu a chyfeirio dilyniannau wedi'u cydosod mewn genom drafft ac angori'r rheini ar nifer penodol o gromosomau. Mae'r dechnoleg hon yn grymuso cynulliad genom ar lefel cromosom yn absenoldeb map genetig sy'n seiliedig ar boblogaeth. Mae angen HI-C ar bob genom.
Nodweddion gwasanaeth
● Dilyniant ar Illumina Novaseq gyda PE150.
● Mae angen samplau meinwe ar y gwasanaeth, yn lle asidau niwclëig wedi'u tynnu, i groesgysylltu â fformaldehyd a gwarchod y rhyngweithiadau DNA-protein.
● Mae'r arbrawf HI-C yn cynnwys cyfyngu ac atgyweirio'r pennau gludiog yn y diwedd gyda biotin, ac yna cylchrediad y pennau di-flewyn-ar-dafod sy'n deillio o hynny wrth gadw'r rhyngweithiadau. Yna caiff y DNA ei dynnu i lawr gyda gleiniau streptavidin a'i buro ar gyfer paratoi llyfrgell wedi hynny.
Manteision gwasanaeth
Trosolwg o Hi-C
(Lieberman-aiden e et al.,Ngwyddoniaeth, 2009)
●Dileu'r angen am ddata poblogaeth genetig:Mae HI-C yn amnewid y wybodaeth hanfodol sy'n ofynnol ar gyfer angori contig.
●Dwysedd marciwr uchel:gan arwain at gymhareb angori contig uchel uwch na 90%.
●Arbenigedd a chyhoeddi helaeth:Mae gan BMKGENE brofiad helaeth gyda mwy na 2000 o achosion o gynulliad genom Hi-C o 1000 o wahanol rywogaethau a phatentau amrywiol. Mae gan dros 200 o achosion cyhoeddedig ffactor effaith gronnol o dros 2000.
●Tîm biowybodeg medrus iawn:Gyda patentau mewnol a hawlfreintiau meddalwedd ar gyfer arbrofion HI-C a dadansoddi data, mae'r meddalwedd data delweddu hunanddatblygedig yn galluogi symud bloc â llaw, gwrthdroi, dirymu ac ail-wneud.
●Cefnogaeth ôl-werthu:Mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu 3 mis. Yn ystod yr amser hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n gysylltiedig â'r canlyniadau.
●Anodi cynhwysfawr: Rydym yn defnyddio cronfeydd data lluosog i anodi'r genynnau yn swyddogaethol ag amrywiadau a nodwyd a pherfformio'r dadansoddiad cyfoethogi cyfatebol, gan ddarparu mewnwelediadau ar brosiectau ymchwil lluosog.
Manylebau Gwasanaeth
| Paratoi Llyfrgell | Strategaeth Dilyniannu | Allbwn data a argymhellir | Rheoli Ansawdd |
| Llyfrgell Hi-C | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Gofynion Sampl
| Meinweoedd | Swm gofynnol |
| Viscera Anifeiliaid | ≥ 2 g |
| Cyhyrau | |
| Gwaed mamalaidd | ≥ 2 ml |
| Gwaed Dofednod/Pysgod | |
| Planhigyn- deilen ffres | ≥ 3 g |
| Celloedd diwylliedig | ≥ 1x107 |
| Pryfyn | ≥ 2 g |
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dylunio Arbrofi
Dosbarthu Sampl
Adeiladu Llyfrgell
Dilyniant
Dadansoddiad Data
Gwasanaethau ar ôl gwerthu
1) Data RAW QC
2) Llyfrgell Hi-C QC: Amcangyfrif o ryngweithio HI-C dilys
3) Cynulliad HI-C: Clystyru contigs mewn grwpiau, ac yna archebu contig ym mhob grŵp a neilltuo cyfeiriadedd contig
4) Gwerthusiad HI-C
Llyfrgell Hi-C QC-Amcangyfrif o barau rhyngweithio dilys HI-C
Cynulliad Hi-C-Ystadegau
Gwerthuso ôl-ymgynnull-map gwres dwyster signal rhwng biniau
Archwiliwch y datblygiadau a hwylusir gan Wasanaethau Cynulliad HI-C BMKGENE trwy gasgliad wedi'i guradu o gyhoeddiadau.
Tian, T. et al. (2023) 'Cynulliad genom a dyraniad genetig o germplasm indrawn sy'n gwrthsefyll sychder amlwg', geneteg natur 2023 55: 3, 55 (3), tt. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl et al. (2020) 'Cynulliad ar raddfa cromosom o'r genom cerana apis mêl Asiaidd', ffiniau mewn geneteg, 11, t. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Zhang, F. et al. (2023) 'Datgelu esblygiad biosynthesis alcaloid tropane trwy ddadansoddi dau genom yn nheulu'r Solanaceae', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), tt. 1–18. doi: 10.1038/a41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Mae genomau'r goeden Banyan a gwenynwr peillio yn rhoi mewnwelediadau i coevolution Fig-WASP', cell, 183 (4), tt. 875-889.e17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
