Dadansoddiad ar wahân swmpus
Manteision gwasanaeth
Takagi et al., The Plant Journal, 2013
● Lleoleiddio cywir: cymysgu swmpiau â 30+30 i 200+200 o unigolion i leihau sŵn cefndir; Rhagfynegiad rhanbarth ymgeisydd anenwol sy'n seiliedig ar fwtaniaid.
● Dadansoddiad cynhwysfawr: anodi swyddogaeth genynnau ymgeisydd manwl, gan gynnwys NR, Swissprot, GO, KEGG, COG, KOG, ac ati.
● Amser troi cyflymach: lleoleiddio genynnau cyflym o fewn 45 diwrnod gwaith.
● Profiad helaeth: Mae BMK wedi cyfrannu mewn miloedd o nodweddion lleoleiddio, gan gwmpasu rhywogaethau amrywiol fel cnydau, cynhyrchion dyfrol, coedwig, blodau, ffrwythau, ac ati.
Manylebau Gwasanaeth
Poblogaeth:
Epil ar wahân i rieni â ffenoteipiau gwrthwynebol.
ee epil F2, backcrossing (BC), Llinell Inbred ailgyfunol (RIL)
Pwll cymysgu
Ar gyfer nodweddion ansoddol: 30 i 50 o unigolion (o leiaf 20)/swmp
Ar gyfer Tratis Meintiol: Unigolion uchaf y 5% i 10% sydd â'r naill ffenoteip eithafol yn y boblogaeth gyfan (o leiaf 30+30).
Dyfnder dilyniannu argymelledig
O leiaf 20x/rhiant ac 1x/epil unigol (ee ar gyfer pwll cymysgu epil o 30+30 unigol, bydd dyfnder dilyniant yn 30x y swmp)
Dadansoddiadau biowybodeg
● Ail -ddangos genom cyfan
● Prosesu data
● Galw SNP/Indel
● Sgrinio rhanbarth ymgeisydd
● Anodi swyddogaeth genynnau ymgeisydd
Gofynion sampl a danfon
Gofynion Sampl:
Niwcleotidau:
| Sampl GDNA | Sampl Meinwe |
| Crynodiad: ≥30 ng/μl | Planhigion: 1-2 g |
| Swm: ≥2 μg (volumn ≥15 μl) | Anifeiliaid: 0.5-1 g |
| Purdeb: OD260/280 = 1.6-2.5 | Gwaed cyfan: 1.5 ml |
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dylunio Arbrofi
Dosbarthu Sampl
Echdynnu RNA
Adeiladu Llyfrgell
Dilyniant
Dadansoddiad Data
Gwasanaethau ar ôl gwerthu
Sylfaen dadansoddi 1.Association ar bellter Ewclidaidd (ED) i nodi rhanbarth ymgeisydd. Yn y ffigur canlynol
Echelin-x: rhif cromosom; Mae pob dot yn cynrychioli gwerth ed o SNP. Mae'r llinell ddu yn cyfateb i werth ED wedi'i ffitio. Mae gwerth ED uwch yn dynodi cysylltiad mwy arwyddocaol rhwng y safle a'r ffenoteip. Mae Red Dash Line yn cynrychioli trothwy cysylltiad arwyddocaol.
Dadansoddiad 2.Association yn seiliedig ar ddim mynegai SNP
Echelin-x: rhif cromosom; Mae pob dot yn cynrychioli gwerth mynegai SNP. Mae'r llinell ddu yn sefyll am werth mynegai SNP wedi'i ffitio. Po fwyaf yw'r gwerth, y mwyaf arwyddocaol yw'r gymdeithas.
Achos BMK
Mae'r locws nodwedd meintiol effaith fawr FNL7.1 yn amgodio protein toreithiog o embryogenesis hwyr sy'n gysylltiedig â hyd gwddf ffrwythau mewn ciwcymbr
Cyhoeddwyd: Cyfnodolyn Biotechnoleg Plant, 2020
Strategaeth Dilyniannu:
Rhieni (Jin5-508, YN): Ail-ddangos genom cyfan ar gyfer 34 × ac 20 ×.
Pyllau DNA (50 o gysgodol hir a 50 o wddf byr): Ail-ddangos ar gyfer 61 × a 52 ×
Canlyniadau allweddol
Yn yr astudiaeth hon, cynhyrchwyd y boblogaeth sy'n gwahanu (F2 a F2: 3) trwy groesi llinell ciwcymbr gwddf hir Jin5-508 a gwddf byr. Adeiladwyd dau bwll DNA gan 50 o unigolion gwddf hir eithafol a 50 o unigolion gwddf byr eithafol. Nodwyd QTL effaith fawr ar CHR07 trwy ddadansoddiad BSA a mapio QTL traddodiadol. Cafodd yr rhanbarth ymgeisydd ei gulhau ymhellach gan fapio mân, meintioli mynegiant genynnau ac arbrofion trawsenig, a ddatgelodd genyn allweddol wrth reoli hyd gwddf, CSFNL7.1. Yn ogystal, canfuwyd bod polymorffiaeth yn rhanbarth hyrwyddwr CSFNL7.1 yn gysylltiedig â mynegiant cyfatebol. Awgrymodd dadansoddiad ffylogenetig pellach fod locws FNL7.1 yn debygol iawn o fod yn darddu o India.
 Mapio qtl mewn dadansoddiad BSA i nodi rhanbarth ymgeisydd sy'n gysylltiedig â hyd gwddf ciwcymbr |  Proffiliau LOD o QTL hyd gwddf ciwcymbr a nodwyd ar Chr07 |
Xu, X., et al. “Mae locws nodwedd meintiol fawr-effaith FNL7.1 yn amgodio protein toreithiog embryogenesis hwyr sy'n gysylltiedig â hyd gwddf ffrwythau mewn ciwcymbr.” Cyfnodolyn Biotechnoleg Plant 18.7 (2020).
