Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud mewngofnodi

Chynhyrchion

Dilyniant mRNA hyd llawn -pacbio

Er bod dilyniannu mRNA sy'n seiliedig ar NGS yn offeryn amlbwrpas ar gyfer meintioli mynegiant genynnau, mae ei ddibyniaeth ar ddarlleniadau byr yn cyfyngu ar ei ddefnydd mewn dadansoddiadau trawsgrifiadomig cymhleth. Ar y llaw arall, mae Dilyniannu PACBIO (ISO-SEQ) yn cyflogi technoleg hir-ddarllen, gan alluogi dilyniant trawsgrifiadau mRNA hyd llawn. Mae'r dull hwn yn hwyluso archwiliad cynhwysfawr o splicing amgen, ymasiadau genynnau, a pholy-adenylation. Fodd bynnag, mae dewisiadau eraill ar gyfer meintioli mynegiant genynnau oherwydd y swm uchel o ddata sy'n ofynnol. Mae technoleg dilyniannu PACBIO yn dibynnu ar ddilyniant un-moleciwl, amser real (SMRT), gan ddarparu mantais amlwg wrth ddal trawsgrifiadau mRNA hyd llawn. Mae'r dull arloesol hwn yn cynnwys defnyddio tonnau tonnau sero-fodd (ZMWs) a ffynhonnau microfabricated sy'n galluogi arsylwi gweithgaredd polymeras DNA amser real wrth ddilyniannu. O fewn y ZMWs hyn, mae polymeras DNA PACBIO yn syntheseiddio llinyn cyflenwol o DNA, gan gynhyrchu darlleniadau hir sy'n rhychwantu'r trawsgrifiadau mRNA cyfan. Mae gweithrediad PACBIO yn y modd dilyniannu consensws cylchol (CCS) yn gwella cywirdeb trwy ddilyniant yr un moleciwl dro ar ôl tro. Mae gan y darlleniadau HiFi a gynhyrchir gywirdeb sy'n debyg i NGS, gan gyfrannu ymhellach at ddadansoddiad cynhwysfawr a dibynadwy o nodweddion trawsgrifiadomig cymhleth.

Llwyfan: Dilyniant Pacbio II; Pacbio Revio

Cysylltwch â ni

Manylion y Gwasanaeth

Biowybodeg

Canlyniadau Demo

Cyhoeddiadau dan sylw

Nodweddion

● Synthesis cDNA o mRNA poly-A ac yna paratoi llyfrgell

● Dilyniannu yn y modd CCS, gan gynhyrchu darlleniadau hifi

● Dilyniannu'r trawsgrifiadau hyd llawn

● Nid yw'r dadansoddiad yn gofyn am genom cyfeirio; Fodd bynnag, gellir ei gyflogi

● Mae dadansoddiad biowybodegol yn galluogi dadansoddi trawsgrifiadau isofform lncRNA, ymasiadau genynnau, poly-adenylation, a strwythur genynnau

Manteision gwasanaeth

●Cywirdeb uchel: Hifi yn darllen gyda chywirdeb> 99.9% (Q30), yn debyg i NGS

● Dadansoddiad splicing amgen: Mae dilyniannu'r trawsgrifiadau cyfan yn galluogi adnabod a nodweddu isofform

●Arbenigedd helaeth: Gyda hanes o gwblhau dros 1100 o brosiectau trawsgrifiad hyd llawn Pacbio a phrosesu dros 2300 o samplau, mae ein tîm yn dod â chyfoeth o brofiad i bob prosiect.

●Cefnogaeth ôl-werthu: Mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu 3 mis. Yn ystod yr amser hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n gysylltiedig â'r canlyniadau.

