Genomeg gymharol
Manteision gwasanaeth
●Arbenigedd helaeth a chofnodion cyhoeddi: Gyda chronedig, mae bmkgene wedi cwblhau dros 90 o brosiectau genomeg cymharol, gyda ffactor effaith gronnus wedi cyrraedd 900.
●Dadansoddiad biowybodeg cynhwysfawr: Mae'r pecyn dadansoddiadau yn cynnwys yr wyth dadansoddiad sy'n ofynnol amlaf, gan ddarparu ffigurau parod i'w cyhoeddi wedi'u cynllunio'n dda a chaniatáu ar gyfer dehongliad hawdd o'r canlyniadau
●Tîm biowybodeg medrus iawn a chylch dadansoddi byr: Gyda phrofiad gwych mewn dadansoddi genomeg gymharol, mae tîm BMKGENE yn cyflawni gofynion dadansoddi personol amrywiol mewn amser troi byr o gwmpas
●Cefnogaeth ôl-werthu:Mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu 3 mis. Yn ystod yr amser hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n gysylltiedig â'r canlyniadau.
Manylebau Gwasanaeth
| Amcangyfrif o amser troi o gwmpas | Nifer y rhywogaethau | Dadansoddiadau |
| 30 diwrnod gwaith | 6 - 12 | Clystyru Teulu Gene Ehangu a chrebachu teulu genynnau Adeiladu coed ffylogenetig Amcangyfrif amser dargyfeirio (mae angen graddnodi ffosil) Amser mewnosod ltr (ar gyfer planhigion) Dyblygu genom cyfan (ar gyfer planhigion) Pwysau dethol Dadansoddiad Synteny |
Dadansoddiadau biowybodeg
● Teulu Gene
● Ffylogenetig
● Amser dargyfeirio
● Pwysau dethol
● Dadansoddiad Synteny
Gofynion sampl a danfon
Gofynion Sampl:
Meinwe neu DNA ar gyfer dilyniannu a chynulliad genom
Am feinwe
| Rhywogaethau | Meinweoedd | Harolygu | Pacbio CCS |
| Hanifeiliaid | Meinwe visceral | 0.5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| Meinwe cyhyrau | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 ml | |||
| Gwaed mamalaidd | |||
| ≥ 0.5 ml | |||
| Gwaed Dofednod/Pysgod | |||
| Plannem | Deilen ffres | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Petal/coesyn | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Gwraidd/Hadau | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| Gelloedd | Cell ddiwylliedig | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Ffeiliau Dilyniant Genom (.Fasta) a Ffeiliau Anodi (.GFF3) o rywogaethau sydd â chysylltiad agos
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dylunio Arbrofi
Dosbarthu Sampl
Adeiladu Llyfrgell
Dilyniant
Dadansoddiad Data
Gwasanaethau ar ôl gwerthu
*Mae'r canlyniadau demo a ddangosir yma i gyd yn dod o genomau a gyhoeddir gyda thechnolegau biomarcwyr
1.LTR Mewnosod Amcangyfrif Amser: Dangosodd y ffigur ddosbarthiad bimodal unigryw yn amseroedd mewnosod LTR-RTS wrth weinio genom rhyg, o'i gymharu â rhywogaethau eraill. Ymddangosodd y brig diweddaraf oddeutu 0.5 miliwn o flynyddoedd yn ôl.
Li Guang et al.,Geneteg natur, 2021
2.Phylogeni a Dadansoddiad Teulu Gene ar Chayote (Sechium Edule): Trwy ddadansoddi Chayote a'r 13 rhywogaeth gysylltiedig arall mewn teulu genynnau, canfuwyd bod cysylltiad agosaf rhwng Chayote â gourd neidr (Trichosanthes anguina). Gwelwyd Chayote sy'n deillio o gourd neidr mewn tua 27-45 mya a dyblygu genom cyfan (WGD) yn Chayote yn 25 ± 4 mya, sef y trydydd digwyddiad WGD yn Cucuibitaceae.
