Trawsgrifiad Gofodol BMKMANU S1000
Cynllun Technegol Trawsgrifiad Gofodol BMKMANU S1000
Nodweddion
● Cydraniad: 5 µM
● Diamedr Sbot: 2.5 µM
● Nifer y mannau: tua 2 filiwn
● 3 fformat ardal cipio posibl: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm neu 15 mm * 20 mm
● Mae pob glain cod bar yn cael ei lwytho â paent preimio sy'n cynnwys 4 adran:
cynffon poly(dT) ar gyfer preimio mRNA a synthesis cDNA
Dynodydd Moleciwlaidd Unigryw (UMI) i gywiro tuedd ymhelaethu
Cod bar gofodol
Dilyniant rhwymol o ddarlleniad rhannol 1 preimio dilyniannu
● H&E a staenio rhannau fflwroleuol
● Posibilrwydd o ddefnyddiotechnoleg segmentu celloedd: integreiddio staenio H&E, staenio fflwroleuol, a dilyniannu RNA i bennu ffiniau pob cell ac aseinio mynegiant genynnau yn gywir i bob cell.
Manteision BMKMANU S1000
●Datrysiad Is-gellog: Roedd pob ardal ddal yn cynnwys >2 filiwn o Smotiau Cod Bar gofodol gyda diamedr o 2.5 µm a bylchiad o 5 µm rhwng canolfannau sbot, gan alluogi dadansoddiad trawsgrifiad gofodol gyda chydraniad isgellog (5 µm).
●Dadansoddiad Cydraniad Aml-lefel:Dadansoddiad aml-lefel hyblyg yn amrywio o 100 μm i 5 μm i ddatrys nodweddion meinwe amrywiol ar y cydraniad gorau posibl.
● Posibilrwydd i Ddefnyddio Technoleg Segmentu Cell “Tri sleid”:Gan gyfuno staenio fflworoleuedd, staenio H&E, a dilyniannu RNA ar un sleid, mae ein algorithm dadansoddi "tri-yn-un" yn grymuso nodi ffiniau celloedd ar gyfer trawsgrifomeg dilynol yn seiliedig ar gelloedd.
●Yn gydnaws â Llwyfannau Dilyniannu Lluosog: Mae NGS a dilyniannu darllen hir ar gael.
●Dyluniad Hyblyg o Ardal Dal Actif 1-8: Mae maint yr ardal ddal yn hyblyg, gan ei bod yn bosibl defnyddio 3 fformat (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm a 15 mm * 20 mm)
●Gwasanaeth Un-stop: Mae'n integreiddio'r holl gamau sy'n seiliedig ar brofiad a sgiliau, gan gynnwys cryo-dorri, staenio, optimeiddio meinwe, codio bar gofodol, paratoi llyfrgell, dilyniannu, a biowybodeg.
●Biowybodeg Cynhwysfawr a Delweddu Canlyniadau Hawdd ei Ddefnyddiwr:Mae'r pecyn yn cynnwys 29 o ddadansoddiadau a 100+ o ffigurau o ansawdd uchel, ynghyd â'r defnydd o feddalwedd a ddatblygwyd yn fewnol i ddelweddu ac addasu hollti celloedd a chlystyru ar hap.
●Dadansoddi Data Personol a Delweddu: ar gael ar gyfer gwahanol geisiadau ymchwil
●Tîm Technegol medrus iawn: gyda phrofiad mewn dros 250 o fathau o feinwe a 100+ o rywogaethau gan gynnwys dynol, llygoden, mamaliaid, pysgod a phlanhigion.
●Diweddariadau amser real ar y Prosiect Cyfan: gyda rheolaeth lawn o gynnydd arbrofol.