Gofynion sampl a danfon

Lyfrgell

Strategaeth Dilyniannu

Data a argymhellir

Rheoli Ansawdd

Llyfrgell CCS MRNA Cyfoethog Polya

Dilyniant Pacbio II

Pacbio Revio

20/40 GB

5/10 M CCS

C30≥85%

Gofynion Sampl:

Niwcleotidau:

● Planhigion:

Gwraidd, coesyn neu betal: 450 mg

Deilen neu had: 300 mg

Ffrwythau: 1.2 g

● Anifeiliaid:

Calon neu goluddyn: 300 mg

Viscera neu ymennydd: 240 mg

Cyhyr: 450 mg

Esgyrn, gwallt neu groen: 1g

● Arthropodau:

Pryfed: 6g

Crustacea: 300 mg

● Gwaed cyfan: 1 tiwb

● Celloedd: 10⁶gelloedd

Conc. (Ng/μl)

Swm (μg)

Burdeb

Uniondebau

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280 = 1.7-2.5

OD260/230 = 0.5-2.5

Dangosir halogiad cyfyngedig neu ddim protein neu DNA ar gel.

Ar gyfer planhigion: rin≥7.5;

Ar gyfer anifeiliaid: rin≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

Drychiad cyfyngedig neu ddim llinell sylfaen

Danfon sampl a argymhellir

Cynhwysydd: Tiwb centrifuge 2 ml (ni argymhellir ffoil tun)

Labelu sampl: grŵp+dyblygu ee a1, a2, a3; B1, B2, B3.

Cludo:

1. Iâ sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau a'u claddu mewn rhew sych.

2. Tiwbiau RNASTABLE: Gellir sychu samplau RNA mewn tiwb sefydlogi RNA (ee RNASTABLE®) a'u cludo yn nhymheredd yr ystafell.

Llif Gwaith Gwasanaeth

Dylunio Arbrofi

Dosbarthu Sampl

Echdynnu RNA

Adeiladu Llyfrgell

Dilyniant

Dadansoddiad Data

Gwasanaethau ar ôl gwerthu

Blaenorol: Dilyniant mRNA ewcaryotig-NGS

Nesaf: Dilyniant mRNA hyd llawn-Nanopore

Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:

● Rheoli ansawdd data crai

● Dadansoddiad polyadenylation amgen (APA)

● Dadansoddiad trawsgrifiad ymasiad

● Dadansoddiad splicing amgen

● Meincnodi Dadansoddiad Orthologau Sengl Cyffredinol (BUSCO)

● Dadansoddiad trawsgrifiad newydd: Rhagfynegiad o ddilyniannau codio (CDs) ac anodi swyddogaethol

● Dadansoddiad lncRNA: Rhagfynegiad o lncRNA a thargedau

● Adnabod Microsatelite (SSR)

Dadansoddiad Busco

Dadansoddiad splicing amgen

Dadansoddiad Polyadenylation Amgen (APA)

Anodi swyddogaethol trawsgrifiadau newydd

Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau dilyniannu mRNA hyd llawn nanopore BMKGENE yn y cyhoeddiad hwn.

Ma, Y. et al. (2023) 'Dadansoddiad cymharol o ddulliau dilyniannu PACBIO ac ONT RNA ar gyfer Adnabod Venom Nemopilema Nomurai', Genomeg, 115 (6), t. 110709. DOI: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) 'Dynameg ddatblygiadol y Populus STEM Transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17 (1), tt. 206–219. doi: 10.1111/pbi.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Newidiadau deinamig yng nghynnwys asid asgorbig wrth ddatblygu ffrwythau ac aeddfedu actinidia latifolia (cnwd ffrwythau llawn ascorbate) a'r mecanweithiau moleciwlaidd cysylltiedig', International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), t. 5808. Doi: 10.3390/ijms23105808/s1.

Hua, X. et al. (2022) 'Rhagfynegiad effeithiol o enynnau llwybr biosynthetig sy'n ymwneud â pholyphyllinau bioactif ym Mharis polyphylla', Bioleg Gyfathrebu 2022 5: 1, 5 (1), tt. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Liu, M. et al. (2023) 'Dadansoddiad cyfun Pacbio ISO-seq a Illumina RNA-seq o genynnau trawsgrifiad a cytochrome p450 Tuta Absoluta (Meyrick)', pryfed, 14 (4), t. 363. Doi: 10.3390/pryfed14040363/s1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'Arolwg o gymhlethdod trawsgrifiad gan ddefnyddio dadansoddiad amser real un-moleciwl PACBIO wedi'i gyfuno â dilyniant Illumina RNA i gael gwell dealltwriaeth o biosynthesis asid ricinoleig yn ricinus communis', genomeg BMC, 20 (1), tt. 1–17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.