BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Cynllun Technegol Trawsgrifiad Gofodol BMKMANU S3000
Nodweddion
- Cydraniad: 3.5 µM
- Diamedr Sbot: 2.5 µM
- Nifer y mannau: tua 4 miliwn
- 3 fformat ardal ddal bosibl: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm neu 15 mm * 20 mm
- Mae pob glain cod bar yn cael ei lwytho â paent preimio sy'n cynnwys 4 adran:
• cynffon poly(dT) ar gyfer preimio mRNA a synthesis cDNA,
• Dynodwr Moleciwlaidd Unigryw (UMI) i gywiro tuedd ymhelaethu
• Cod bar gofodol
• Dilyniant rhwymol o ddeunydd preimio dilyniannu rhannol darllen 1
- H&E a staenio rhannau fflworoleuol
- Posibilrwydd defnyddio technoleg segmentu celloedd: integreiddio staenio H&E, staenio fflwroleuol, a dilyniannu RNA i bennu ffiniau pob cell a neilltuo mynegiant genynnau yn gywir i bob cell. Prosesu i lawr yr afon Dadansoddiad proffilio gofodol yn seiliedig ar bin cell.
- Posibl cyflawni dadansoddiad cydraniad aml-lefel: Dadansoddiad aml-lefel hyblyg yn amrywio o 100um i 3.5 um i ddatrys nodweddion meinwe amrywiol ar y cydraniad gorau posibl.
Manteision BMKMANU S3000
-Dyblu'r smotiau cipio i 4 Miliwn: gyda chydraniad gwell o 3.5 uM, gan arwain at ganfod genynnau ac UMI uwch fesul cell. Mae hyn yn arwain at glystyru celloedd yn well yn seiliedig ar broffiliau trawsgrifio, gyda manylder manylach sy'n cyfateb i strwythur y meinwe.
- Datrysiad is-gellog:Roedd pob ardal ddal yn cynnwys >2 filiwn o Smotiau Cod Bar gofodol gyda diamedr o 2.5 µm a bylchiad o 5 µm rhwng canolfannau sbot, gan alluogi dadansoddiad trawsgrifiad gofodol gyda chydraniad isgellog (5 µm).
-Dadansoddiad cydraniad aml-lefel:Dadansoddiad aml-lefel hyblyg yn amrywio o 100 μm i 5 μm i ddatrys nodweddion meinwe amrywiol ar y cydraniad gorau posibl.
-Posibilrwydd defnyddio technoleg segmentu celloedd “Tri mewn un sleid”:Gan gyfuno staenio fflworoleuedd, staenio H&E, a dilyniannu RNA ar un sleid, mae ein halgorithm dadansoddi "tri-yn-un" yn rhoi'r grym i nodi ffiniau celloedd ar gyfer trawsgrifomeg dilynol yn seiliedig ar gelloedd.
-Yn gydnaws â llwyfannau dilyniannu lluosog: dilyniannu NGS a darllen hir ar gael.
-Dyluniad hyblyg o 1-8 ardal dal gweithredol: mae maint yr ardal ddal yn hyblyg, gan ei bod yn bosibl defnyddio 3 fformat (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm a 15 mm * 20 mm)
-Gwasanaeth un-stop: yn integreiddio'r holl gamau sy'n seiliedig ar brofiad a sgil, gan gynnwys cryo-dorri, staenio, optimeiddio meinwe, codio bar gofodol, paratoi llyfrgell, dilyniannu, a biowybodeg.
-Biowybodeg gynhwysfawr a delweddu canlyniadau hawdd eu defnyddio:Mae'r pecyn yn cynnwys 29 o ddadansoddiadau a 100+ o ffigurau o ansawdd uchel, ynghyd â'r defnydd o feddalwedd a ddatblygwyd yn fewnol i ddelweddu ac addasu hollti celloedd a chlystyru ar hap.
-Dadansoddi a delweddu data wedi'u teilwra: ar gael ar gyfer gwahanol geisiadau ymchwil
-Tîm technegol medrus iawn: gyda phrofiad mewn dros 250 o fathau o feinwe a 100+ o rywogaethau gan gynnwys dynol, llygoden, mamaliaid, pysgod a phlanhigion.
-Diweddariadau amser real ar y prosiect cyfan: gyda rheolaeth lawn o gynnydd arbrofol.
-Dadansoddiad ar y cyd dewisol gyda dilyniant mRNA un gell
Manylebau Gwasanaeth
| Gofynion Sampl | Llyfrgell | Strategaeth Dilyniant | Data a Argymhellir | Rheoli Ansawdd |
| Samplau cryo wedi'u hymgorffori yn yr Hydref (Diamedr gorau posibl: tua. 6 × 6 × 6 mm³) 2 floc y sampl 1 ar gyfer arbrawf, 1 ar gyfer copi wrth gefn | Llyfrgell cDNA S3000 | Illumina PE150 | 160K PE yn darllen fesul 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Am ragor o fanylion am ganllawiau paratoi sampl a llif gwaith gwasanaeth, mae croeso i chi siarad ag aArbenigwr BMKGENE
Llif Gwaith Gwasanaeth
Yn y cyfnod paratoi sampl, cynhelir treial echdynnu RNA swmp cychwynnol i sicrhau y gellir cael RNA o ansawdd uchel. Yn y cam optimeiddio meinwe mae'r adrannau'n cael eu staenio a'u delweddu ac mae'r amodau athreiddo ar gyfer rhyddhau mRNA o feinwe wedi'u hoptimeiddio. Yna cymhwysir y protocol wedi'i optimeiddio yn ystod adeiladu'r llyfrgell, ac yna dilyniannu a dadansoddi data.
