Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Mewngofnodi

Cynhyrchion

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Mae genynnau rRNA 16S a 18S, ynghyd â'r rhanbarth Gwahanydd Trawsgrifiedig Mewnol (ITS), yn farcwyr olion bysedd moleciwlaidd canolog oherwydd eu cyfuniad o ranbarthau tra cadwraethol a gor-amrywiol, gan eu gwneud yn offer amhrisiadwy ar gyfer nodweddu organebau procaryotig ac ewcaryotig. Mae ymhelaethu a dilyniannu’r rhanbarthau hyn yn cynnig dull di-ynysu ar gyfer ymchwilio i gyfansoddiad microbau ac amrywiaeth ar draws amrywiol ecosystemau. Er bod dilyniannu Illumina fel arfer yn targedu rhanbarthau gornewidiol byr fel V3-V4 o 16S ac ITS1, dangoswyd bod modd cyflawni anodi tacsonomig uwchraddol trwy ddilyniannu hyd llawn 16S, 18S, ac ITS. Mae'r dull cynhwysfawr hwn yn arwain at ganrannau uwch o ddilyniannau wedi'u dosbarthu'n gywir, gan gyflawni lefel o gydraniad sy'n ymestyn i adnabod rhywogaethau. Mae platfform dilyniannu Amser Real Moleciwl Sengl PacBio (SMRT) yn sefyll allan trwy ddarparu darlleniadau hir hynod gywir (HiFi) sy'n gorchuddio'r amplicons hyd llawn, gan gystadlu â thrachywiredd dilyniannu Illumina. Mae'r gallu hwn yn caniatáu i ymchwilwyr gael mantais heb ei hail - golygfa banoramig o'r dirwedd enetig. Mae'r sylw estynedig yn dyrchafu'n sylweddol y cydraniad mewn anodi rhywogaethau, yn enwedig o fewn cymunedau bacteriol neu ffwngaidd, gan alluogi dealltwriaeth ddyfnach o gymhlethdodau poblogaethau microbaidd.

Cysylltwch â Ni

Manylion Gwasanaeth

Biowybodeg

Canlyniadau Demo

Cyhoeddiadau dan sylw

Nodweddion Gwasanaeth

● Llwyfan dilyniannu: PacBio Refio

● Modd dilyniannu: CCS (HiFi yn darllen)

● Ymhelaethu ar y rhanbarth targed ac yna cysylltu amplicons tandem cyn paratoi llyfrgell gloch HiFi SMRT

Manteision Gwasanaeth

●Cydraniad tacsonomig uwch: Than dilyniannu amplicon byr,galluogi cyfraddau dosbarthu OTU uwch ar lefel rhywogaeth.

●Galw sylfaen hynod gywir: Dilyniannu modd CCS PacBio (mae HiFi yn darllen).

●Ynysu-rhad ac am ddim: Adnabod cyfansoddiad microbaidd yn gyflym mewn samplau amgylcheddol.

●Yn berthnasol yn eang: Astudiaethau cymunedol microbaidd amrywiol.

●Dadansoddiad biowybodeg cynhwysfawr: Y pecyn QIIME2 diweddaraf (mewnwelediad meintiol i ecoleg ficrobaidd) gyda dadansoddiadau amrywiol o ran cronfa ddata, anodi, OTU/ASV.

●Arbenigedd helaeth: Gyda miloedd o brosiectau dilyniannu amplicon yn cael eu cynnal yn flynyddol, mae BMKGENE yn dod â dros ddegawd o brofiad, tîm dadansoddi medrus iawn, cynnwys cynhwysfawr, a chefnogaeth ôl-werthu ardderchog.

Manylebau Gwasanaeth

Llyfrgell	Strategaeth Dilyniant	Argymhellir data
Amplicon	PacBio Revio	Tagiau 10/30/50 K (CCS)

Gofynion Sampl

Crynodiad (ng/µL)	Cyfanswm (µg)	Cyfrol (µL)
≥5	≥0.3	≥20

Cyflwyno Sampl a Argymhellir

Rhewi'r samplau mewn nitrogen hylifol am 3-4 awr a'u storio mewn nitrogen hylifol neu -80 gradd i archeb hirdymor. Mae angen cludo sampl gyda rhew sych.

Llif Gwaith Gwasanaeth

Cyflwyno sampl

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dadansoddi data

Gwasanaethau ôl-werthu

Pâr o: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Nesaf: Assay ar gyfer Cromatin Hygyrch Trawsposase gyda Dilyniannu Trwybwn Uchel (ATAC-seq)

Yn cynnwys y dadansoddiad canlynol:

● Rheoli ansawdd data crai

● Clystyru OTU/Dad-sŵn (ASV)

● anodiad OTU

●Dadansoddiad amrywiaeth Alpha: mynegeion lluosog, gan gynnwys Shannon, Simpson ac ACE.

●Dadansoddiad amrywiaeth beta

●Dadansoddiad rhwng grwpiau

●Dadansoddiad cydberthynas: rhwng ffactorau amgylcheddol a chyfansoddiad ac amrywiaeth OUT

Rhagfynegiad genyn swyddogaethol ●16S

Histogram o ddosbarthiad tacsonomig

Coeden ffylogenetig dosbarthiad cymunedol

Dadansoddiad amrywiaeth Alpha: ACE

mynegai

Dadansoddiad amrywiaeth beta: PCoA

Dadansoddiad rhyng-grwpiau: ANOVA

Archwiliwch y datblygiadau a hwyluswyd gan wasanaethau dilyniannu amplicon BMKGene gyda PacBio trwy gasgliad o gyhoeddiadau wedi'u curadu.

Gao, X. a Wang, H. (2023) 'Dadansoddiad Cymharol o Broffiliau Bacteraidd Rwmen a Swyddogaethau yn ystod Addasiad i Ffenoleg Wahanol (Gwerinol a Glaswellt) mewn Defaid Merino Alpaidd gyda Dau Gyfnod Tyfu ar Ddôl Alpaidd', Eplesu, 9( 1), td. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) 'Cipio'r mater tywyll microbaidd mewn priddoedd anialwch gan ddefnyddio metagenomeg seiliedig ar ddiwylliant a dadansoddiad cydraniad uchel', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), tt. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Effeithiau halwynau asid brasterog ar nodweddion eplesu, amrywiaeth bacteriol a sefydlogrwydd aerobig silwair cymysg wedi'i baratoi ag alfalfa, gwellt reis a bran gwenith', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), tt. 1475– 1487. llarieidd-dra eg. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'Y Rhyngweithio rhwng Biomarcwyr Straen Ocsidiol a Microbiota Perfedd yn Effeithiau Gwrthocsidiol Darnau o Sonchus brachyotus DC. yn Straen Ocsidiol Coluddol a Achosir gan Oxazolone mewn Pysgod Sebra Oedolion', Gwrthocsidyddion 2023, Cyf. 12, tudalen 192, 12(1), t. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.