●Cyd-ddadansoddiad Dewisol gyda Dilyniannu mRNA Ungell
Manylebau Gwasanaeth
|
Sampl Gofynion
| Llyfrgell |
Strategaeth ddilyniannu
| Argymhellir data | Rheoli Ansawdd |
| Samplau cryo wedi'u hymgorffori yn yr OCT, 3 bloc fesul sampl | Llyfrgell cDNA S1000 | Illumina PE150 (platfformau eraill ar gael) | 100K PE yn darllen fesul 100 uM ( 60-150 Gb ) | RIN>7 |
Am ragor o fanylion am ganllawiau paratoi sampl a llif gwaith gwasanaeth, mae croeso i chi siarad ag aArbenigwr BMKGENE
Llif Gwaith Gwasanaeth
Yn y cyfnod paratoi sampl, cynhelir treial echdynnu RNA swmp cychwynnol i sicrhau y gellir cael RNA o ansawdd uchel. Yn y cam optimeiddio meinwe mae'r adrannau'n cael eu staenio a'u delweddu ac mae'r amodau athreiddo ar gyfer rhyddhau mRNA o feinwe wedi'u hoptimeiddio. Yna cymhwysir y protocol wedi'i optimeiddio yn ystod adeiladu'r llyfrgell, ac yna dilyniannu a dadansoddi data.
Mae llif gwaith y gwasanaeth cyflawn yn cynnwys diweddariadau amser real a chadarnhad cleientiaid i gynnal dolen adborth ymatebol, gan sicrhau gweithrediad llyfn y prosiect.
Mae'r data a gynhyrchir gan BMKMANU S1000 yn cael ei ddadansoddi gan ddefnyddio'r meddalwedd “BSTMatrix”, a ddyluniwyd yn annibynnol gan BMKGENE, gan gynhyrchu Matrics Mynegiant Genynnau. O'r fan honno, cynhyrchir adroddiad safonol sy'n cynnwys rheoli ansawdd data, dadansoddi sampl mewnol a dadansoddi rhwng grwpiau.
● Rheoli Ansawdd Data:
Allbwn data a dosbarthiad sgôr ansawdd
Canfod genynnau fesul smotyn
Cwmpas meinwe
● Dadansoddiad mewnol-sampl:
Cyfoeth genynnau
Clystyru yn y fan a'r lle, gan gynnwys dadansoddi dimensiwn llai
Dadansoddiad mynegiant gwahaniaethol rhwng clystyrau: adnabod genynnau marcio
Anodi swyddogaethol a chyfoethogi genynnau marcio
● Dadansoddiad rhwng grwpiau:
Ailgyfuniad o smotiau o'r ddau sampl (ee afiechyd a rheolaeth) ac ail-glwstwr
Adnabod genynnau marcio ar gyfer pob clwstwr
Anodi swyddogaethol a chyfoethogi genynnau marcio
Gwahaniaethol Mynegiant o'r un clwstwr rhwng grwpiau
Yn ogystal, datblygodd BMKGENE “BSTViewer” yn offeryn hawdd ei ddefnyddio sy'n galluogi'r defnyddiwr i ddelweddu mynegiant genynnau a nodi clystyru ar wahanol benderfyniadau.
Datblygodd BMKGene feddalwedd ar gyfer delweddu hawdd ei ddefnyddio
Clystyru ar hap BSViewer ar gydraniad aml-lefel
BSTCellViewer: hollti celloedd yn awtomatig ac â llaw
Dadansoddiad mewnol-sampl
Clystyru ar hap:
Adnabod genynnau marciwr a dosbarthiad gofodol:
Dadansoddiad Rhyng-grŵp
Cyfuniad data o'r ddau grŵp ac ail-glwstwr:
Genynnau marcio clystyrau newydd:
Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau trawsgrifio gofodol BMKGene gyda thechnoleg BMKManu S1000 yn y cyhoeddiad dan sylw hwn:
Cân, X. et al. (2023) 'Mae trawsgrifomeg ofodol yn datgelu celloedd clorenchyma a achosir gan olau sy'n ymwneud â hyrwyddo aildyfiant egin mewn calws tomato',Trafodion Academi Gwyddorau Cenedlaethol Unol Daleithiau America, 120(38), t. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Ti, Y. et al. (2023) 'Cymhariaeth systematig o ddulliau trawsgrifio gofodol seiliedig ar ddilyniant',bioRxiv, t. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
