De novo Cynulliad Genom Bacteraidd
Rydym yn darparu gwasanaeth cydosod genom bacteriol cyflawn, gan warantu 0 bwlch. Mae hyn yn bosibl trwy integreiddio technolegau dilyniannu darllen hir, megis Nanopore a PacBio ar gyfer cydosod a dilyniannu darllen byr ag Illumina ar gyfer dilysu cynulliad a chywiro gwallau darlleniadau ONT. Mae ein gwasanaeth yn darparu'r llif gwaith biowybodeg cyflawn o gydosod, anodi swyddogaethol, a dadansoddiad biowybodeg uwch, gan gyflawni nodau ymchwil penodol. Mae'r gwasanaeth hwn yn galluogi datblygu genomau cyfeirio manwl gywir ar gyfer astudiaethau genetig a genomig amrywiol. Yn ogystal, mae'n sail ar gyfer cymwysiadau fel optimeiddio straen, peirianneg enetig, a datblygu technoleg ficrobaidd, gan sicrhau data genomig dibynadwy a di-fwlch sy'n hanfodol ar gyfer hyrwyddo mewnwelediadau gwyddonol ac arloesi biotechnolegol.
Nodweddion Gwasanaeth
● Gyda dau opsiwn posibl i ddewis ohonynt yn dibynnu ar y graddau dymunol o gyflawnder genom.
● Opsiwn Genom Drafft: Dilyniant darllen byr gydag Illumina NovaSeq PE150.
● Cwblhau genom 0 bwlch.
● Dilyniant darllen hir ar Nanopore PromethION 48 neu PacBio Refio ar gyfer cydosod genom.
● Dilyniant darllen byr ar Illumina NovaSeq ar gyfer dilysu genom a chywiro gwallau (Nanopore) neu i gynhyrchu genom drafft.
Manteision Gwasanaeth
●Genom Sero-Fwlch wedi'i Warantu: Mae hyn oherwydd integreiddio dilyniannu Illumina â dilyniannu darllen hir (Nanopore neu PacBio).
●Llif Gwaith Biowybodeg Cyflawn:Mae hyn yn cynnwys cydosod genom a rhagfynegi elfennau genomig lluosog, anodi genynnau swyddogaethol, a delweddiadau genom fel plot Circos.
●Arbenigedd helaeth: Gyda dros 20,000 o genomau microbaidd wedi'u hymgynnull, mae BMKGENE yn dod â dros ddegawd o brofiad, tîm dadansoddi medrus iawn, cynnwys cynhwysfawr, a chefnogaeth ôl-werthu ardderchog.
●Cefnogaeth Ôl-werthu:Mae ein hymrwymiad yn ymestyn y tu hwnt i gwblhau'r prosiect gyda chyfnod gwasanaeth ôl-werthu o 3 mis. Yn ystod y cyfnod hwn, rydym yn cynnig dilyniant prosiect, cymorth datrys problemau, a sesiynau Holi ac Ateb i fynd i'r afael ag unrhyw ymholiadau sy'n ymwneud â'r canlyniadau.
●Strategaethau Dilyniannu Lluosog Ar Gael:Ar gyfer gwahanol nodau ymchwil a gofynion cyflawnder genom.
Manylebau Gwasanaeth
| Gwasanaeth | Strategaeth Dilyniant |
| Genom drafft | Illumina PE150 100x |
| 0 Genom Bwlch | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (dewisol) |
Gofynion Sampl:
| Crynodiad (ng/µL) | Cyfanswm (µg) | Cyfrol (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· Bacteria: ≥3.5x1010 celloedd
Llif Gwaith Gwasanaeth
Cyflwyno sampl
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:
● Dilyniannu Rheoli Ansawdd Data
● Cynulliad Genom
● Dadansoddiad Cydran Genom: Rhagfynegiad o CDS ac elfennau genomig lluosog
● Anodi swyddogaethol gyda chronfeydd data cyffredinol lluosog (GO, KEGG, ac ati) a chronfeydd data uwch (CERDYN, VFDB, ac ati)
● Delweddu Genom
Rydym yn darparu'r genom mewn fformat cyflyma hygyrch a'r ffeil anodi genom (gff).
Anodiad genynnau – EWCH
Anodi genynnau – carbohydradau CAZY
Delweddu genom - plot Circos
Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau cydosod genomau bacteriol BMKGene trwy gasgliad o gyhoeddiadau wedi'u curadu.
Dai, W. et al. (2023) 'Darganfod Bacteroides unffurfis F18-22 fel Bacteriwm Probiotig Diogel a Newydd ar gyfer Trin Colitis Briwiol o'r Colon Dynol Iach',Cylchgrawn Rhyngwladol y Gwyddorau Moleciwlaidd, 24(19), t. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Mae Proteus mirabilis sy'n gwrthsefyll aml-rug yn ynysu sy'n cario blaOXA-1 a blaNDM-1 o fywyd gwyllt yn Tsieina: cynyddu risg iechyd y cyhoedd',Sŵoleg Integredig, 16(6), tt. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Dilyniant genom cyflawn o endophyte Bacillus flexus KLBMP 4941 yn datgelu ei fecanwaith hybu twf planhigion a'i sail enetig ar gyfer goddefgarwch halen',Journal of Biotechnology, 260, tt 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Plasmidau Ymwrthedd Lluosog o Klebsiella Cyfryngol Lledaenu Genynnau Gwrthficrobaidd yn Helaeth',Ffiniau mewn Microbioleg, 12, t. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