Fu a et al.,Ymchwil Garddwriaeth, 2021
Dadansoddiad 3.DyDteny: Darganfuwyd rhai genynnau sy'n gysylltiedig â ffytohormonau wrth ddatblygu ffrwythau mewn chayote, gourd neidr a sboncen. Mae'r gydberthynas rhwng chayote a sboncen ychydig yn uwch na'r hyn rhwng chayote a gourd neidr.
Fu a et al.,Ymchwil Garddwriaeth, 2021
Dadansoddiad Teulu 4.Gene: Roedd cyfoethogi KEGG ar ehangu a chrebachu teulu genynnau yn genomau G.Thurberi a G.Davidsonii yn dangos bod biosynthesis steroid a genynnau biosynthesis brassinosteroid wedi'u hehangu.
Yang Z et al.,Bioleg BMC, 2021
Dadansoddiad dyblygu genom twll 5.whole: Dangosodd dadansoddiad dosbarthu 4DTV a KS ddigwyddiad dyblygu genom cyfan. Dangosodd copaon intraspecies ddigwyddiadau dyblygu. Dangosodd copaon rhyngserol ddigwyddiadau dyfalu. Roedd y dadansoddiad yn dangos, wrth gymharu â'r tair rhywogaeth arall sydd â chysylltiad agos, aeth O. Europaea trwy ddyblygu genynnau ar raddfa fawr yn fwy diweddar.
Rao G et al.,Ymchwil Garddwriaeth, 2021
Achos BMK
Rhosyn heb bigog: Mewnwelediadau genomig sy'n gysylltiedig ag addasu lleithder
Cyhoeddwyd: Adolygiad Gwyddoniaeth Cenedlaethol, 2021
Strategaeth Dilyniannu:
'Basye'sDraethus'(R.Wichurainan) Genom:
Tua. 93 x Pacbio + tua. 90 x nanopore + 267 x illumina
Canlyniadau allweddol
Adeiladwyd genom r.wichuraiana o ansawdd uchel gan ddefnyddio technegau dilyniannu darllen hir, sy'n cynhyrchu cynulliad o 530.07 Mb (amcangyfrifwyd bod maint y genom oddeutu 525.9 mb yn ôl cytometreg llif a 525.5 gan arolwg genom ； heterozygosity ； o gwmpas 1.03%). Y sgôr amcangyfrifedig Busco oedd 93.9%. Gan gymharu â “hen gochi” (haploob), cadarnhawyd ansawdd a chyflawnrwydd y genom hwn gan gywirdeb un sylfaen sengl a mynegai cynulliad LTR (LAI = 20.03). Mae genom R.Wichuraiana yn cynnwys 32,674 o enynnau codio protein.
Datgelodd dadansoddiad ar y cyd 2.Multi-Omics, yn cynnwys genomeg gymharol, trawsgrifiadomeg, dadansoddiad QTL o'r boblogaeth enetig, y dyfalu hanfodol rhwng R. wichuraiana a rosa chinensis. Hefyd, roedd amrywiad mynegiant genynnau cysylltiedig yn QTL yn debygol o fod yn gysylltiedig â phatrwm pigo coesyn.
Datgelodd anaysis genomeg gymharol rhwng basye; s drains a rosa chinensis gan gynnwys dadansoddiad synteny, clwstwr teulu genynnau, dadansoddi ehangu a chrebachu, nifer fawr o amrywiadau, a oedd yn ymwneud â nodweddion hanfodol mewn rhosod. Roedd yr ehangiad unigryw yn NAC a theulu genynnau FAR1/FRS yn debygol iawn o fod yn gysylltiedig ag ymwrthedd i fan a'r lle du.
Dadansoddiad genomeg gymharol rhwng genomau BT a haploob.
Zhong, M., et al. “Rose Without Prickle: Mewnwelediadau Genomig yn Gysylltiedig ag Addasu Lleithder”Adolygiad Gwyddoniaeth Cenedlaethol, 2021;, nwab092.
