Cynulliad Genom Ffwngaidd De Novo
Mae BMKGENE yn cynnig atebion amlbwrpas ar gyfer genomau ffwngaidd, yn arlwyo i anghenion ymchwil amrywiol a chyflawnrwydd genom a ddymunir. Mae defnyddio dilyniant Illumina darllen byr yn unig yn caniatáu cynhyrchu genom drafft. Mae darlleniadau byr a dilyniant hir-ddarllen gan ddefnyddio nanopore neu Pacbio yn cael eu cyfuno ar gyfer genom ffwngaidd mwy mireinio gyda contigs hirach. At hynny, mae integreiddio dilyniant HI-C yn gwella'r galluoedd ymhellach, gan alluogi cyrhaeddiad genom cyflawn ar lefel cromosom.
Nodweddion gwasanaeth
Gyda thri opsiwn posibl i ddewis ohonynt yn dibynnu ar y radd a ddymunir o gyflawnrwydd genom:
● Opsiwn genom drafft: Dilyniant darllen byr gyda Illumina Novaseq PE150.
● Opsiwn genom mân ffwngaidd:
Arolwg Genom: Illumina Novaseq PE150.
Cynulliad Genom: Pacbio Revio (Hifi yn darllen) neu Nanopore Promethion 48.
● Genom ffwngaidd ar lefel cromosom:
Arolwg Genom: Illumina Novaseq PE150.
Cynulliad Genom: Pacbio Revio (Hifi yn darllen) neu Nanopore Promethion 48.
Contig Angori gyda Chynulliad Hi-C.
Manteision gwasanaeth
●Strategaethau dilyniannu lluosog ar gael: Ar gyfer gwahanol nodau ymchwil a gofynion cyflawnrwydd genom
●Llif gwaith biowybodeg cyflawn:Mae hyn yn cynnwys cynulliad genom a rhagfynegiad o elfennau genomig lluosog, anodi genynnau swyddogaethol, ac angori contig.
●Arbenigedd helaeth: Gyda dros 12,000 o genomau microbaidd wedi ymgynnull, rydyn ni'n dod â degawd o brofiad drosodd, tîm dadansoddi medrus iawn, cynnwys cynhwysfawr, a chefnogaeth ragorol ar ôl gwerthu.
●Cefnogaeth ôl-werthu:Mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu 3 mis. Yn ystod yr amser hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n gysylltiedig â'r canlyniadau.
Manylebau Gwasanaeth
| Ngwasanaeth | Strategaeth Dilyniannu | Rheoli Ansawdd |
| Genom drafft | Illumina PE150 100x | C30≥85% |
| Genom iawn | Arolwg Genom: Illumina PE150 50 x Cynulliad: pacbio hifi 30x neu nanopore 100x | contig n50 ≥1mb （pacbio ungellog） contig n50 ≥2mb （ont ungellog） contig n50 ≥500kb （eraill） |
| Genom lefel cromosom | Arolwg Genom: Illumina PE150 50 x Cynulliad: pacbio hifi 30x neu nanopore 100x Cynulliad Hi-C 100x | Cymhareb Angori Contig> 90%
|
Gofynion Gwasanaeth
| Crynodiad | Cyfanswm (µg) | Gyfaint | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Ffwng ungellog: ≥3.5x1010 gelloedd
Macro ffwng: ≥10 g
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dosbarthu Sampl
Adeiladu Llyfrgell
Dilyniant
Dadansoddiad Data
Gwasanaethau ar ôl gwerthu
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
Arolwg Genom:
- Dilyniannu Rheoli Ansawdd Data
- Amcangyfrif Genom: maint, heterozygosity, elfennau ailadroddus
Cynulliad genom cain:
- Dilyniannu Rheoli Ansawdd Data
- De novoCynulliad
- Dadansoddiad Cydran Genom: Rhagfynegiad o CDs ac elfennau genomig lluosog
- Anodi swyddogaethol gyda chronfeydd data cyffredinol lluosog (GO, KEGG, ac ati) a chronfeydd data uwch (cerdyn, VFDB, ac ati)
Cynulliad Hi-C:
- Asesiad Llyfrgell Hi-C.
- Contigs angori clystyru, archebu a chyfeirio
- Gwerthuso Cynulliad HI-C: Yn seiliedig ar genom cyfeirio a map gwres
Arolwg Genom: Dosbarthiad K-Mer
Cynulliad Genom: Anodi Homologaidd Gene (Cronfa Ddata NR)
Cynulliad Genom: Anodi Gene Swyddogaethol (GO)
Archwiliwch y datblygiadau a hwylusir gan Wasanaethau Cynulliad Genom Ffwngaidd BMKGENE trwy gasgliad wedi'i guradu o gyhoeddiadau.
Hao, J. et al. (2023) 'proffilio omic integredig y madarch meddyginiaethol inonotus obliquus o dan amodau tanddwr',Genomeg BMC, 24 (1), tt. 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/ffigurau/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Mae dilyniant genom yn datgelu esblygiad a mecanweithiau pathogenig y pathogen pathogen miniog gwenith Rhizoctonia grealis',Y cyfnodolyn cnwd, 11 (2), tt. 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Adnoddau Genom ar gyfer pedair rhywogaeth Clarireedia sy'n achosi man doler ar dywarchen amrywiol',Clefyd planhigion, 107 (3), tt. 929–934. doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-a
Zhang, SS et al. (2023) 'Tystiolaeth enetig a moleciwlaidd o system paru tetrapolar yn y madarch bwytadwy grifola frondosa',Cyfnodolyn Ffyngau, 9 (10), t. 959. Doi: 10.3390/jof9100959/s1.