Mae'r llif gwaith gwasanaeth cyflawn yn cynnwys diweddariadau amser real a chadarnhad cleientiaid i gynnal dolen adborth ymatebol, gan sicrhau gweithrediad llyfn y prosiect.
Mae'r data a gynhyrchir gan BMKMANU S3000 yn cael ei ddadansoddi gan ddefnyddio'r meddalwedd “BSTMatrix”, sydd wedi'i ddylunio'n annibynnol gan BMKGENE, gan gynhyrchu Matrics Mynegiant Gene lefel cell a chydraniad aml-lefel. O'r fan honno, cynhyrchir adroddiad safonol sy'n cynnwys rheoli ansawdd data, dadansoddi sampl mewnol a dadansoddi rhwng grwpiau.
- Rheoli Ansawdd Data:
- Allbwn data a dosbarthiad sgôr ansawdd
- Canfod genynnau fesul smotyn
- Ymdriniaeth meinwe
- Dadansoddiad sampl mewnol:
- Cyfoeth genynnau
- Clystyru yn y fan a'r lle, gan gynnwys dadansoddi dimensiwn llai
- Dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol rhwng clystyrau: adnabod genynnau marcio
- Anodi swyddogaethol a chyfoethogi genynnau marcio
- Dadansoddiad rhwng grwpiau
- Ailgyfuniad o smotiau o'r ddau sampl (ee afiechyd a rheolaeth) ac ail-glwstwr
- Adnabod genynnau marcio ar gyfer pob clwstwr
- Anodi swyddogaethol a chyfoethogi genynnau marcio
- Mynegiant Gwahaniaethol o'r un clwstwr rhwng grwpiau
Yn ogystal, mae'r BMKGene a ddatblygwyd “BSTViewer” yn offeryn hawdd ei ddefnyddio sy'n galluogi'r defnyddiwr i ddelweddu mynegiant genynnau a nodi clystyru ar wahanol benderfyniadau.
Mae BMKGene yn cynnig gwasanaethau proffilio gofodol ar gydraniad un cell manwl gywir (yn seiliedig ar fin cell neu fin sgwâr aml-lefel o 100um i 3.5um).
Perfformiodd data proffilio gofodol o adrannau meinwe ar sleid S3000 yn dda fel y nodir isod.
Astudiaeth achos 1: Ymennydd llygoden
Arweiniodd dadansoddiad o adran ymennydd llygoden ag S3000 at adnabod ~94 000 o gelloedd, gyda dilyniant canolrifol o ~2000 o enynnau fesul cell. Arweiniodd y cydraniad gwell o 3.5 uM at glystyru’r celloedd yn fanwl iawn yn seiliedig ar batrymau trawsgrifio, gyda’r clystyrau o gelloedd yn dynwared strwythurau gwahaniaethol yr ymennydd. Mae hyn i'w weld yn hawdd trwy ddelweddu dosbarthiad celloedd sydd wedi'u clystyru fel celloedd oligodendrocytes a microglia, sydd bron yn gyfan gwbl mewn mater llwyd a gwyn, yn y drefn honno.
Astudiaeth achos 2: Embryo llygoden
Arweiniodd dadansoddiad o adran embryo llygoden ag S3000 at adnabod ~2200 000 o gelloedd, gyda dilyniant canolrifol o ~1600 o enynnau fesul cell. Arweiniodd y cydraniad gwell o 3.5 uM at glystyru’r celloedd yn fanwl iawn yn seiliedig ar batrymau trawsgrifio, gyda 12 clwstwr yn ardal y llygad a 28 clwstwr yn ardal yr ymennydd.
Dadansoddiad mewnol-sampl Clystyru celloedd:
Adnabod genynnau marciwr a dosbarthiad gofodol:
- cydraniad is-gellog uwch: O'i gymharu â sleid S1000, roedd pob ardal dal S3000 yn cynnwys >4 miliwn o Smotiau Cod Bar gofodol gyda diamedr o 2.5 µm a phellter o 3.5 µm rhwng canolfannau sbot, gan alluogi dadansoddiad trawsgrifiad gofodol gyda chydraniad is-gellog uwch (bin sgwâr: 3.5 µm).
- Effeithlonrwydd dal uwch: o'i gymharu â sleid S1000, cynnydd Median_UMI o 30% i 70%, cynnydd Median_Gene o 30% i 60%
Cynllun sglodion S1000:
Cynllun sglodion S3000:
