Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Mewngofnodi

Cynhyrchion

Dilyniannu mRNA Hyd Llawn-Nanopor

MRNA Hyd Llawn Dilyniant - Delwedd Sylw Nanopore

Er bod dilyniannu mRNA yn seiliedig ar NGS yn arf amlbwrpas ar gyfer mesur mynegiant genynnau, mae ei ddibyniaeth ar ddarlleniadau byr yn cyfyngu ar ei effeithiolrwydd mewn dadansoddiadau trawsgrifomig cymhleth. Ar y llaw arall, mae dilyniannu nanopor yn defnyddio technoleg darllen hir, gan alluogi dilyniannu trawsgrifiadau mRNA hyd llawn. Mae'r dull hwn yn hwyluso archwiliad cynhwysfawr o splicing amgen, ymasiadau genynnau, poly-adenylation, a meintioli isoformau mRNA.

Mae dilyniannu Nanopore, dull sy'n dibynnu ar signalau trydanol amser real un-moleciwl nanopor, yn darparu canlyniadau mewn amser real. Wedi'i arwain gan broteinau modur, mae DNA llinyn dwbl yn rhwymo i broteinau nanopor sydd wedi'u hymgorffori mewn bioffilm, gan ddad-ddirwyn wrth iddo fynd trwy'r sianel nanopore o dan wahaniaeth foltedd. Mae'r signalau trydanol nodedig a gynhyrchir gan wahanol seiliau ar y llinyn DNA yn cael eu canfod a'u dosbarthu mewn amser real, gan hwyluso dilyniannu niwcleotid cywir a pharhaus. Mae'r dull arloesol hwn yn goresgyn cyfyngiadau darllen byr ac yn darparu llwyfan deinamig ar gyfer dadansoddi genomig cymhleth, gan gynnwys astudiaethau trawsgrifomig cymhleth, gyda chanlyniadau ar unwaith.

Llwyfan: Nanopore PromethION 48

Cysylltwch â Ni

Manylion Gwasanaeth

Biowybodeg

Canlyniadau Demo

Cyhoeddiadau dan Sylw

Nodweddion

● Dal mRNA poly-A ac yna synthesis cDNA a pharatoi llyfrgell

● Dilyniannu'r trawsgrifiadau hyd llawn

● Dadansoddiad biowybodus yn seiliedig ar aliniad i genom cyfeirio

● Mae dadansoddiad biowybodus yn cynnwys nid yn unig mynegiant ar lefel genynnau ac isoform ond hefyd dadansoddiad o lncRNA, ymasiadau genynnau, aml-adynyliad a strwythur genynnau

Manteision Gwasanaeth

●Meintioli mynegiant ar y lefel isoform: galluogi dadansoddiad mynegiant manwl a chywir, dadorchuddio newid y gellir ei guddio wrth ddadansoddi mynegiant y genyn cyfan

●Llai o Galw am Ddata:O'i gymharu â Dilyniannu Cenhedlaeth Nesaf (NGS), mae dilyniannu Nanopore yn dangos gofynion data is, gan ganiatáu ar gyfer lefelau cyfatebol o dirlawnder meintioli mynegiant genynnau â data llai.

●Cywirdeb uwch o feintioli mynegiant: ar lefel genyn ac isoform

●Nodi gwybodaeth drawsgrifiadol ychwanegol: polyadenylation amgen, genynnau ymasiad a lcnRNA a'u genynnau targed

●Arbenigedd helaeth: Mae ein tîm yn dod â chyfoeth o brofiad i bob prosiect, ar ôl cwblhau dros 850 o brosiectau trawsgrifio hyd llawn Nanopore a phrosesu dros 8,000 o samplau.

●Cefnogaeth Ôl-werthu: mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu o 3 mis. Yn ystod y cyfnod hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n ymwneud â'r canlyniadau.

Gofynion Sampl a Chyflenwi

Llyfrgell	Strategaeth ddilyniannu	Argymhellir data	Rheoli Ansawdd
Poly A cyfoethogi	Illumina PE150	6/12 Gb	Sgôr ansawdd cyfartalog: C10

Gofynion Sampl:

Niwcleotidau:

Conc.(ng/μl)

Swm (μg)

Purdeb

Uniondeb

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Cyfyngedig neu ddim halogiad protein neu DNA a ddangosir ar gel.

Ar gyfer planhigion: RIN≥7.0;

Ar gyfer anifeiliaid: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

drychiad gwaelodlin cyfyngedig neu ddim drychiad gwaelodlin

● Planhigion:

Gwraidd, Coesyn neu Petal: 450 mg

Deilen neu Had: 300 mg

Ffrwythau: 1.2 g

● Anifail:

Calon neu Berfedd: 300 mg

Viscera neu Ymennydd: 240 mg

Cyhyr: 450 mg

Esgyrn, Gwallt neu Groen: 1g

● Arthropodau:

pryfed: 6g

Cramenogion: 300 mg

● Gwaed cyfan: 1 tiwb

● Celloedd:10⁶celloedd

Cyflwyno Sampl a Argymhellir

Cynhwysydd: tiwb centrifuge 2 ml (Ni argymhellir ffoil tun)

Labelu enghreifftiol: Grŵp+ at ei gilydd ee A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Cludo:

1. Iâ sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau a'u claddu mewn rhew sych.

2. Tiwbiau RNAstable: Gellir sychu samplau RNA mewn tiwb sefydlogi RNA (ee RNAstable®) a'u cludo yn nhymheredd yr ystafell.

Llif Gwaith Gwasanaeth

Niwcleotidau:

Cyflwyno sampl

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dadansoddi data

Gwasanaethau ôl-werthu

Llif Gwaith Gwasanaeth

Meinwe:

Dyluniad arbrawf

Cyflwyno sampl

echdynnu RNA

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dadansoddi data

Gwasanaethau ôl-werthu

Pâr o: Dilyniant mRNA hyd llawn -PacBio

Nesaf: Trawsgrifiad Gofodol Visium Genomeg 10x

● Prosesu data amrwd

● Adnabod trawsgrifiad

● Splicing amgen

● Meintioli mynegiant yn lefel genynnau a lefel isoform

● Dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol

● Anodi a chyfoethogi ffwythiannau (DEGs a DETs)

Dadansoddiad splicing amgen Dadansoddiad Polyadyleiddiad Amgen (APA)

rhagfynegiad lncRNA

Anodi genynnau newydd

Clystyru DETs

Rhwydweithiau Protein-Protein mewn DEGs

Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau dilyniannu mRNA hyd llawn BMKGene Nanopore trwy gasgliad o gyhoeddiadau wedi'u curadu.

Gong, B. et al. (2023) 'Gweithrediad epigenetig a thrawsgrifiadol o'r secretory kinase FAM20C fel oncogene mewn glioma', Journal of Genetics and Genomeg, 50(6), tt. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.

Ef, Z. et al. (2023) 'Mae dilyniant trawsgrifiad hyd llawn o lymffocytau yn ymateb i IFN-γ yn datgelu ymateb imiwnedd sgiw Th1 mewn lleden (Paralichthys olivaceus)', Imiwnoleg Pysgod a Physgod Cregyn, 134, t. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.

Ma, Y. et al. (2023) 'Dadansoddiad cymharol o ddulliau dilyniannu RNA PacBio ac ONT ar gyfer adnabod gwenwyn Nemopilema Nomurai', Genomeg, 115(6), t. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Yu, D. et al. (2023) 'Mae dadansoddiad nano-seq yn datgelu gwahanol dueddiadau swyddogaethol rhwng ecsosomau a microfesiglau sy'n deillio o hUMSC', Ymchwil a Therapi Bôn-gelloedd, 14(1), tt. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLAU/6.