Geneteg esblygiadol
Manteision gwasanaeth
Takagi et al.,Y Cyfnodolyn Planhigion, 2013
●Dadansoddiad biowybodegol cynhwysfawr:galluogi amcangyfrif amrywiaeth genetig, sy'n adlewyrchu potensial esblygiadol rhywogaethau, a datgelu perthynas ffylogenetig ddibynadwy rhwng rhywogaethau â dylanwad lleiafswm esblygiad cydgyfeiriol ac esblygiad cyfochrog
●Dadansoddiad dewisol wedi'i addasu: megis amcangyfrif amser a chyflymder dargyfeirio yn seiliedig ar amrywiadau ar lefel niwcleotid ac asidau amino.
●Arbenigedd helaeth a chofnodion cyhoeddi: Mae BMKGENE wedi cronni profiad enfawr mewn prosiectau poblogaeth a geneteg esblygiadol ers dros 15 mlynedd, gan gwmpasu miloedd o rywogaethau, ac ati a chyfrannu at dros 1000 o brosiectau lefel uchel a gyhoeddwyd yn Nature Communications, Molecular Plants, planhigion biotechnoleg planhigion Cyfnodolyn, ac ati.
● Tîm biowybodeg medrus iawn a chylch dadansoddi byr: Gyda phrofiad gwych mewn dadansoddiad genomeg uwch, mae tîm BMKGENE yn cyflwyno dadansoddiadau cynhwysfawr gydag amser troi cyflym.
● Cefnogaeth ôl-werthu:Mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu 3 mis. Yn ystod yr amser hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n gysylltiedig â'r canlyniadau.
Manylebau a Gofynion Gwasanaeth
| Math o ddilyniant | Graddfa'r Boblogaeth a Argymhellir | Strategaeth Dilyniannu | Gofynion niwcleotid |
| Dilyniant genom cyfan | ≥ 30 unigolyn, gyda ≥ 10 unigolyn o bob is -grŵp
| 10x | Crynodiad: ≥ 1 ng/ µl Cyfanswm swm≥ 30ng Cyfyngedig neu ddim diraddio neu halogi |
| Darn wedi'i chwyddo'n benodol (SLAF) | Dyfnder tag: 10x Nifer y tagiau: <400 MB: Argymhellir WGS <1gb: tagiau 100k 1GB > 2GB: tagiau 300K Tagiau 500k ar y mwyaf | Crynodiad ≥ 5 ng/µl Cyfanswm ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5 Gel Agarose: Dim neu Ddiraddio neu Halogiad Cyfyngedig
|
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dylunio Arbrofi
Dosbarthu Sampl
Adeiladu Llyfrgell
Dilyniant
Dadansoddiad Data
Gwasanaethau ar ôl gwerthu
Mae'r gwasanaeth yn cynnwys dadansoddiad o strwythur y boblogaeth (coeden ffylogenetig, PCA, siart haenu poblogaeth), amrywiaeth poblogaeth, a dewis poblogaeth (disequilibriwm cyswllt, dewis ysgubol dethol safleoedd manteisiol). Gall y gwasanaeth hefyd gynnwys dadansoddiad wedi'i addasu (ee amser dargyfeirio, llif genynnau).
*Mae'r canlyniadau demo a ddangosir yma i gyd o genomau wedi'u cyhoeddi gyda bmkgene
Mae dadansoddiad 1.Evolution yn cynnwys adeiladu coed ffylogenetig, strwythur y boblogaeth a PCA yn seiliedig ar amrywiadau genetig.
Mae coeden ffylogenetig yn cynrychioli perthnasoedd tacsonomig ac esblygiadol ymhlith rhywogaethau ag hynafiad cyffredin.
Nod PCA yw delweddu agosrwydd rhwng is-boblogaethau.
Mae strwythur y boblogaeth yn dangos presenoldeb is-boblogaeth genetig wahanol o ran amleddau alel.
Chen, et. al.,PNAs, 2020
Sweep 2. Dethol
Mae ysgubiad dethol yn cyfeirio at broses lle mae safle manteisiol yn cael ei ddewis ac mae amleddau safleoedd niwtral cysylltiedig yn cynyddu ac mae rhai safleoedd digyswllt yn cael eu lleihau, gan arwain at leihau rhanbarthol.
Mae canfod genom-eang ar ranbarthau ysgubol dethol yn cael ei brosesu trwy gyfrifo mynegai genetig poblogaeth （π ， fST, dajima's d) o'r holl SNPau o fewn ffenestr lithro (100 kb) ar gam penodol (10 kb).
Amrywiaeth niwcleotid (π）
Tajima's d
Mynegai Atgyweirio (FST)
Wu, et. al.,Planhigyn moleciwlaidd, 2018
Llif 3.Gene
Wu, et. al.,Planhigyn moleciwlaidd, 2018
Hanes 4.Demograffig
Zhang, et. al.,Ecoleg Natur ac Esblygiad, 2021
Amser 5.DIVERGENCE
Zhang, et. al.,Ecoleg Natur ac Esblygiad, 2021
Archwiliwch y datblygiadau a hwylusir gan wasanaethau geneteg esblygiadol BMKGENE trwy gasgliad wedi'i guradu o gyhoeddiadau:
Hassanyar, Ak et al. (2023) 'Darganfod marcwyr moleciwlaidd SNP a genynnau ymgeisydd sy'n gysylltiedig ag ymwrthedd firws sacbrood yn larfa apis cerana cerana trwy ail-gysylltu genom cyfan',Cyfnodolyn Rhyngwladol y Gwyddorau Moleciwlaidd, 24 (7). doi: 10.3390/ijms24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Mae darganfod salamander anferth Tsieineaidd gwyllt, genetig pur yn creu cyfleoedd cadwraeth newydd',Ymchwil sŵolegol, 2022, cyf. 43, Rhifyn 3, tudalennau: 469-480, 43 (3), tt. 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Patrwm ffylogeograffig ac esblygiad poblogaeth Hanes Elymus Sibiricus L. Cynhenid ar Lwyfandir Qinghai-Tibetan',Ffiniau mewn Gwyddor Planhigion, 13, t. 882601. Doi: 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.
Wang, J. et al. (2022) 'Mewnwelediadau genomig i esblygiad Longan o gynulliad genom ar lefel cromosom a genomeg poblogaeth derbyniadau longan',Ymchwil Garddwriaeth, 9. doi: 10.1093/hr/uhac021.
